《三國志英傑傳》作為一款經典的戰旗遊戲，各個關卡的設計十分精妙，讓人玩起來回味無窮，遊戲中繁多的支線劇情也大大增強了耐玩性，大家最長見到的就是選擇不同支線會收降不同的武将，比如最早的信都之戰和廣川之戰，分别對應着藩宮和郭适這兩名武将的加入。
此外一些支線的選擇還會影響到戰鬥的關卡數量，像天蕩山之戰和定軍山之戰，如果直接選擇定軍山之戰，過關後遊戲将會直接略過天蕩山進入下一關漢水之戰，但要是選增援葭萌關的話，還可以再多打一次定軍山之戰，這對追求練級的玩家來說是最實惠的事情了。
遊戲中一些道具的獲得同樣需要選擇合适的選項，比如在成都之戰前，選擇讓馬超去說服劉璋投降的話，就能獲得英傑傳中的第三匹寶馬——爪黃飛電；但要是執意攻打成都，也能收降孟達、黃權、沙摩柯等實力幹将，同時劉備還能通過單挑連勝好幾級，具體孰好孰壞就看玩家們自己的選擇了。
不過有一個比較特殊的選項，如果選錯的話是百害而無一利的，不僅會錯失蜀漢後期最強的将領姜維，還會讓辛苦追随關羽的關平、周倉二人命喪黃泉，這就是夷林之戰後是否派遣奇襲隊這一選擇了。
關于派遣奇襲隊的背景，遊戲中諸葛亮交代的比較清楚，為了剿滅曹魏恢複漢室，要麼集中兵力從襄陽出發直搗黃龍，但對方兵多将廣，正面硬拼會遭遇很大的阻礙；要麼從漢中派遣奇襲隊，先攻長安削弱曹魏的勢力，最終再合兵一處齊攻洛陽，成功的可能性更大一些。
從史實的角度上來說，諸葛亮之是以多次北伐，正是擔心硬剛曹魏的話，蜀漢軍隊幾乎毫無勝算，加上小說《三國演義》中的情節足夠深入人心，多數玩家此時也會遵循曆史選擇派遣奇襲隊。
由于派遣奇襲隊是大多數玩家的普遍選擇，是以不少人在玩的時候忽略了麥城之戰和這個選擇的關聯性，隻注意到提前把關羽、關平、周倉等人的等級盡可能地升到最高，以便能夠順利地避開東吳的追擊。
然而實際情況是如果不選擇派遣奇襲隊，宛Ⅱ之戰關羽單挑夏侯惇後，就隻剩下他一人回歸到隊伍中，其他幾位将領全都在麥城之戰中陣亡了。這樣的結局實在是讓人惋惜，畢竟為了提高關平和周倉的等級，前期玩家們花費了大量的精力，甚至不惜将關平轉職為軍樂隊，然後再用其他道具将他轉職回騎兵或步兵，如果不能救活的話，豈不是白白浪費了那麼多的道具和經驗？
同時不派遣奇襲隊而是直接攻打洛陽的話，雖然也能在戰場上收降徐庶，但卻喪失了收降“麒麟兒”姜維的機會，這樣算下來我方一共白白損失了3員大将，還得不到三略、六韬等增強防禦力的道具，如果再精細計算一下不同關卡的經驗值，那虧的就更大了。
不過凡事無絕對，這麼做也有一定的好處，起碼在最終大決戰的15人名單上不用太糾結，畢竟支線劇情都選擇錯過的話，邺城之戰前我方可選武将也隻有40名左右，随意選擇自己喜歡的武将出戰也是一種不錯的玩法。
并且開局就已經确定要放棄關平和周倉的話，玩家前期還可以把更多經驗放在劉封、法正這些平時不怎麼注重培養的武将身上，讓他們獲得更多的出場機會，偶爾用這些能力值不突出的武将通關一下，感覺也蠻特别的。