西醫學在還原論思維模式的指導下，機械的把人體當做一部機器來看待，對人體的研究從組織、器官水準到細胞水準,又從細胞水準到分子水準,力求在最微細的水準上研究機體的結構與功能，卻從根本上忽視了人是一個統一的整體，就好比把機器還原為零部件，但卻沒有了機器的功能和規律，最終沒有辦法解釋整個機體的各種情況，還原論對于很多複雜性疾病的研究顯示出它的局限性，比如高血壓發生原因的研究以及各種自發性免疫系統疾病的研究，由于其影響因素太多，根本無法将其還原成單一因素進行研究，否則就很可能得到完全錯誤的結果。
單純的“治病”，忽視了人體的整體性及人與自然、社會的聯系。西醫學治療疾病僅僅着眼于所患的病，忽視了人的整體性與特異性。由于西醫機械的生命觀造成西醫治療疾病時見病不見人，“頭疼醫頭”，“腳疼醫腳”，忽略了人體是一個統一的不可分割的整體。西醫通過各種儀器觀察,生理生化名額檢測,從精确的資料中,按統一标準,判斷病症,對症下藥，重視病的普遍性,不注意人的特殊性。同時忽略人與自然、社會之間的聯系，不注重人的精神、心理因素對疾病所産生的影響，這在現代醫學模式下凸顯出越來越多的不足。
基因決定論的片面性。西醫認為隻要把人類基因圖譜繪出，人類延年益壽，祛病除疾的希望均可實作。但是根據國際基因庫研究工程的報告，1999年12月已發現人類有30億個基因，到2000年4月，被發現的基因上升到60億個。而2004年8月的統計增加到140億個。在國際基因庫工程完成後，基因理論之父，諾貝爾獎得主之一Frances Crick意識到從分子角度去解釋生命現象有局限性。他說：現在基因圖譜描繪工作已完成，但對生命的認識仍是個迷。
治療方法主要采用對抗療法、替代療法，缺乏調動療法。西醫治療疾病主要采用對抗療法和替代療法，即找到引起疾病的原因而消除掉，而不會充分運用人體自身的免疫功能來對抗疾病，這在現代疾病譜的變化下凸顯出越來越多的不足。現在代謝性疾病與免疫性疾病成為威脅人類的主要疾病，而此類疾病的發病機理比較複雜，現代的研究技術很難找到其明确的緻病原因，對抗療法的局限性就凸顯出來，而調動療法的優勢也顯現出來，比如對于糖尿病治療，不能夠單純降糖，而忽略其并發症的發生，應該充分采用調動療法，調動人體整體的抗病能力和疾病恢複能力來控制其并發症的産生。
中西醫之間的最大差別，首先是“講辨證”跟“不講辨證”之間的差別。中醫治療任何一種疾病，任何一個症狀，都要講究“辨證”的。“辨證”的目的，就是找出這個病或這個症狀的病因病機，然後依其陰陽表裡、寒熱虛實的病機，進行處方用藥，故能病無不治，指日取效。
西醫治療任何一種病，治療任何一個症狀，都是不講辨證，不究病因的，隻是對症狀用藥，對病名用藥，是以不是久治無效。
當今大醫院的中醫，也已經向西醫看齊，已經全盤“西化”，叫做“中醫科學化”。他們根本不能代表真正的中醫，隻是中醫的“掘墓人”，也是不會治病的。還是舉幾個例子，才能說明問題，便于人們了解：
一，比如就一個最簡單的小便不利問題，西醫隻會診為前列腺炎。治法就是“抗菌消炎”，别無他法。對于濕熱型的前列腺炎，也許有一些療效。但是對于氣虛型（宜補中益氣湯的）、氣滞型（宜四逆散的）、陽虛停水型（宜真武湯的）、實熱型（宜承氣湯的）、水氣型（如五苓散證的）、水氣兼陰虛型（如豬苓湯證）、腎陰虛型（如腎氣丸證），種種類型的前列腺炎，西醫基本上束手無策，一籌莫展。
一例醫院診斷的晚期尿毒症，中醫辨證，屬于陽虛水停，膀胱不能化氣，投以真武湯，很快見效果。一例多年前列腺炎，西醫久治不效，甚是痛苦，投以苓桂術甘東加附子，立杆見影，藥到病除。
一男40歲，主訴小便時尿道灼痛，兼有口苦，反酸，胃有燒心感，大便不爽，小便熱燙，入睡困難，周期性失眠，上熱下寒，手腳偏冷，稍動即大汗淋漓，咽部異物感，易流鼻血，眼幹澀，痰多，四肢煩疼，腳後跟痛，舌胖嫩，淡紅，邊有淺齒痕。在多家醫院治療，曆時17年之久，不僅無效，還越治越多病。象這種病人，症狀繁多，上下内外，全身是病。西醫專家，無不傻眼。不知病因病機，不知從何下手。中醫根據舌象，辨證為陽虛水泛，氣化不及。投以真武東加桂芪半夏澤瀉，服藥三個星期，諸症消失。
又比如對高血壓的治療，西醫不追究病因，隻會盲目降壓，是以一輩子也治不好一個高血壓。治過多例高血壓，症見頭暈頭痛，嚴重時天旋地轉，不能站立，有欲仆地之勢。另有兩例，已引起半邊癱瘓。一例小便失禁，遺尿在床。辨其寒熱虛實而治之，無不迅速獲效。這對于西醫來說，是根本不可思議的怪事。