今天是第一講，帶你走進R的世界。
R是用于統計計算和資料可視化的免費且功能強大的程式設計語言。 R可用于計算各種經典的統計檢驗，以及各種最新的統計學建議方法。以小編使用R近10年的經驗來看，論文中有什麼最新最進階統計學方法，99%都能找到相應的R軟體包或者功能實作。這不僅适用于我們平時對普通生物統計的需求，更是涵蓋了生物資訊學，進階統計學等對統計能力要求更高的學科。 使用R可以繪制許多類型的圖，包括：箱形圖，直方圖，密度曲線，散點圖，線圖，條形圖，基本上論文上你能找到的圖，95%都可以通過R輕松繪出。解決了很多小夥伴想畫一個進階圖而不得的麻煩。
1. 用R的理由
1. 與SAS，SPSS，STATA比，R是開源的，免費的。雖然小夥伴在市面上也可以獲得其他軟體的破解版，但是對于有些要求嚴格的雜志來說，會要求作者出示軟體許可資訊。同時，使用破解版的軟體會對自己電腦的網絡安全産生影響。 2. 通過将腳本的方式，可以将結果嵌入單個檔案中，R可以實作快速重複相似分析。 比如導師要求你用四個不同的人群做同樣的分析，或者課題進展過程中因為一些小變動，圖、表或者分析需要重新做，擁有了R的腳本代碼備份，你隻需要将初始的資料換成新資料即可輕松完成所有任務。 3. R是跨平台相容的 是以可以安裝在Windows，MAC OSX和Linux上 4. R提供了多種統計技術和圖形功能。 5. R具有高度的可擴充性。 它具有成千上萬個有據可查的擴充軟體包(稱為R包)，适用于金融部門，醫療保健等領域的廣泛應用。 大部分的分析，我們隻需要使用特定R包的特點功能，就可以輕松實作。 同時，每一個R包及功能，都有品質可控的詳細介紹以及相關論文支撐。 確定了其功能的準确可靠性。
2. R軟體的安裝
R軟體和其可視化姐妹版Rstudio可以分别在其官網獲得。
- R：https ://cran.r-project.org/
- Rstudio：https ://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
共同點：
都是是基于R語言對資料進行分析和作圖。
不同點：
R軟體完全免費，但是功能多樣性少。Rstudio在一定程度上将R軟體的很多内容做成了一個個視窗可視化了，比如設定工作路徑，檢視幫助，輸出圖表，快速檢視表格内容等。對于新手來說，更加容易上手。
雖然Rstudio它分為收費版和免費版，但我們使用免費版完全夠用了。
3. 運作RStudio以及設定工作目錄
R軟體 首次使用R時，在Windows和MAC OSX下的設定工作目錄過程如下：在“文檔”檔案夾中建立一個子目錄，例如R。R将使用此子檔案夾(也稱為工作目錄)來讀取和儲存檔案。輕按兩下圖示啟動R。将工作目錄指定為R：在Windows上：File –> Change directory在MAC OSX上：Tools –> Change the working directory Rstudio
(RStudio螢幕) RStudio是一個四窗格工作區，用于1)建立包含R腳本的檔案，2)鍵入R指令，3)檢視指令曆史記錄，4)檢視繪圖等。 左上方面闆：代碼編輯器，可用于建立和打開包含R腳本的檔案。R腳本是記錄工作的地方。可以如下建立R腳本：File –> New –> R Script。 左下面闆：用于輸入R指令的R控制台 右上方面闆：工作區頁籤：顯示你在R會話期間建立的R對象的清單曆史記錄頁籤：顯示以前所有指令的曆史記錄 右下面闆：檔案頁籤：顯示工作目錄中的檔案繪圖頁籤：顯示你建立的繪圖的曆史記錄。在此頁籤中，你可以将繪圖導出為PDF或圖像檔案軟體包頁籤：顯示系統上可用的外部R軟體包。如果選中，則将程式包裝入R。
4. 更改工作目錄
你可以按以下方式更改工作目錄：在“文檔”檔案夾中建立一個名為“ R”的子目錄在RStudio中，使用菜單在Session > Set Working Directory > Choose Directory目錄下更改你的工作目錄。選擇你在步驟1中剛剛建立的目錄也可以使用R函數setwd()，它代表“設定工作目錄”。比如在windows下，可以設定工作目錄如下：
setwd("c:/Documents/my/working/directory")
如果你想知道目前(或預設)的R工作目錄，請鍵入指令getwd()，該指令代表“擷取工作目錄”。
5. 設定預設工作目錄
每次打開RStudio時，預設的工作目錄都是一個檔案夾。你可以從RStudio菜單下的預設工作目錄中更改：Tools –> Global options –> browser以選擇所需的預設工作目錄。 關閉你的R / RStudio會話 每次關閉R / RStudio時，系統都會詢問你是否要儲存R會話中的資料。如果決定儲存，資料将在以後的R會話中可直接使用。 ✎ Tip 小編的建議是，盡量不要選擇儲存，因為這會占用你很大的電腦記憶體。
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在之後的更新中，我們會進一步為您介紹R的入門，以及常用生物統計方法和R實作。歡迎關注，投必得醫學手把手帶您走入R和生物統計的世界。當然啦，R語言繪圖的掌握是在長期訓練中慢慢積累的。一個人學習太累，不妨加入“R與統計交流群”，和數百位碩博一起學習。 快掃二維碼撩小編， 帶你進入R與統計交流群， 讓我們共同進步！ ↓↓↓
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