當濟爾哈朗接到多爾衮的緊急軍令之後，忙不疊收攏部隊，向北撤退。不明個中緣由的永曆君臣以為是祖宗保佑躲過了一劫，居然就隻是暗中竊喜，遂繼續花天酒地，不問戰局世事。
可悲又可恨的永曆朝廷，不思進取。不想着趁此良機即刻整頓兵馬，收複失地。或者積極聯絡北方反清勢力，給予以姜瓖為代表的山西義軍以支援，反而沉溺于争權鬥利、花天酒地之中。不得感歎：明末清初的反清複明勢力是可悲的，他們因不願亡天下而憤然起兵反抗清廷的暴虐統治，然而他們卻隻能選擇效忠永曆朝廷這個扶不起的阿鬥政權。
這個朝廷的本質就是一群失意政客和一個落魄宗室組建的流亡小朝廷。沒有統一的政治思想，沒有穩固的根據地，沒有強有力的政治人物。雖然有着複興大明的政治口号，可根本沒有可行的戰略計劃。其之是以可以苟延殘喘十數年的重要原因竟是因為對手統治過于殘暴，激起治下群眾的激烈反抗，進而使得這個政權有了存續下去的可能。
永曆朝廷隻是知道山西地區爆發了大規模起義反正，卻并不知道此時是清廷最為苦難的時刻。多爾衮當時焦頭爛額，不乏有滿清貴族建議回銮盛京，再做他計。多爾衮力排衆議，執意調集重兵圍堵山西反清義軍。
然而沒等多爾衮反應過來，剛剛處理好多铎後事的他又得到了陝西三邊總督孟喬芳的急報：陝北延安參将王永強造反。
王永強是延安參将，他是陝西吳堡人，早年跟随陝北流民首領鬧起義。後來被明廷招降，成了明朝将領。随後李自成擊敗孫傳庭之後，他領兵投降了順軍。順治元年，阿濟格渡過黃河進抵陝北之後，王永強又投靠了清廷。但王永強本人對清廷的歧視政治也十分不滿，加之延綏巡撫王正志是其仇人。後得悉姜瓖造反之後，王永強立即發動麾下造反。
順治六年（1649年）二月二十一日，王永強造反攻取了榆林城，随即又拿下了延安府，其聲勢大振。聞得消息後，焦頭爛額的多爾衮立即指令駐防漢中的吳三桂立即開拔北上，協同固山額真李國翰及陝西巡撫黃爾性共同出兵北上，鎮壓王永強起兵。然而王永強攻取延安府順利後，開始急功近利，帶領部分精銳部隊南下試圖攻打西安府。吳三桂、李國翰等人立即集合部隊開赴富平縣試圖截住王永強所部。雙方在富平縣發生遭遇戰，僅僅隻有部分兵馬的王永強被清軍擊敗，其本人在混戰中陣亡。由于主帥大意陣亡，緻使陝北反正部隊失去主心骨，陝北地區的反清部隊随即遭到慘烈的鎮壓，最終失敗。
王永強戰敗後，清軍得以全力應對山西的危局。這其中當屬山東總兵佟養量帶領的山東綠營攻破代州城為标志，成功為大同清軍解除後顧之憂，使得山西的局面逐漸有所轉機。
代州義軍劉遷起兵之後，一時之間勢不可擋。由于清軍主力圍困大同城下，沒有主力部隊來圍剿劉遷所部。劉遷于是左沖右突，在晉北地區橫沖直撞，并威脅阿濟格、尼堪等人的後路。山西巡撫祝世昌反複請求多爾衮調阿濟格和尼堪解圍大同，奔赴太原增援。多爾衮均予以回絕。究其原因是多爾衮明白：山西亂局之根源在于大同城裡的姜瓖。如果撤圍大同而分兵增援太原，祝世昌倒是安全了（太原城也會安全），可是姜瓖就會如猛虎出籠一般，徹底突破禁锢，清軍将很難遏制其下一步發展。
多爾衮命祝世昌頂住，然後調集部隊圍剿山西各地叛軍。清山東總兵、都督佥事佟養量領兵增援山西，他的目标就是代州的劉遷所部。劉遷所部兵馬顯然并不是佟養量的對手，被佟養量三戰三敗，随後代州城也被攻克，劉遷最後被迫放棄代州，随後兵敗被殺。
代州的解圍使得清軍包圍大同再無後顧之憂，也切斷了大同與晉中和晉南地區之間的聯系。這使得姜瓖無力号召全晉力量共同抗清。随後多爾衮再次親征大同，雖然八月份多爾衮再次無功而返，但大同由于久被圍困，城中糧草極度短缺，已經幾乎要山窮水盡了。多爾衮當時将清廷幾乎所有的重兵集團全部集中在山西境内，英親王阿濟格、謹郡王尼堪、和碩親王滿達海、鄭親王濟爾哈朗、端重親王博洛、多羅貝勒勒克德渾、吳三桂等人，清朝初年的著名将領幾乎都被多爾衮調集到山西地區平叛。
事實上，多爾衮非常焦慮，他認為山西久攻不下，勢必會造成連鎖反應，一旦其餘地區出現動蕩，将難以收場。然而上天最終還是眷顧了大清，順治六年八月二十六日，姜瓖麾下的總兵楊振威認為反清毫無勝算，遂率領親兵六百突襲姜瓖住所，殺害了姜瓖全家，并開城投降。清軍入城之後，遂大開殺戒。将城中數萬百姓全部屠戮一空（除楊振威部屬）。
姜瓖戰敗身亡之後，山西局勢對于清廷而言徹底好轉，十幾萬八旗精銳瞬間解放出來，開赴山西各地區平定叛亂。九月，和碩親王滿達海平定朔州、馬邑；陝西總兵孟喬芳攻克蒲州等地；十月，博洛克汾州，滿達海克潞安府；十一月石廷柱克澤州；十二月，吳三桂克榆林。至此，山陝地區反清勢力遭到清軍毀滅性的清剿，清軍花費一年時間終于平定姜瓖之亂。
山西大規模的叛亂是明末清初一場典型的反清活動。姜瓖起兵之後，響應其号召的部隊大多數都與之并無直接關系，甚至可以說大部分都是山西本地士紳及百姓，由于極度不滿清廷統治山西數年對于山西地區的窮盡盤剝的苛政，響應姜瓖起兵造反。可以說山西反清活動是一場百姓自發反抗清廷暴虐統治的起義。
姜瓖麾下将領牛光天躲進太行山深處，繼續開展反清活動，直到順治十五年兵敗被殺。
而解決山西亂局之後，多爾衮對待山西的态度隻有一個字：殺！
清廷對山西地區開展了大規模無差别的屠殺，緻使山西百姓陷入屍山血海之中。大同城破之後，清軍執行了徹底的屠城指令，後來大同城監獄中因在大屠殺中被忽略，留下了五名重罪犯。由于苦主已被屠戮一空，原告和被告均被殺光了，地方官隻得銷案了結。
順治七年（1650年），時任宣大總督的佟養量在奏疏中是這樣描述的：大同、朔州、渾源三城，已經王師屠戮，人民不存。佟養量彙報朝廷，說山西無主的抛荒田高達80%，原因就是因為大多數當地人都被“王師”給殺了。由于人口銳減，抛荒田無數，無人耕作，導緻山西賦稅大減。
康熙年間的《靜樂縣志》就記載，甲申年（1644年）的闖逆隻是征召糧食和苦力，而乙醜年（1649年）的朝廷兵馬把本地徹底屠戮一空，戶口斷絕；兩相差别，可見一斑。
《汾陽府志》記載，順治元年李自成大軍破汾陽府時，順軍中有人企圖侮辱當地的一位李氏婦女，被李自成得知後即刻處死。然而到了乙醜年，這位李姓婦人的全族被清軍屠戮一空，女人則被擄掠至軍營成為戰利品。婦人不堪受辱，為保名節，在路上主動跳馬自殺身亡，《汾陽府志》記其為節婦。從這個故事中，便可窺探出順軍軍紀與清軍軍紀的比較。《汾陽府志》成書于清乾隆年間，在那個文化恐怖、大興文字獄的年代裡，《汾陽府志》作為官方修訂的成書，其中之記載都可以看出清軍之暴虐。
由此便不難回答，為何明末清初漢族百姓會有此起彼伏、接連不斷的大規模反清鬥争。而康熙帝為什麼甫一親政就要極力緩和民族沖突。民族沖突四個字背後所隐含的是清朝初年，清廷統治者對中原百姓的肆意妄為。慘無人道的壓迫剝削激起了億萬漢族百姓的強烈反抗和持續的鬥争，這才是為什麼南明勢力可以維續多年的一個重要原因。
視線轉移回到南方，看此時南明的局勢。
李過所率領的忠貞營由于執行了永曆朝廷救援長沙的指令，于順治五年十一月撤圍長沙，進入江西。然而順治六年正月，金聲桓敗亡之後，忠貞營已失去救援的目标，被迫停下腳步等待下一步訓示。還沒等永曆朝廷繼續下達指令之時，濟爾哈朗領軍攻入湖南，俘殺何騰蛟，大破南明軍隊。在一片亂局之中，失去補給的忠貞營被迫南撤進入廣西地界。
然而進入廣西之後，忠貞營才知道南明内部多麼混亂。李過領軍經過梧州之時，南明梧州知府東玉如臨大敵，協同總兵葉承恩試圖堵截忠貞營進入廣西的道路。但被李過領軍擊退。而李過也不想攻打梧州，以免讓永曆朝廷認為自己是亂軍。随後，與麾下亂軍争奪南甯城的陳邦傅邀請李過與他一同擊退亂軍，奪取南甯府。
陳邦傅招攬流民想為自己所用，不料流民首領試圖反客為主與其争奪南甯府控制權。雙方大打出手。
至此，李過等人這才在轉戰數千裡之後，找到了一個可以栖身安命的據點。而一直以來充當永曆朝廷和忠貞營之間的聯絡者的南明大學士堵胤錫則病倒了。堵胤錫本來就因為喪師丢地而憤懑不已。撤入廣西之際，他又遭到南明地方軍隊的襲擾，導緻損失慘重。抵達廣東肇慶向永曆帝述職後，瞿式耟、李元胤又彈劾他無能至極。
永曆帝對堵胤錫是信任的，但他無可奈何。因為事實上他無法真正的掌握永曆朝廷的實權，瞿式耟、李元胤作為地方實力派，牢牢掌握着永曆朝廷的大權。二人生怕堵胤錫這樣的老臣入主中樞之後，會對削弱自己的權力，遂處心積慮排擠堵胤錫。永曆帝情知堵胤錫在中樞不能發揮作用，遂命其繼續在外督軍。
出發前，永曆帝下旨給予軍饷供應堵胤錫。然而朝廷内部實權派百般刁難，隻給予三千兩白銀作為軍饷供給。臨行前，李元胤甚至派兵把三千兩白銀又給搶跑了，永曆帝知曉此事後亦無能為力。無奈之下，他親自為堵胤錫送行，并将自己的禦前龍旗給予堵胤錫，為其壯行。
一系列打擊之下，堵胤錫最終不堪重負，病倒在軍中，後于順治六年十一月二十六日心力交瘁，于浔州溘然長逝。永曆帝追封其為浔國公，賜谥号：文忠。堵胤錫死前遺疏中，嚴厲譴責永曆朝廷内部權臣專斷，緻使反清複明大業舉步維艱，更強烈表達了他對朝野内政混亂不堪的強烈憤慨和無奈。
而堵胤錫，絕不是最後一個犧牲在南明内部黨争的大臣，未來的日子裡，像堵胤錫這樣的悲劇人物還有很多。