侯君集參與賈柳樓結義，以及他在瓦崗軍中的各種經曆隻存在于演義小說之中。實際上他早早就加入了李世民對秦王府，與瓦崗衆将打交道也是李密歸唐之後才開始。
侯君集畫像
侯君集出身于世代官宦之家（其高祖、曾祖、祖父、父親皆有官職爵位在身），加入秦王府之後随李世民各處征戰，因功升遷為左虞侯、車騎将軍，封爵全椒縣子。（這個官職爵位其實不算高，說明侯君集确實沒什麼出色表現）
侯君集從邊緣人物進入權力中心的契機是參與了幫助李世民奪位的玄武門之變。唐武德九年（626年）因李建成派人刺殺李世民心腹大将尉遲恭，徹底撕開了兄友弟恭的僞裝，把奪嫡的沖突鬥争擺在了明面上。李世民在侯君集、杜如晦、房玄齡等人的支援下發動玄武門事變，誅殺兄弟李建成和李元吉及其親信部下。
高祖李淵被迫“禅位”，李世民登上皇帝位，作為玄武門之變九大功臣之一的侯君集被封為左衛将軍、潞國公，賜邑千戶（從子爵一步登天到國公）。後又封為右衛大将軍，還曾挂過兵部尚書的職銜。
貞觀九年（635年）李靖帶領李道宗和侯君集攻滅東突厥後，又奉命讨伐吐谷渾。大軍在庫山擊敗吐谷渾伏允後兵分兩路繼續追擊。其中侯君集連破邏真谷、漢哭山、星宿川、柏海等處，直至積玉山才回師與李靖在大非川會合，班師回朝。此戰之後侯君集獲封陳州刺史、陳國公。
貞觀十二年（638年）侯君集官拜吏部尚書、光祿大夫。自小沒有讀過什麼書的侯君集開始參與官員選拔、查勘等文職工作，成為出将入相文武雙全的能臣幹吏，一時風頭無兩。
而真正使侯君集青史留名的功績是針對西域高昌國的滅國之戰。貞觀十三年（639年）高昌王麹文泰斷絕西域與中原的商業往來。李世民任命侯君集為交河道行軍大總管，契苾何力為蔥山道副總管率領大軍前往讨伐。至貞觀十四年（640年）侯君集俘虜高昌國君麹智盛及其百官（此時麹文泰已病死）并效仿霍去病刻石紀功之後才班師回朝。
此戰使侯君內建為與李靖（破突厥）、蘇定方（開西域）、李勣（平遼東）等人一樣身負滅國之功的名将。但侯君集在攻滅高昌國後私自處置被俘人員，侵占高昌國資财寶物并縱兵劫掠等一系列所作所為受到朝中官員的彈劾還是以而下獄，幸得中書郎岑文本求情才獲釋，李世民決定對其不賞不罰。
侯君集自以為立下大功卻因為隻是貪了一點錢财就被囚禁，自此心生怨怼。還曾對洛陽都督張亮說要造反的言語，李世民知道後也未怪罪于他，還把他列入淩煙閣二十四功臣之中彰顯其功。
侯君集的怨恨言談引起當時身陷危機準備效仿太宗行玄武門之事的太子李承乾的注意，又被在太子府任職的女婿賀蘭楚石引誘卷入“東宮謀反案”中。李承乾事情敗露被廢後，李世民念侯君集對國家有大功勞不欲治其罪但拗不過群臣進谏，最終以謀反罪将其處死。
縱觀侯君集後期的言談行止确實多有取死之舉，恃功自傲卻不檢點自己過失。皇帝再三寬容也化解不了他心底的怨怼之火，連謀反這種十惡不赦的念頭都敢付諸行動，最終自己把自己“作”上了斷頭台。
侯君集死後葬于鹹陽市旬邑縣東（即今三水縣東北雞阜山，已被毀）。其妻子兒女被赦免移居嶺南。
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