“正以治邪，一以統萬”，正一道興起于東漢年間，因奉其道者，須納五鬥米，時稱“五鬥米道”，此後該教傳道甚廣，祖輩從漢魏之際即信仰五鬥米道的世家大族比比皆是。然而繼任五鬥米道教主的孫恩非但沒有繼續将本教發揚光大，而是借着傳教的名義蠱惑群眾，最終成為“海盜”的代名詞，他都犯下哪些惡行呢？
一、流亡海島，伺機而動
淝水之戰的勝利，給了晉孝武帝司馬曜奪回權力的機會，然而他委以重任的司馬道子卻是個政治草包，他倆終日飲酒，寵幸之人都是佞臣小人，朝政混亂。由于司馬道子上台後嚣張跋扈，讓司馬曜忍無可忍，于是爆發了君相之間的朋黨相争，東晉王朝再度岌岌可危。
當時，江南世族多信奉五鬥米道，孫恩的叔父孫泰也是如此，在孫泰孫泰繼任五鬥米道教主後，有感晉朝國祚将傾，心頭湧現的不是竭盡忠誠報效國家，而是如何取而代之。然而孫泰欲起事的消息敗露，他本人以及六個兒子皆被殺害，孫恩則流亡海島，伺機為叔父報仇。
因為孫泰在江南傳法布道，受人敬信，在他死後，追随者們認為這是“蟬蛻登仙”，于是又支援孫恩為教首，打算再度起事。恰逢此時，執政的司馬道子之子為了增加兵源，于是下令征召三吳地區那些門閥家的“奴隸”為己所用，引發了當地門閥的憤怒不滿。
當聽說五鬥米道教首孫恩帶着教徒從海上歸來時，三吳八郡皆有叛亂響應者，“一時俱起，殺長史以應之，旬日之中，衆數十萬”。于是孫恩洋洋得意，自認為天時地利人和盡占的他認為自己不久後能夠直接拿下東晉都城建康，成為新一代帝王。
二、華而不實，命中克星
就在孫恩暢想未來時，掌管兖、青、冀、幽、并、徐、揚七州軍務，手握精銳北府兵的劉牢之殺來，知道自己手下幾斤幾兩的孫恩不再揚言要攻占建康了，而是打算與東晉以錢塘江為界，分庭抗禮，兵敗如山倒後，孫恩安慰自己這麼灰溜溜逃回海島也不是丢人的事。
将孫恩趕跑後，東晉朝廷命頗有名望的謝琰領會稽内史、都督五郡軍事，防備孫恩再度作亂。謝琰是名臣謝安次子、謝玄從弟，淝水之戰跟随父兄挫敗前秦天王苻堅，孫恩第一次來犯時是他與劉牢之共同鎮壓叛變，是以大家都認為謝琰能安定三吳之地。
身為高門子弟，因敗苻堅、平孫恩而聲名遠揚的朝廷重臣，謝琰根本沒有把海盜們放在眼裡，“及至郡，無綏撫之能，而不為武備”。手下人勸他整備軍務，謝琰則表示自己連擁兵百萬的苻堅都沒虛過，何況是名不見經傳的孫恩，“若其複至，正是天不養國賊，令速就戮耳”。
然而謝琰低估了孫恩的影響力，高估了自己的實力，當孫恩卷土重來的時候，謝琰沒有制定詳細的戰略，部将們雖然有所斬獲，但他自己死于亂箭之下。還沒等孫恩得意太久，他的命中克星劉牢之又來了，并且再度将他趕到海上。
三、屢戰屢敗，不得其死
隆安五年（401），孫恩率衆第三次登陸，進攻句章城，他再次碰上硬茬——劉裕，一個現在想篡晉稱帝，一個未來以宋代晉，殊途同歸的二人在小小的句章城下相遇了。将不過百，卻能連戰連勝，劉裕在對戰孫恩時嶄露鋒芒，而孫恩号稱教徒十萬，一碰到硬茬就隻能吃敗仗，孰優孰劣一目了然。
眼見打不過劉裕、劉牢之，孫恩決定繞過他們，直逼建康，執政的司馬元顯率兵拒戰，但屢戰不利，建康危急，好在劉裕日夜兼程，在丹徒大敗孫恩，孫恩的信徒們跳崖投水而死者甚衆。眼見攻取建康無望，孫恩又想逃跑，隻不過他這次沒辦法逃回根據地了。
作為讨伐孫恩的主将，劉裕沒有像劉牢之那樣打赢一場就走，而是得勝後一直追着孫恩打，将他往南方趕，由于孫恩連戰連敗，他的信徒和在三吳之地俘虜的群眾已經所剩無幾，加上遭受饑馑疾疫，孫恩早已不複昔日的豪言壯志，隻得再度匆匆入海不知去向。
元興元年（402），東晉朝廷又内鬥了，盤踞荊州的桓玄殺入建康，除去司馬道子、司馬元顯及其屬吏。這次内亂又讓孫恩自以為機會來了，結果又被攔在臨海城下，不得踏入晉土半步，他再也沒有雄心熱心，最終選擇投海自盡。