随着測序成本的大幅降低，近年來新物種參考基因組呈井噴式釋出，不過這些參考基因組通常隻基于一個代表個體建構得到，然而單個個體是無法代表整個物種的全部遺傳變異資訊的。同時，由于基因組文章井噴式的發表，其發文檔次也從Nature級别一步步下滑到了末流SCI。基因組研究的出路在哪裡？答案就是“泛基因組”，泛基因組将成為高品質參考基因組的新标準！
泛基因組是指存在于某一物種中的全部基因序列。泛基因組分為核心基因（Core Genes）和非核心基因（Dispensable/Variable Genes），核心基因是指所有動植物品系或者菌株共有的基因；非核心基因是指在兩個及以上的動植物品系或者菌株中所特有基因。通常而言，核心基因組控制着生命體基本代謝的功能而不會輕易發生改變。
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泛基因組優勢
泛基因組可以獲得更多的物種遺傳變異資訊，以助于了解物種特性：
核心基因組的大小是多少？
泛基因組的大小是多少？
在這些物種裡共有多少基因/基因家族？
随着每個新個體的加入，将有多少基因/基因家族被加入泛基因組？
同時，泛基因組研究可對核心基因組和可變基因組進行比較。泛基因組分析能鑒定出參考序列中不存在的基因，對這些新基因進行功能分析也是其研究的焦點。
更全面準确的變異資訊：泛基因組研究可以得到物種全面且準确的變異資訊 (SNP、Indel、CNV、PAV)。與重測序變異檢測相比，泛基因組研究基于基因組序列進行變異分析能夠大幅度提高變異檢測的準确性，以及大結構變異的檢出性。
泛基因建構方法目前建構泛基因組的方式有三種：疊代組裝（Iterative assembly）、多個體組裝（De novo assembly）、圖形基因組（graph-based assembly）。
- 疊代組裝指将多個樣本的下機資料比對到一個參考基因組後，将未比對上的reads組裝成新的contigs。通過将這些新的contigs添加到原始的參考序列中，就可以建構一個泛基因組；
- 多個體De novo即對多個樣本同時進行組裝注釋，從全基因組層面識别PAV，也是目前運用最廣的方法；
- 圖形泛基因組即在De novo的基礎上，繪制圖形化的泛基因組，可更直覺更準确的描述泛基因組，逐漸成為目前運用最廣的方法；
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課程内容及優勢
組學大講堂将于2024年5月16日-5月18日舉辦“泛基因組分析實操”直播教育訓練班，本課程具有以下優勢：
① 内容豐富，本教育訓練包含的分析内容囊括絕大多數基因組文章的分析條目；
② 課程分析代碼已經封裝好，整理好自己的資料，複制粘貼即可分析自己的資料，大大降低了學習難度，邊學邊練，現場指導；
③ 采用先進的docker虛拟機去教學（國内首創），無需擔心安裝生信軟體、配置分析環境等難題，不同作業系統下分析步驟基本一緻，真正的能學會，能用起來；
④ 雲伺服器上教學，不用苦惱電腦組態不足，家庭版電腦系統不相容問題，發送指令由伺服器分析，自己電腦仍可正常辦公；
⑤ 建立了專門的生物資訊知識問答社群，已經累計解決了上萬個生信學習相關問題，結合學員QQ群持續為您學習提供技術支援！
本期課表如下：
更多問題可以加微信“omicsclass001”聯系王老師進行咨詢！
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常見問題解答
1. 集中3天教育訓練是否可以學完這麼多内容？答：經過多年課程優化，盡量合并操作環節，分析代碼已經封裝好，整理好資料，複制粘貼即可分析自己的資料，既降低了分析難度也縮短了教育訓練時間。2. 教育訓練後提供回放嗎？答：3天直播教育訓練結束，不是學習的結束。課後可以獲得錄播視訊，兩年内不限次觀看，問答社群提供永久答疑服務。分析所用軟體、代碼、課件、筆記均會提供，另外贈送組學大講堂雲伺服器3個月的使用權限，學員課後仍可友善的進行練習。
3. 教育訓練的時候是在雲伺服器上，如果換了裝置，分析步驟還一樣嗎？答：組學大講堂教育訓練采用先進的docker虛拟機，無論在什麼裝置上，凡是使用我們提供的鏡像，均可保持一緻的操作環境，真正的能學會，能用起來。4. 能否提供發票？答：由北京組學生物科技有限公司提供正規發票。
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舉辦時間及費用
1. 舉辦時間：2024年5月16日-5月18日（三天），每天授課7-8小時
2. 授課方式：線上直播3. 教育訓練費用：
原價：3580元/人，4月30日（含）之前可享早鳥價：3180元/人。4. 優惠資訊：① 團報優惠：2人及以上額外優惠200元/人；② 贈送價值700元組學大講堂雲伺服器3個月使用權。
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報名方式
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組學大講堂春季系列直播
2024年春季直播教育訓練班安排如下：
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