八旗制度，是清朝的一種重要組織制度，其最早起源于滿洲的狩獵活動中，是當時的滿洲人為了在狩獵時友善指揮，以牛錄為機關，用旗幟顔色作為引導而産生的一種組織形式。
而伴随着努爾哈赤的崛起，八旗制度也正式出現，不過，最早的八旗制度，與後來的大不一樣。
而在之後，努爾哈赤對八旗制度進行了多次調整，包括在後來的皇太極時期，八旗制度同樣不斷演變，直到康熙初年，完整的八旗制度才算最終确定下來。
但不管是如何演變，有一點沒有更改，那就是八旗始終掌握在愛新覺羅氏的手裡，更準确地說，是掌握在努爾哈赤子侄後代的手中。
那麼，八旗的旗主是如何更疊的呢？這就要從努爾哈赤創立八旗的時候說起了。
公元1584年，努爾哈赤以祖、父所遺的十三副甲胄起兵，開始了統一女真各部的戰争，就在這一年，努爾哈赤創立了八旗制度。
不過，當時并沒有八旗，而是隻有一旗。
此旗為努爾哈赤直接統領，以黑旗為幟，麾下人馬也并不是很多，大多是努爾哈赤的親戚，比如弟弟舒爾哈齊，以及安費揚古父子等人。
之後，随着努爾哈赤帶領部衆不斷南征北讨，同時也不斷收編滿洲各部，到了公元1589年時，建州三衛被其統一，這樣一來，隸屬努爾哈赤的人馬也就越來越多。
人多了，努爾哈赤一個人管不過來，就需要找一個人替他分擔，是以，努爾哈赤就又設立了紅旗。
也就是說，到了這個時候，八旗從一旗變成了兩旗。
那麼這兩旗的旗主都是誰呢？原本黑旗是由努爾哈赤親自統領，如今他把黑旗交給了自己的弟弟舒爾哈齊，他本人則統領建立的紅旗。
不過，這個時候的黑、紅兩旗，并沒有固定的人數，努爾哈赤也就是大緻進行了配置設定，他和弟弟這兩個旗主，統領人數基本相等，是以實力也基本均衡。
但在這期間，黑、紅兩旗的顔色發生過變動，具體變動内容為黑旗改為藍旗，紅旗改為了黃旗。
改動的原因有很多說法，一說是黑色旗幟在夜間行軍時不容易辨認，另一說是努爾哈赤找高人指點，黃色代表皇帝，但不管是什麼說法，總之最終黑、紅兩旗改為了藍、黃兩旗。
其中，藍旗為舒爾哈齊統領，黃旗則由努爾哈赤統領。
到了公元1601年，努爾哈赤收編了海西女真的哈達部，其麾下的人馬再次為之大幅度增加，是以，為了便于管理，努爾哈赤首次對各旗組織進行了大規模的改造與重建。
首先，他明确了牛錄組織的人數，規定一牛錄為300人，而5牛錄則為一甲喇，5甲喇為一固山，這一固山就是一旗。
并且，制定了各組織結構的首領名稱，其中，牛錄首領稱為“牛錄額真”，甲喇首領為“甲喇額真”，固山首領則為“固山額真”。
“固山”為滿語，其漢語的意思就是“旗”，是以，“固山額真”即我們所說的旗主。
而通過努爾哈赤的整頓，一個旗主麾下，統領有25牛錄，也就是7500人，這就是當時一個旗主的标準配置。
但實際上，這個配置也不是完全固定的，一個旗主麾下牛錄的多與少，在後期是屬于動态的，有些甚至遠超25牛錄，有些則低于25牛錄。
是以，努爾哈赤當時制定的隻是一個樣闆，是一個基本标準。
在制定完各種标準後，努爾哈赤把收服的哈達部，編成了一旗，并交給了自己的長子褚英統領，而褚英統領的這一旗，努爾哈赤将旗色定為了白色。
是以，之前的二旗已經演變成了三旗，旗主分别是黃旗為努爾哈赤本人，藍旗為努爾哈赤的弟弟舒爾哈齊，白旗為努爾哈赤的長子褚英。
不過，在三旗确定後不久，藍旗旗主舒爾哈齊卻出了點問題。
什麼問題呢？說白了就是舒爾哈齊的日益增長的野心，讓他和兄長努爾哈赤之間的沖突越來越深，其實這種沖突在很早前就存在，隻不過當時努爾哈赤出于事業初創階段，對弟弟的動向不是特别關注，是以就埋下了隐患。
在此之後，随着建州女真的勢力增強，努爾哈赤和舒爾哈齊兩人，成為了建州女真最高首領，當時人們稱他們為“二酋”。
但就是在那個時候，舒爾哈齊對自己屈尊于兄長之下的狀态越發感到不滿，并且，在他前去明朝朝廷進貢時，他的這種情緒被明朝利用，不斷授予他高官厚祿和金銀珠寶，試圖借助他與兄長的沖突，來挑撥和離間他和努爾哈赤的關系。
在這種情況下，舒爾哈齊逐漸将明朝視為自己的背景，而當時明朝邊将李成梁更是利用這個機會，讓自己的兒子娶了舒爾哈齊的女兒為妾，更進一步拉近了雙方的關系。
由此，舒爾哈齊的底氣更足，而他也開始公然挑戰努爾哈赤的權威，經常在公開會議上，因意見不合與努爾哈赤進行争論，時間一長，雙方的關系日趨破裂，沖突也越來越大。
而作為努爾哈赤來說，自然不允許有人挑戰自己的權威，看到弟弟越來越張狂，努爾哈赤最終決定，要除掉弟弟舒爾哈齊。
公元1609年，舒爾哈齊在與兄長爆發了激烈的争吵後，憤然離開，計劃自立為王，努爾哈赤在勸阻無效後，果斷采取了強硬措施，處死了舒爾哈齊的兩個兒子，又将舒爾哈齊本人囚禁至死。
舒爾哈齊這一死，他的藍旗自然要重新配置設定，經過權衡，努爾哈赤最終決定，将藍旗一分為二，其中一半仍歸藍旗管理，旗主定為舒爾哈齊的另一個兒子阿敏。
另一半，則建立一旗，旗色為之前暫時不用的紅旗，旗主定為努爾哈赤的嫡次子代善。
截止到此時，三旗已經變為四旗，旗主分别是：黃旗努爾哈赤，白旗褚英，藍旗阿敏，紅旗則是代善。
而在不久後的公元1613年，努爾哈赤的長子，也就是白旗的旗主褚英，憑借多年的戰功，被努爾哈赤立為了繼承人，但由于褚英生性殘暴，加上根本不把其他人放在眼裡，引起了多人的不滿，是以，努爾哈赤的幾個子侄聯合起來，開始了對褚英的彈劾。
最終，褚英被孤立，而努爾哈赤面對幾個子侄和重臣的聯名上書，經過權衡後，将褚英剝奪爵位幽禁了起來。
褚英一出事，白旗就發生了變化，努爾哈赤的第八子皇太極成為了白旗旗主，同時，努爾哈赤又把白旗中的一小部分撥給了褚英的兒子杜度，讓杜度協助皇太極共同管理白旗。
到了公元1615年，努爾哈赤已經統一了除葉赫部之外的所有女真部落，其麾下的人馬也較之前期壯大的不少，并且，當時蒙古部落也有多個前來歸附，更讓努爾哈赤勢力為之增漲。
據史料記載，當時努爾哈赤的麾下，僅軍隊人數，就達到了六萬多人。
同樣是為了便于管理，努爾哈赤再次對目前的四旗進行的整編，這次整編，直接将四旗擴充到了八旗。
其中，黃旗拆分為正黃、鑲黃二旗，由努爾哈赤本人統領；
白旗拆分為正白、鑲白二旗，正白旗旗主為皇太極，鑲白旗旗主為杜度；
紅旗則分為了正紅和鑲紅，其中，正紅旗旗主為代善，鑲紅旗旗主為代善的兒子嶽托；
藍旗同樣也分為了正藍和鑲藍，鑲藍旗旗主是阿敏，正藍旗旗主則是努爾哈赤的第五子莽古爾泰。
并且，努爾哈赤又對八旗的旗幟進行了修改，八旗中的四正旗，旗幟為了純色的四方形，而鑲四旗，旗幟為五邊形，其中，鑲紅旗為白邊，鑲白、藍黃三旗為白邊。
至此，八旗算是真正建立并完整起來，并成為了貫穿清朝曆史的一個特殊制度。
八旗制度完善之後，努爾哈赤投身到創業之中，期間八旗各旗主并未改變，直到努爾哈赤臨終前，他又一次對各旗進行了一個調整。
如何調整呢？他将自己掌管的正黃、鑲黃兩旗，分别交給了第十五子多铎和第十二子阿濟格，但分完之後，考慮到沒有留給他們二人的同母兄弟多爾衮遺産，就計劃将鑲白旗交給多爾衮。
前文說過，鑲白旗的旗主為努爾哈赤的孫子杜度，既然讓多爾衮接手鑲白旗，那麼杜度怎麼安排呢？努爾哈赤經過權衡，盯上了自己的嫡次子代善。
代善當時是正紅旗旗主，而鑲紅旗則是由代善的兒子嶽托掌管，這就意味着，代善一家掌控了兩旗，而為了平衡各個兒子之間的勢力，努爾哈赤就決定把杜度調往鑲紅旗擔任旗主，進而達到分解代善一脈權力的目的。
如果努爾哈赤的這個計劃最終實施成功的話，那麼多铎、阿濟格以及多爾衮這一母同胞的三兄弟，将會各自掌管一旗，而他們也将成為八旗中勢力最大的一派。
但是，尴尬的事情發生了，就在杜度卸任鑲白旗，并準備接任鑲紅旗的時候，努爾哈赤去世了，而此時多爾衮尚未正式接任鑲白旗。
也就是說，此時鑲白旗旗主空缺，而代善一家，依舊掌管着正紅和鑲紅二旗。
而在這種情況下，通過代善的支援，皇太極順利上位，接任大汗，上位之後的第一件事，就是下令奪了多爾衮準備上任的鑲白旗。
皇太極的理由很簡單，就是杜度已卸任鑲白旗，而多爾衮沒有上任，是以鑲白旗算是無主，是以，他十分幹脆的把鑲白旗交給了自己的兒子豪格。
而多爾衮則被皇太極趕到了鑲黃旗，讓他和阿濟格一起統領鑲黃旗。
至于杜度，則更加可憐，自此失去了旗主位置，終其一生，最高的爵位僅為多羅貝勒，這就意味着努爾哈赤的長子褚英一脈，算是徹底被皇太極踢出了旗主隊列。
在料理完杜度之後，皇太極又把目光轉向了多铎和阿濟格，前文講過，努爾哈赤臨終前将正黃和鑲黃交給了這二人，而他們二人旗下所掌握的牛錄分别為：正黃領45牛錄，鑲黃領25牛錄，合計65牛錄。
這個勢力，是當時八旗中最大的，皇太極本人所領的正白，也不過是25牛錄。
是以，出于維護統治的目的，皇太極開始整治多铎和阿濟格，他借口自己是大汗，而大汗必須用黃旗為由，強行把自己的正白旗和兒子豪格的鑲白旗，與多铎、阿濟格的正黃和鑲黃二旗對調，最終把二黃旗握在了自己手裡。
強行換完之後，皇太極依舊覺得不放心，又找了個理由，撤掉了阿濟格的正白旗旗主之位，改為多爾衮擔任。
為什麼皇太極會讓多爾衮接任呢？其實這也是當時他的一種政策，前文講到，多爾衮沒能接任鑲白旗旗主嗎？皇太極這麼一操作，既讓多爾衮承了他的情，又離間了多爾衮與阿濟格的兄弟關系，可謂是一舉兩得。
操作完這些之後，皇太極又開始整治鑲藍旗旗主阿敏和正藍旗旗主莽古爾泰。
最先被整治的是阿敏，在天聰四年，皇太極以阿敏救援不力，導緻被明軍連克四城，且其“将有異志”為由，将阿敏罷官幽禁，同時奪取了阿敏的旗主之位，改為阿敏的弟弟濟爾哈朗擔任。
之後就是莽古爾泰，莽古爾泰的旗主之位被奪，某種程度上是他自找的，在天聰九年，莽古爾泰意圖謀反，事敗之後，遭到了皇太極的奪旗。
其實，阿敏和莽古爾泰的被奪旗，也是清朝初期朝堂上鬥争的必然結果，皇太極登上大汗之位，為了鞏固手中的權力，必然會對不屬于自己的勢力下手，是以，阿敏和莽古爾泰就成了犧牲品。
而莽古爾泰被奪旗後，皇太極将自己統領的正黃旗與莽古爾泰的正藍旗進行了混編，混編之後，又将兒子豪格統領的鑲黃旗收回，安排豪格統領新的正藍旗，自己則統領正黃、鑲黃二旗。
之後，皇太極把自己的旗籍，落戶到了鑲黃旗，自此，鑲黃旗成為了清朝皇帝直接統領，且地位最高的一旗，這個慣例一直延續到清朝滅亡。
料理完這些，皇太極在之後經常會時不時的小幅度的整治下多铎的正白旗，比如在崇德四年，皇太極就以多铎出征不利為由，将他的正白旗削去了三分之一。
既然要整治多铎，皇太極自然也沒忘記多爾衮，在其臨終前，又一次對正白旗和鑲白旗進行大混編，把兩旗的牛錄打亂平分，并将多爾衮和多铎的旗主之位對調。
經過這一系列折騰，到皇太極去世的時候，當時的八旗分為了三大派，實力最強的一派，為皇太極兩黃旗和兒子豪格的正藍旗，這三旗共統領117個牛錄。
稍微次點的是多铎和多爾衮所統領的鑲白和正白二旗，共統領98個牛錄，最次的為代善家族統領的兩紅旗以及濟爾哈朗統領的鑲藍旗，三旗合計統領96個牛錄。
這三大派中，皇太極本人和兒子豪格自不用說，而代善一家和濟爾哈朗，屬于皇太極的鐵杆兒，至于多爾衮，也是深受皇太極的恩惠，唯一的隐患隻有多铎，但也被皇太極敲打的沒脾氣。
至此，以皇太極為核心的八旗終于成型，可惜，就在皇太極雄心萬丈的時候，他卻病死了。
皇太極死後，多爾衮開始掌權，在他掌權期間，對八旗進行了兩次整編。
第一次整編，主要是針對多铎，多爾衮将多铎麾下的牛錄收回了15個，第二次改編，則是因為豪格在與多爾衮争奪繼位問題時敗北，給了多爾衮打擊豪格勢力大大好機會。
原本豪格掌握正藍旗，但在他失勢後，遭到了多爾衮的連番打擊，本人被下獄，正藍旗也被多爾衮奪走。
之後，多爾衮将正藍旗與自己的正白旗進行了大混編，改成了新的正白旗和鑲白旗，并全部歸自己統領。
而原先被多铎掌握的鑲白旗，則改為正藍旗，交給了多铎的兒子多尼統領。
同時在這期間，兩紅旗也有所變動，當時代善已死，而他的兒子嶽托死的更早，就連接配接任嶽托的碩托也在數年前被處死，是以，兩紅旗的旗主都換了人。
其中，正紅旗旗主為代善的第七子滿達海擔任，鑲紅旗旗主則是代善的曾孫羅科铎（嶽托之孫）擔任。
而到了公元1650年，多爾衮意外去世，順治皇帝得以親政，不久之後，朝堂上便掀起了清算多爾衮的浪潮，借助這個機會，順治皇帝将多爾衮的正白旗據為己有，如此一來，順治皇帝就統領了正黃、鑲黃和正白三旗。
也就是從這個時候開始，正黃、鑲黃和正白三旗成為了“上三旗”，其餘各旗則成了“下五旗”。
至于鑲白旗，順治帝則将其交給了自己的侄子，也就是豪格的兒子統領，其他四旗的旗主基本不變，要麼是本人，要麼是本人的後裔擔任。
等到了康熙繼位後，為了鞏固皇權，康熙皇帝對下五旗進行細分，每一旗分為大小旗主，大旗主由之前旗主的後裔擔任，小旗主則由康熙的兒子們擔任。
這樣一來，下五旗的權力就被進一步壓縮，而這種方式，在雍正繼位後繼續執行，并且雍正通過分封，把下五旗的每一旗，又分為“外佐領”（佐領即牛錄）和“内佐領”，其中，外佐領由皇帝直接掌控，而諸王貝勒僅掌控内佐領。
由此，八旗的大部分權力，皆被收到了皇帝手中，此政策一直被沿用下去，到了乾隆時期，八旗的旗主已經成了隻有虛名、但無實權的人，除了地位崇高，享受國家供養之外，基本上沒有任何權力。
通過這種方式，清朝的統治者一步步把八旗最終握在了自己手裡。