在進行微生物多樣性分析時,大家一定會想做微生物群落與環境因子之間的關聯性分析,其中RDA分析便能幫助我們解析微生物群落與環境因子之間的相關性問題。
RDA分析即備援分析,是環境因子限制化的PCA分析,可以将樣本和環境因子反映在同一個二維排序圖上,從圖中可以直覺地看出樣本分布和環境因子間的關系。CCA分析是基于對應分析發展而來的一種排序方法,将對應分析與多元回歸分析相結合,每一步計算均與環境因子進行回歸,又稱多元直接梯度分析。此分析主要用來反映菌群與環境因子之間關系。RDA是基于線性模型,CCA是基于單峰模型。分析可以檢測環境因子、樣本、菌群三者間的關系或者兩兩之間的關系。
RDA分析-
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分析 做cca_全網最細的圖文詳解——手把手教你不會代碼一樣做RDA/CCA分析! 準備物種資料與環境資料,至于物種資料在門水準或者其他水準讀者自行選取,本文以屬水準為例。
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分析 做cca_全網最細的圖文詳解——手把手教你不會代碼一樣做RDA/CCA分析! 物種資料表格列為物種相對豐度或OTU數,行為樣本名;環境資料表格列為我們關注的環境因子(如pH、EC等),同樣行為樣本名。兩個資料表儲存為excel格式即可。
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分析 做cca_全網最細的圖文詳解——手把手教你不會代碼一樣做RDA/CCA分析! 詳細資訊出來後,圖像随之也出來,點選Graph1即可檢視物種與環境因子之間的關系,Graph2檢視樣本與環境因子之間的關系
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分析 做cca_全網最細的圖文詳解——手把手教你不會代碼一樣做RDA/CCA分析! 如果想要同時檢視物種、樣本與環境因子之間的關系,可在Graph選項中選擇Triplots,選擇with environmental variables。
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