天天看點

當小白一次性安裝5個R包後,頭發秃了!看我是如何安裝的(一)

作者:雲生信學生物資訊學

爾雲間 一個專門做科研的團隊

原創 小果 生信果

歡迎點贊+收藏+關注

當小白一次性安裝5個R包後,頭發秃了!看我是如何安裝的(一)

最近小果作為一名新手開始學習機器學習方面的知識,遇到了一些困難,掉了很多根頭發

當小白一次性安裝5個R包後,頭發秃了!看我是如何安裝的(一)

終于找到了解決辦法,快來看看你有沒有遇到這些問題吧!

本次學習主要是用到了survcomp,Hmisc,survival,survivalROC,CoxBoost這5個R包,小果本期主要分享Windows系統下如何順利将其安裝成功,希望大家能在安裝這一步少走彎路,節約一些時間哦~在Ubuntu系統下的安裝小果會分享在下期。

1. 如果你此前沒有安裝過其它相關的包,小果建議從安裝survcomp包開始。

首先打開Rstudio,在終端輸入以下代碼:

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("survcomp")           

因為小果沒有指定安裝位置是以是預設路徑,你也可以通過以下代碼指定安裝位置:

install.packages("package_name", lib="/path/to/custom/library")           

(後文小果都是預設位置,就不再重複了)

等待片刻後,就安裝好了。

當小白一次性安裝5個R包後,頭發秃了!看我是如何安裝的(一)

你可以輸入library(survcomp)來檢視是否安裝成功,如果已成功安裝該包,則不會有錯誤消息,并且該包将被加載。如果未安裝該包,則會收到錯誤。

繼續安裝Hmisc,survival,survivalROC這3個包,你可以一個一個的裝也可以一次性裝,代碼如下,CoxBoost我們放在最後安裝。

install.packages("Hmisc")
install.packages("survival")
install.packages("survivalROC")
或者
install.packages(c("Hmisc", "survival", "survivalROC"))           

同樣的,安裝完成後可以檢視是否成功。

1. 最後,安裝CoxBoost,一個總是報錯的包,讓小果的頭發少了一半。

在安裝這個包之前要做兩件事,如果你已經完成了可以直接開始。

① 安裝devtools

install.packages("devtools")           

② 安裝Rtools

網址https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/

打開網址下載下傳對應版本即可,建議預設安裝位置。

完成以上兩項工作後就可以開始下載下傳CoxBoost了

代碼如下:

示例

library(devtools)
install_github("binderh/CoxBoost")           

至此5個包安裝結束,檢查一下:

終于成功了!希望小果能為你提供到幫助哦!

當小白一次性安裝5個R包後,頭發秃了!看我是如何安裝的(一)

後記:

R包那麼多,難道我要一個一個學嗎!别擔心,小果有上線雲生信平台,隻需新增賬號就能滿足你的多樣分析需求!這隻是冰山一角哦~

生信人R語言學習必備

立刻擁有一個Rstudio賬号

開啟更新模式吧

(56線程,256G記憶體,個人存儲1T)

當小白一次性安裝5個R包後,頭發秃了!看我是如何安裝的(一)

“生信果”,生信入門、R語言、生信圖解讀與繪制、軟體操作、代碼複現、生信硬核知識技能、伺服器、生物資訊學的教程,以及基于R的分析和可視化等原創内容,一起見證小白和大佬的成長。

繼續閱讀