1645年5月，剛剛建立不到一年的南明弘光政權被清廷攻滅，南明弘光皇帝被叛将田雄，馬得功出賣，後來被清軍送往北京，一年之後被勒死。随着出賣皇帝的叛将一起投靠清朝的還有二十三萬明朝正規軍，清軍推進到九江之後，原甯南侯左良玉麾下三萬餘戰兵，十餘萬人口在左良玉之子左夢庚的帶領下向清廷投降，清廷對投降官兵進行裁汰之後，在江南留下了2~3萬兵力，而精銳的左良玉部中有12000人成為了日後清軍攻略湖廣、廣西的主力。
影視劇中的清軍。
事實上，在弘光皇帝朱由崧被俘之後，仍然有不少明朝正規軍拒絕投降清朝，或隐匿在山中，或漂浮于海上，謀求複興明朝，而浙江也還有大量的土地在明朝的手中。1646年，隆武朝廷覆滅，魯監國政權被擊潰，還是有大量的明朝正規軍在堅持抗敵，水師總兵黃斌卿占據舟山，鄭鴻逵、鄭彩部活動于福建沿海，他們的士兵頭戴竹盔，身披布面鐵甲，這些軍隊不斷地向清方占據的沿海城市發動進攻。
明軍水師。
清朝福建提督趙國祚在順治四年三月二十八日所上的揭帖中記錄了一系列福建沿海的戰事，主要對象是鄭彩部明軍水師。鄭彩，鄭芝龍族侄，弘光年間任采石總兵，南京失守之後由長江入海繼續堅持抗清，隆武政權滅亡之後，鄭芝龍曾經要求鄭彩把投靠他的魯王朱以海送給清軍，但鄭彩不願意投降清廷，是以他搞來了一個替身，把魯王本人藏了起來，囑咐部将說如果鄭芝龍派人來捉魯王，就把這替身勒死蒙混過關，但鄭芝龍很快就被清軍裹挾北上，沒有時間來捉拿魯王，替身和魯王朱以海都逃過一劫。
鳥槍兵。
自此之後鄭彩部繼續活躍于浙江福建沿海，不斷地和友軍發生沖突，但也在不斷地對福建各城發動進攻。由鄭彩、鄭鴻逵等人的經曆我們可以看出，在當時的明朝軍隊中其實是有大量的将領和士兵不願意向清朝投降。以鄭氏家族出身的一系列将領來說，除了鄭芝龍本人對清廷抱有幻想之外，包括鄭成功在内的很多人都是很清醒的，都知道是不能去和清廷議和的，清廷不可信，手上有軍隊地盤還能稱霸一方，如果一家老小落入清朝皇帝的手中，那以後發生什麼事，可就不好說了。是以從這個角度上來說，鄭彩、鄭鴻逵不願意投降清朝除了對明朝的忠誠之外，還有就是從自身角度出發，要做出正确選擇。
清軍綠營兵。
1648年的二月初八日，三十餘艘明軍戰船攻打福州閩安鎮，當地清軍副總兵滿進忠阻擊之“立斬賊首一級，并執紅旗賊首一名，得獲盔甲、大刀，殺傷、溺水死者數十人”看明清史料有一個常識，那就是這種所謂的“溺水死者數十人”可以當成扯謊處理，無論是明朝還是清朝的戰報，類似的話比如什麼“數十人”“數百人”“數千人”“千餘人”基本都是套話，也就是說清軍唯一能确認的戰果就是活捉一人，斬獲首級一顆。可見明軍好像沒什麼戰意，被清軍輕輕一擋，就揚帆遠去了。三月十五日，明軍再次駕船而來，結果又被打敗，陣亡二十餘人，被俘一人，很明顯依舊沒有出死力進攻。
影視劇中的明軍。
二月二十一日，清軍于漳州南靖小山俘獲明軍戰船一艘，俘虜二人，繳獲倭刀一把，百子铳一門，清廷稱“賊溺水逃岸”這裡很明顯是人家成功撤離了，船都被清軍弄走了，結果隻抓了兩個腿腳比較慢的，繳獲倭刀一把，還有一門百子铳，其他的什麼長矛、腰刀、盔甲、鳥铳、三眼铳一件都沒有。咱們再看看十幾年之後泉州清軍所打的一場真正的勝仗繳獲了多少東西，以其所繳獲的一艘船為例：清軍在一艘船上就俘獲了十四名鄭軍，繳獲的器械有“槍五杆、鐵叉三把、腰刀七口、火藥五斤、班鸠炮一門、銅百子炮一門、鹽十石、大旗一面、關防大印一顆”其他的船上還有繳獲棉甲之類的士兵護具。是以清軍在漳州南靖小山所俘獲的這艘船，船上的大部分士兵水手都成功脫險了，不僅成功脫險，而且帶走了幾乎所有的輕重裝備。
影視劇中的明軍
二月十二日，明軍戰船進攻吉寥澳又被擊退，清軍“斃賊衆不計其數”；十六日，明軍戰船進攻福清海口，連攻三陣，都被清軍打敗，清軍稱焚毀明軍戰船十餘隻；十七日，一艘明軍小船在福清海口被俘，清軍抓獲了五名俘虜，繳獲了竹制頭盔五頂，腰刀六把，短串二杆，短串就是明代軍隊中所用的一種信号燈；十九日，明軍戰船向福清發動猛攻，結果被擊敗，一艘明軍戰船被徹底摧毀，清軍自稱在這艘戰船上繳獲了“大小铳炮二十六門，鐵甲、盔刀共四十七件”在接下來的二十三、二十四、二十五三天的時間之内明軍向福清縣城繼續發動猛攻，但結果依舊是以失敗收場，在二十五日的陸戰中，明将周崔芝的一個侄子還陣亡在福清縣城之下。
明代軍刀。
在诏安、長泰等地也有鄭彩軍隊活動的記錄“又據漳州總兵孟全勝報：正月二十四日，據诏安縣報，海賊登岸，被鄉勇禦敵，陣斬賊首二人，生擒一賊。又據長泰縣報，獲鄭彩下賊官鄭廷、劉景、賊犯鄭全等五名，号旗、腰刀等件”其實總的來說，從1648年年初的這些鄭軍活動的記錄來看，鄭彩部對于福建沿海的進攻似乎有那麼一點有氣無力，因為明軍将官士兵被俘，以及戰船損失的記錄是很少的，以上文來看，明軍損失戰船不過十餘艘，士兵的傷亡應該不過百人，而隆武朝一手史料《思文大紀》記載鄭彩麾下的将官有90人，可見其實力不俗，這點傷亡也是九牛一毛。
明軍步兵。
仗打成這樣，或許是鄭彩并未全力進攻，也或許是因為清廷在福建的海防比浙江還是要強上很多的，駕駛着戰船硬沖不會有什麼好果子吃。是以明清戰争就是這樣，對于明朝一方來說，用自己的精銳兵力去攻擊對方的預設陣地顯然不是明智的選擇，是以試探性攻擊付出較小的代價之後就應該撤退。取勝之道在于在陸戰中要吸引敵人出城野戰，在海戰中要吸引敵人決勝于大洋之上，盡可能殺傷敵人有生力量。
《左良玉出師圖》描繪的明末軍隊。
清浙江巡撫秦世祯曾經強調清廷攻滅舟山明軍的必要性“定海六十裡直達甯郡，此誠門庭之寇……職以為此賊一日不滅，地方一日不安，若曠日持久，何異養癰，一朝潰決，恐費收拾”這裡其實說的就很明白了，如果說“門庭之寇”南明軍隊不斷襲擾東南沿海的清朝控制區，使清軍疲于奔命，并且不斷給清軍造成傷亡，使清廷不斷地向這條戰線投入人力和财力，最終使其“一朝潰決”這便是南明政權的制勝之道，但是之後的曆史我們都知道了，南明政權的頭頭腦腦們并沒有把握住機會。