1.建立初始結構
(1)建造一個的水分子
運作MS，建立一個Project命名為water molecular。打開一個新的xsd文檔命名為H2O.xsd。在工具欄選擇Sketch Atom工具繪制一個水分子，如下圖所示。然後點選Clean工具修正得到合理的幾何構象。
(2)建造多分子水的無定型體系
選擇菜單欄Modules上的Amorphous Cell，在下拉清單中選擇Construction，打開Amorphous Cell Construction對話框。點選Add按鈕将水分子添加到體系中，單擊Constituent molecules欄中Number下的數字，設為500。相應的，溫度298K；Number of configurations填1；Cell type選Periodic cell(設定體系含有周期性邊界條件)；水密度0.997g/cc。在Setup頁籤中，選用Compass力場；Job description可設定任務名稱。
點選Construct開始建構，在Project explorer中出現了一個新的名為Sketch 1 AC Constr的檔案夾。計算結束後産生一個包含500個水分子無定形體系的軌迹文檔Sketch 1.xtd，如下圖。
1.動力學模拟
(1)優化體系
建構好的水分子無定形體系需要用Discover子產品中的Minimizer對其進行優化，打開Discover Minimizer對話框相關設定如下圖，然後點選Minimize按鈕開始優化。
優化結束後，會在Project Explorer中建立了一個新目錄Sketch 1 Disco Min，當任務完成時，最小化的結構會被存放到這個新目錄下。
(2)動力學模拟
用Discover子產品中的Dynamics對體系進行平衡計算，打開Discover Molecular Dynamics對話框，下圖所示。Ensemble(系綜)下拉清單選擇NPT，Temperature為298K，溫度控制方法選擇為Nose，壓力為0.0001Gpa，壓力控制方法為Berendsen，步數設為10000，時間步長為1fs，Save下拉清單中選擇Full，Frame output every處設為200steps(每200步輸出一次體系構型檔案)。點選Run開始運作，運作結束後會自動産生一個Sketch 1 Disco Dynamics檔案夾，裡面包含Sketch 1.xtd文檔。
1.進行水分子徑向分布函數及擴散系數分析
激活Sketch 1 Disco Dynamics檔案夾裡面的Sketch 1.xtd文檔，按住Alt鍵輕按兩下其中一個H原子即選中所有水分子中的H，在菜單欄Edit下拉菜單中選Edit Sets，打開Edit Sets對話框，按New按鈕将所有H原子命名為H；用同樣的方法将體系中的O原子命名為O；按Ctrl+A選中所有水分子命名為H2O。設定完成後，就可以對水分子進行分析了。
(1)徑向分布函數
在工具欄Discover下拉清單選擇Analysis，打開Discover Analysis對話框。在視窗菜單中選中Structural目錄下的Pair correlation function（徑向分布函數），點選按鈕Define，打開Trajectory Specification(Discover)對話框，點選Add to list，添加命名後的水分子軌迹檔案，關閉對話框。回到Discover Analysis，在Choose sets中在第一個下拉框選擇H，第二個下拉框選擇O，如下圖所示。設定完成後，點選Analyze按鈕開始進行分析。
運作結束後會自動産生一個Sketch 1 Disco Pair correlation function檔案夾，激活該目錄下的Sketch 1.xcd文檔。可以看到圖中有九條g(r)曲線，其中aa、ab、bb分别表示H-H、H-O、O-O；total、intra、inter分别表示分子内和分子間總的g(r)、分子内g(r)、分子間g(r)。右擊圖像，在快捷菜單中選擇Delete Graphs，選中所有total和intra項，點選Delete。剩下的就是分子間H-H、H-O、O-O的徑向分布函數，如下圖。
上圖給出了水分子中各原子對徑向分布函數。O-O 徑向分布函數在0. 275 nm處出現最高峰值,表示由于氫鍵互相作用下中心水分子與最近鄰水分子間氧氧距離；O-H 徑向分布函數在0. 175 nm 和0. 325 nm 處均出現峰值,這分别是有氫鍵作用和無氫鍵作用的O-H 距離；H-H 徑向分布函數在0. 245 nm 和0.465nm處出現峰值。
0.275；0.175，0.325；0.245，0.475
0.265；0.175，0.325；0.235，0.475
(2)擴散系數
因為MS軟體中無法直接對軌迹檔案求出體系的擴散系數，但是可以通過分析均方位移(MSD)來間接求出體系的擴散系數：即均方位移曲線斜率的六分之一就是體系的擴散系數。
在剛才的Discover Analysis對話框中，選擇Dynamic目錄下的Mean squared displacement (均方位移)，點選Define，再點選按鈕Add to list，添加命名後的水分子軌迹檔案，關閉該對話框。回到Discover Analysis，在Choose sets中選中H2O，如下圖所示。然後點選Analyze開始分析。
運作結束後會自動産生一個Sketch 1 Disco Mean squared displacement檔案夾，激活裡面包含Sketch 1.xcd文檔。右擊圖形，選擇Delete Graphs，可将X，Y，Z方向的MSD圖像删除，留下我們需要的圖像，如下圖。
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