此時的埃及在名義上是奧斯曼帝國的屬地，實際上由馬穆魯克統治着，馬穆魯克在阿拉伯語中意為“奴隸”。埃及阿尤布王朝的蘇丹從中亞地區購買奴隸，以奴隸組成衛隊，後來他們的勢力逐漸壯大，形成了一個極具權勢的政治軍事集團。1250年，馬穆魯克集團推翻了阿尤布王朝，建立了馬穆魯克王朝，統治了埃及。1517年，奧斯曼帝國滅掉了馬穆魯克王朝，控制了埃及。
但馬穆魯克集團仍然保有大量的土地，成為封建割據勢力，他們架空了奧斯曼帝國派去統治埃及的帕夏（總督）的權力，成為埃及實際上的統治者。拿破侖遠征埃及前夕，埃及由24個貝伊（埃及地方上的執政者）管理着，每個貝伊都擁有自己的軍隊，貝伊一職由馬穆魯克集團的人擔任。
24個貝伊中，以穆拉德貝伊和易蔔拉欣貝伊最為強大，兩人共同統治着埃及。龐大的法國艦隊航行在地中海上。
1798年6月9日，法國艦隊駛抵聖約翰騎士團控制下的馬耳他。法國艦隊要求進入馬耳他港口取水。但是，聖約翰騎士團的大團長馮·霍姆佩斯不允許4艘以上的法國軍艦同時進港取水。這将延誤法國艦隊的取水程序，還會讓法國艦隊處于易受英國艦隊攻擊的狀态。
于是，拿破侖決定占領馬耳他，快速取水。其實，取水事件隻是法軍攻占馬耳他的借口。法軍攻占馬耳他的深層原因，一是為了確定法國在馬耳他的商業利益，二是為法國海軍提供一個海軍基地，以確定從法國至埃及的海上交通線的安全。此外，聖約翰騎士團的寶庫中藏有價值數百萬法郎的文物、貴重物品和銀器，可以充作軍費。
6月10日，法軍迅速登陸，占領了馬耳他的部分地區。12日，聖約翰騎士團代表簽署了投降協定，将馬耳他的要塞和港口移交給法軍。在戰鬥中，法軍僅陣亡3人。法軍隻留下4000人駐守馬耳他，從馬耳他補充了2000名士兵，19日，法國艦隊裝載着法軍大部隊，駛離馬耳他，向埃及駛去。
前哨戰7月1日，法國艦隊駛抵埃及亞曆山大附近的水域。當天，法軍在亞曆山大以西大約5英裡的馬拉布特登陸。7月2日，法軍攻占亞曆山大。亞曆山大之戰，法軍傷亡300人，埃及軍隊傷亡700～800人。拿破侖任命克萊貝爾為亞曆山大總督，統領駐紮在亞曆山大的9000名法軍衛戍部隊。
拿破侖指令其餘法軍部隊（共計21000人）向開羅進發。向開羅進發的法軍部隊有5個師、1支預備隊和1支小型艦隊。5個師分别由邦、維亞爾、杜古阿、雷尼埃、德賽統率；預備隊由缪拉統率；1支小型艦隊由佩雷船長統率，這支小型艦隊負責為5個師和1支預備隊運送補給品。
拿破侖計劃讓法軍先兵分兩路，再合為一路：拿破侖同邦師、維亞爾師、雷尼埃師、德賽師、預備隊一道，從亞曆山大出發，先前往達曼胡爾，再前往拉赫馬尼亞。杜古阿師和佩雷率領的艦隊從亞曆山大出發，先前往羅塞塔，再前往拉赫馬尼亞。等到法軍5個師、1支預備隊和1支小型艦隊在拉赫馬尼亞會合後，再一起前往開羅。穆拉德貝伊得知法軍正向開羅進發的消息後，率領埃及軍隊駐紮在舒蔔拉希特村，準備迎擊法軍。
7月4日，德賽師率先從亞曆山大出發，前往達曼胡爾。5日，雷尼埃師從亞曆山大出發。6日，邦師從亞曆山大出發。7日，維亞爾師從亞曆山大出發。5日，杜古阿師和佩雷率領的艦隊從亞曆山大出發，前往羅塞塔。7日，拿破侖率領預備隊從亞曆山大出發，第二天，拿破侖率領預備隊抵達達曼胡爾。7～8日，法軍4個師和1支預備隊陸續到達達曼胡爾，在達曼胡爾休息。
在法軍自亞曆山大前往達曼胡爾的途中，經過了一片沙漠，有數百名法軍将士因幹渴、疾病而死，或被貝都因人殺死。8日，杜古阿師和佩雷率領的艦隊抵達羅塞塔。依照拿破侖的指令，杜古阿留下由梅努統率的1200名士兵駐守羅塞塔。11日，杜古阿師和佩雷率領的艦隊從羅塞塔出發，12日，杜古阿師和佩雷率領的小型艦隊到達拉赫馬尼亞。
