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建站需要用伺服器，在伺服器選購過程中，除了常見的CPU、記憶體、硬碟、帶寬等配置以外，使用者還需要自行選擇作業系統，大多數伺服器都使用Windows Server或Linux作業系統
Windows系統
Windows Server是專為伺服器設計的專有作業系統，包括Microsoft開發的伺服器應用程式，如IIS Web伺服器，用于支援虛拟化的工具，以及包括防火牆的安全工具。Window系統的使用者界面和開發環境都是面向對象的，易于了解、學習和使用。Windows是一個單使用者、多任務的操作環境，允許使用者同時運作多個應用程式，或在一個程式中同時做幾件事情。
Windows系統有多個版本：Win 2003是較早出現的，不過随着伺服器硬體環境的不斷提升，微軟基本已經停止對該版本的安全更新，是以不再列入推薦。現在比較主流的版本是win2008，相對前者而言顯得更加成熟，無論是網絡優化還是系統相容方面都比較好。
Win2012則對系統原有功能進行了擴充，兼具開放性、可伸縮性、安全性、高性能、操作簡單等優勢特點，但應用普及率還有待提升。
Linux系統
Linxu是專為多使用者伺服器環境而建構的作業系統，可以實作不同使用者共同登陸系統，資源分享上也比較公平。Linux運作穩定高效，并有龐大的使用者和社群支援，能很快發現系統漏洞，迅速釋出安全更新檔，此外還支援大量的優質開源軟體。不過，基于Linux的作業系統對技術要求較高，對小企業或一般使用者而言，有一定的管理難度。
Linux擁有大量的發行版可用，每個發行版都提供了一個完整的伺服器作業系統和一個管理器，允許使用者輕松安裝諸如Web伺服器或電子郵件服務之類的軟體，常用發行版如CentOS、Ubuntu和Debian。CentOS 是企業級的Linux發行版本，穩定、占用資源小、配置簡單；Ubuntu有強大的軟體源支援、相容性好，但主要以桌面應用為主；Debian則以穩定性著稱，整個系統基礎核心非常小，對于小記憶體，首選Debian。
作業系統怎麼選
那麼在建站過程中選擇哪個作業系統才更合适呢？主要看實際的應用需求。一般來說，可以根據網站的開發語言、資料庫類型以及使用者的使用習慣來進行選擇：如果開發語言為
ASP、.NET、HTML，資料庫為ACCESS、SQL Server，請選擇Windows系統；如果開發語言為PHP、HTML，資料庫為MySQL，請選擇Linux系統；另外如果需要大量開發的可選linux系統，更習慣圖形界面的可選windows系統。
那如果選錯系統怎麼辦？不必擔心，可以随時向服務商申請替換。
由于重裝系統相當于将之前的系統盤進行格式化，存在檔案丢失的風險，建議可以提前備份重要資料，或選擇保留資料盤進行重裝；不過，當使用者選擇的資料庫版本或作業系統模闆與重裝前不一緻，可能會出現服務無法啟動的問題，這時最好先将伺服器資料備份到本地，選擇不保留資料重裝。
除選錯系統的情況以外，當系統使用時間久了，運作速度變慢，或遭受病毒、出現突然崩潰的時候，也可以通過系統重裝加以解決。