司法實務中，有時司法機關為了圖省事，直接以《稅務稽查報告》作為認定虛開的證據，直接按照《稅務稽查報告》定性虛開和确定虛開稅額。我們認為，如果《稅務稽查報告》可以作為認定事實的證據的話，那麼《起訴意見書》和《公訴書》就是效力更強的證據，以後法院也不需要審理了，律師也不需要辯護了，直接以《起訴意見書》和《公訴書》作為認定事實的證據判了算了。
一、《稅務稽查報告》的事實是否清楚、程式是否合法、證據是否充分尚待審理部門确認（誠如産品需要驗收合格而尚未予以驗收）
根據《稅務稽查工作規程》第四十三條、第四十六條、第四十七條、第四十八條、第五十四條、第五十五條的相關規定，《稅務稽查工作規程》認定的事實，需要經過審理部門确認其事實是否清楚、證據是否充分、程式是否合法。
一個依法需要經過其他部門來确認“事實是否清楚、文書是否合法、證據是否充分”而尚未經過該确認的行政文書，豈能被作為刑事案件認定事實的證據使用？
二、《稅務稽查報告》無權對外做出認定虛開事實的結論性意見
（一）.根據《稅務稽查工作規程》的相關規定，《稅務稽查報告》不屬于結論性意見
根據《稅務稽查工作規程》第四十二條到第六十條的規定，《稅務稽查報告》是一個初步的意見，而非一個成形的結論性意見，更不應當具有确認事實的效力。其結論性的虛開認定，需要依據《稅務稽查工作規程》的相關規定送出給審理部門，并由審理部門出具《稅務稽查審理報告》，并且根據《稅務稽查審理報告》分别作出以下處理：
（一）認為有稅收違法行為，應當進行稅務處理的，拟制《》；
（二）認為有稅收違法行為，應當進行稅務行政處罰的，拟制《稅務行政處罰決定書》；
（三）認為稅收違法行為輕微，依法可以不予稅務行政處罰的，拟制《不予稅務行政處罰決定書》；
（四）認為沒有稅收違法行為的，拟制《稅務稽查結論》。
也就說，即使行為被《稅務稽查報告》認定為虛開，該行為也可能被審理部門認定為稅收違法行為輕微或沒有稅收違法行為。比如，很多涉嫌虛開增值稅專用發票案中，《稅務稽查報告》依舊認定企業虛開，可是複議機關早已撤銷對企業的虛開認定，而《稅務稽查報告》依舊沒有被撤銷。或者說，所有被審理否決的認定了虛開的《稅務稽查報告》，其《稅務稽查報告》均未做撤銷處理。
（二）根據《重大稅務案件審理辦法》的規定，涉及刑事案件的虛開的最終認定必須經由重大案件審理委員會，《稅務稽查報告》未經重大案件審理委員會無權做出本案的虛開認定
1.《重大稅務案件審理辦法》第十一條第（三）項、第（四）項的規
“第十一條 本辦法所稱重大稅務案件包括：……
（三）應司法、監察機關要求出具認定意見的案件；
（四）拟移送公安機關處理的案件；
……”
根據上述規定，未經重大案件審理委員會，拟移送公安機關處理的案件稅務機關不得作出虛開的認定，更何況稽查局？
很顯然，拟移送公安機關處理的案件，稽查局如欲出具認定虛開的結論性意見，隻能根據重大案件委員會的決定，以《稅務處理決定書》、《稅務行政處罰決定書》的方式對外認定虛開。
三、《稅務稽查報告》尚且不能在行政複議、行政訴訟中作為認定虛開事實的證據，舉輕以明重，又豈能在直接事關當事人人生自由的刑事訴訟程式中作為認定虛開的證據？
（一）所有稅務稽查做出的《稅務處理決定書》以及《稅務行政處罰決定書》中，都有《稅務稽查報告》
根據《稅務稽查規程》，所有稅務稽查案件，都有《稅務稽查報告》，故而，所有經過稅務稽查而做出的《稅務處理決定書》、《稅務行政處罰決定書》都有對應的《稅務稽查報告》，非但如此，也均有級别、效力更高《稅務稽查審理報告》。
（二）《稅務稽查報告》、《稅務審理報告》稅務局自己都不敢、也從未用作認定事實的證據，行政複議、行政複議中也不敢、也從未用作認定事實的證據
在所有稅務處理決定書》、《稅務行政處罰決定書》的行政複議、行政訴訟中，從未有過、也從不敢以《稅務稽查報告》、《稅務審理報告》作為認定事實的證據，因為這樣一來，相當于實質性的剝奪了行政相對人的行政複議、行政訴訟的權利。
（三）更加嚴重的是，倘若可以以《稅務稽查報告》、《稅務審理報告》作為認定事實的證據，相當于以颠倒了舉證責任的配置
如此以來的話，稅務機關可以随意做出虛開的認定，做出《稅務處理決定書》、《稅務行政處罰決定書》的認定，而不需要對應的證據支撐，隻需要弄一份《稅務稽查報告》和《稅務審理報告》，然後就形成了一種極其惡劣的情況下：
稅務機關以《稅務稽查報告》、《稅務稽查審理報告》替代驗證，而後納稅人不能證明自己沒有虛開就會被坐實虛開。我隻想說的是：一個人要證明沒有違法是何等的困難？再者，譬如，我五年前在某酒店住店而取得了對應的發票，倘若稅務局可以以《稅務稽查報告》、《稅務稽查審理報告》來作為事實認定的依據來認定我取得酒店開具的發票的行為系讓他人為自己虛開？我要如何才能證明，五年前的那天，我在那個酒店住過？
（四）既然在《稅務稽查報告》、《稅務審理報告》都不能作為《稅務處理決定書》和《稅務行政處罰決定書》及其相應的行政複議、行政訴訟的認定事實的證據，舉輕以明重，又豈能在直接事關當事人人生自由的刑事訴訟程式中使用？
連在《稅務處理決定書》和《稅務行政處罰決定書》及其相應的行政複議、行政訴訟中都不能作為認定案件事實證據的東西，豈能在舉證要求更高、應更加慎重的刑事訴訟中作為認定案件事實的證據？
再者，倘若這樣的證據可以作為認定案件事實的證據的話，無異于剝奪了當事人的辯護權、颠倒了刑事訴訟的舉證責任。以後，公安機關查處虛開需要也不需要怎麼調查驗證了，直接讓稅務機關出具一個《稅務稽查報告》就是了。
而稅務局以後也更省事了，以後證據不足以認定虛開的時候，隻需要出具一個《稅務稽查報告》給司法機關，司法機關以此認定虛開，等司法機關認定虛開後，稅務局再以司法機關認定的虛開來認定虛開。如此的循環論證，豈非可笑：即司法機關因為稅務機關認定虛開，是以認定虛開；而稅務機關又因為司法機關認定虛開而認定虛開。
倘若如此可行的話，是不是以後公安機關也不用破案了，直接弄一個《公安偵查報告》算了，然後法院根據《公安偵查報告》直接定罪量刑。
（五）以《稅務稽查報告》作為認定刑事案件的事實，會産生非常可笑的情況
以後，稅務機關也不需要艱苦驗證了，直接出局一個《稅務稽查報告》來替代艱苦的驗證工作、也替代公安機關艱苦的驗證工作，讓納稅人自己來證明虛開，凡是不能證明自己虛開的，按照這樣的邏輯都得認定為虛開。
以《稅務稽查報告》來作為認定事實的證據，是我們認為可以合理的認為：稅務局文書之外的其他證據不足以認定虛開，隻是有了稅務局的文書是以認定虛開。或者可以這樣表達：法院、檢察院認為證據不足以認定虛開，于是讓稅務局來幫自己認定虛開。
如此可行的話，以後法院證據不足以判定虛開的時候，是否隻需要讓稅務局出具一個《稅務稽查報告》就可以了？如此可行的話，以後走私證據不足的時候，是否也可以讓海關出具一個報告就可以了？如此可行的話，以後組織上司傳銷罪證據不足的話，是否也可以讓工商局出具一個報告就可以了？......
按照這樣的邏輯，以後無論是行政機關，還是公檢法，都不需要調查驗證了，隻需要弄一個《xxxx報告就可以了》，如果嫌少的話，可以多弄幾個。
四、根據《稅務稽查工作規程》第六十條的規定，如果稽查局認為認定虛開沒有問題的話，大可按照法定程式出具《稅務處理決定書》，移送司法的案件稽查局按照法定程式出具《稅務處理決定書》
《稅務稽查工作規程》第六十條：
第六十條 稅收違法行為涉嫌犯罪的，填制《涉嫌犯罪案件移送書》，經所屬稅務局局長準許後，依法移送公安機關，并附送以下資料：
（一）《涉嫌犯罪案件情況的調查報告》；
（二）《稅務處理決定書》、《稅務行政處罰決定書》的複制件；
（三）涉嫌犯罪的主要證據材料複制件；
（四）補繳應納稅款、繳納滞納金、已受行政處罰情況明細表及憑據複制件。
其實，《稅務稽查報告》隻不過是一個過程性的意見，而非結論性的意見，其意見是否正确，尚需審理部門審查并作出《稅務處理決定書》或（和）《稅務行政處罰決定書》、《不予稅務行政處罰決定書》、《稅務稽查結論》，與其以《稅務稽查報告》作為認定案件事實的證據，還不如以《起訴意見書》或《公訴書》作為認定事實的證據，效果都是一樣，法官也不需要審理了，律師也不需要辯護了，直接按照《起訴意見書》或《公訴書》判了就是了，最起碼比直接按照《稅務稽查報告》判了要靠譜點，雖然都實質性的剝奪了被告人的辯護權，但是最起碼《起訴意見書》或《公訴書》中被告人還可以辯解，而《稅務稽查報告》的作出過程被告人壓根都不知道。