《特工任務》講述了國安人員通過遊戲“特工任務”，打擊境外間諜勢力，維護國家安全的故事。故事背景設定在2021年的中國津海市，一款名為“特工任務”的遊戲正在年輕人中盛行。這款遊戲看似是一種娛樂方式，實則是境外情報組織“夜霧”利用遊戲玩家在未知情況下暗中開展間諜活動，并借機在玩家之中發展可利用的間諜，遊戲的惡種正悄無聲息地在津海市蔓延。
高天陽（韓庚 飾），津海市國安局偵察科科長，聰明果斷，敢于擔當，是國安局的精英特工。他與潛伏在特工遊戲中的情報人員吳熙互相配合，深入遊戲調查一起實驗室機密失竊案。
黃子誠（魏大勳 飾），高天陽的弟弟，是一個熱愛遊戲的青年。他不知不覺地陷入了特工遊戲之中，成為了“夜霧”的目标。在高天陽和吳熙的幫助下，他逃脫了危險，并憑借着在特工遊戲中的豐富經驗，成為了國安局的線人。
姚瑤（李一桐 飾），黃子誠在遊戲中的搭檔，是一個美麗而神秘的女孩。她與黃子誠共同度過了一段驚心動魄的遊戲之旅，兩人漸生情愫。然而，她卻是“夜霧”派來拉攏黃子誠的誘餌，她的真實身份和目的讓黃子誠陷入了兩難境地。
吳熙（周放 飾），國安局派駐特工遊戲中的情報人員，與高天陽有着深厚的友誼和默契。她是一個聰明勇敢、敢愛敢恨的女特工，她不僅要在遊戲中與“夜霧”鬥智鬥勇，還要面對自己對高天陽複雜的感情。
高天陽和吳熙發現了“夜霧”的總部所在地，并決定親自前往摧毀它。然而，在行動中，他們遭到了“夜霧”的埋伏，陷入了危機。高天陽為了保護吳熙，不惜犧牲自己。吳熙悲痛欲絕，卻發現高天陽留下了一個線索。
黃子誠和姚瑤被“夜霧”抓走，并被迫參與一場緻命的遊戲。他們必須在規定時間内完成一系列危險的任務，否則就會被殺死。黃子誠和姚瑤互相扶持，勇敢地面對挑戰。在最後一關，他們發現了一個驚天的秘密。
高天陽和吳熙聯合國安局的其他特工，發起了一場總攻。他們成功地摧毀了“夜霧”的基地，搗毀了他們的計劃，逮捕了他們的首領。然而，在勝利的喜悅中，他們也付出了沉重的代價。
《特工任務》不僅展現了國安人員為了維護國家安全而不惜犧牲的精神，也展現了人性在遊戲和現實中的沖突和抉擇。它也提醒我們，遊戲雖然有趣，但也可能有危險，我們應該保持警惕，不要被外界的誘惑所迷惑，要堅守自己的信念和原則。