近5億年前，地球生命曆程的重大飛躍，最早的魚形動物的出現，開啟了脊椎動物的曆史，引領了動物群落的發展，進入了一個新的曆史階段。真正的魚最早出現于3億多年前，縱觀漫長的曆史過程，曾經存活了大量的魚類，早已随着時間的流逝而滅絕，今天地球上的魚類才得以後期出現，進化出極少數的物種。
人類很久以前就能夠識别物種，給通常被稱為"魚"的東西起名字，包括水中的所有動物，進而在魚中吐露了生活在水中的許多動物的名字，如鲸魚，海豹，蟒蛇（小魚），鱿魚，鱿魚，鱿魚，章魚，海星，海浙，海綿，文昌魚等。最後那些水生動物才是真正的"魚"，對于"魚"的劃分，在不同的時代有不同的定義。
兩萬年前，古希臘哲學家柏拉圖（427-347年前）将魚定義為："這個物種（魚）是由完全無意識的東西創造的。畸形的主認為，在這一類中不再值得給予純潔的呼吸，因為他們是萬惡的後裔，并且有一顆不潔淨的心。畸形的主把他們放進水裡，這樣他們就可以透過深深的污泥呼吸奇妙而純淨的空氣。這是對魚和牡蛎以及所有其他水生動物因無知的重大罪行而受到懲罰，并被遠遠地與它們分開的懲罰"。柏拉圖的觀點充滿了神創論。由于現代科學的發展，這種觀點已被完全否定。
中國漢代初期，艾莉亞将動物分為四大類：昆蟲、魚類、鳥類和動物，包括魚類、兩栖動物、爬行動物等低級脊椎動物和鲸魚及蝦、螃蟹、貝類等。
1 8世紀瑞典博物學家林奈（Linnaeus，1707-1778）創立了現代分類學，在他的著作《自然系統》中，他将動物世界分為九類：母乳喂養、鳥類、兩栖動物、魚類、昆蟲和蠕蟲。1859年，英國生物學家達爾文出版了《物種起源》，催生了系統分類學。從那時起，魚類的定義和範圍已經确定。
物種的起源
自然系統
這些動物到底是什麼"魚"？現代分類學家将"魚"定義為生活在水中，用鰓呼吸，用鳍遊泳的脊椎動物。魚類，包括園林魚、軟骨魚和硬骨魚三大類，世界已知的魚類約26000種，是脊椎動物中最大的種類，約占脊椎動物總數的48.1%。中國有近3000種魚類，其中淡水魚約1000種。
在中國海岸附近的淺沙中，有一條纖細的，不超過50毫米長，兩端的尖端，半透明的小"魚"，它的學名是"文昌魚"，雖然它的形狀是魚，但它不屬于魚，文昌魚的身體背面雖然有脊髓， 但是沒有脊柱結構，身體裡沒有骨頭，沒有明顯的頭部，心髒沒有形成。文昌魚近似魚類的特征主要表現在脊髓、神經管和腭裂，在分類學中無脊椎動物和脊椎動物的中間過渡群——整繩的原始繩狀動物，又稱無頭。
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