conda 安裝與管理

Conda 是一個開源的軟體包管理系統和環境管理系統，用于安裝多個版本的軟體包及其依賴關系，并在它們之間輕松切換。

• conda https://www.anaconda.com/
• Bioconda http://bioconda.github.io/
• 官方教程 https://conda.io/docs/user-guide/index.html
• 清華源 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/
• 教程 http://www.jianshu.com/p/a9a65e868dca
• 教程2 https://zhuanlan.zhihu.com/p/22678445

安裝 conda

# miniconda
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
source ~/.bashrc

# anaconda
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda2--Linux-x86_64.sh
bash Anaconda2--Linux-x86_64.sh
           

配置 ~/.condarc

建議使用清華源 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels defaults
conda config --set show_channel_urls yes
#配置檔案在 ~/.condarc
           

condarc最後檔案如下

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - https://nanomirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/conda 
  - conda-forge
  - r
  - bioconda
  - defaults
show_channel_urls yes
ssl_verify: true
           

常用指令

#安裝R核心
conda install -c r r-essentials


conda info -e  #檢視所有環境
conda info  #目前環境

#建立虛拟環境 py35
conda create -n py35 python=
source activate py35  #進入 py35 這個虛拟環境
source deactivate     #退出
conda remove -n env_name --all  #移除虛拟環境

conda list  #列舉目前活躍環境下的所有包
conda list -n your_env_name  #列舉一個非目前活躍環境下的所有包
conda install numpy pandas  #安裝
conda install -n env_name pandas
conda uninstall pandas  #删除

conda search pyqtgraph  #查找包
conda update numpy      #更新包
conda remove numpy      #解除安裝包
conda install 軟體名=版本号  #安裝指定版本