想要讓菌種發酵成功，需要具備以下幾個關鍵因素。如果缺少這些條件，可能會導緻發酵失敗。
首先，菌種的品質非常重要。優良穩定的菌種能夠帶來理想的發酵效果。例如，EM菌是一種複合菌種，包含芽孢菌、乳酸菌、光合菌、酵母菌和放線菌，其中含有的菌種種類繁多。好的菌種是成功發酵的關鍵。
其次，溫度也很關鍵。發酵過程中需要一定的溫度才能更好地進行。通常要求菌種發酵溫度在15度以上。如果當地溫度達不到要求，可以适當延長發酵時間。正常情況下，發酵溫度在25到28度之間，發酵24小時即可。如果溫度低于15度或更低，需要一周或更長時間才能真正發酵好。
第三，營養也很重要。在發酵過程中，菌種需要儲備營養，不僅需要大量的碳源。目前，許多發酵菌種會使用紅糖或蜂蜜作為營養來源，但這些營養相對單一。在發酵過程中，可以加入一些氮源成分的營養，如麸、豆粕或飼料，以促進菌種更好地發酵。例如，在發酵菌種時，可以加入一部分麸或豆粕或飼料，這也有助于促進菌種的發酵。
第四，發酵所用的器具也很關鍵。包括水質和發酵所用的裝置。要求器具中沒有任何其他物質殘留，如餘氯或其他有毒物質，否則會對發酵菌種造成不良影響。
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