最近發現生信技能樹VIP論壇群裡在讨論jupyter lab這麼一個工具,内心想嘗試一下,畢竟一個好工具或許就可以改變你的學習态度和程序,工欲善其事,必先利其器嘛。我使用了這個工具之後,感覺又重新燃起了對R語言的學習熱情呢。當然,手上的技能樹講義講得好也至關重要。下面就說說我安裝使用這個工具遇到的一點問題和解決的過程。
背景
先說一下我的使用背景,剛更新了16GB記憶體和固态硬碟,裝上了最新版的Catalina黑蘋果,雖然最近美帝很嚣張,但技術無罪吧,期待國産作業系統可以挑起重擔,實作各種日常應用不依賴超級難用的美帝作業系統。然後,mac本身不自帶python3的,我就使用miniconda安裝了個python3的環境,發現更新系統後conda是可以繼續使用的,小小的驚喜,其實,好多軟體可以繼使用的,當然,新系統抛棄了32位應用,還能使用catalyst遷移的ipad應用,發現其實沒幾個,畢竟不同的平台。蘋果應該是下一盤大棋,使用上自有處理器,後面蘋果可能 就不好黑啦,但估計什麼也難不倒廣大的民間大神。
還要吐槽下難用的win10,本來以為微軟開始了新紀元,能夠做更符合使用者需要的作業系統,可是發現,各種更新,各種bug,還越來越慢,直接把使用者逼瘋的節奏。除了我的因為硬碟存儲空間不足的電腦,其餘的電腦都已經更新到接近廢了,特别慢,當然也沒有使用固态盤,還不如國産的深度系統,至少不怎麼卡。
書歸正傳,我的jupyterlab裝在了一個非系統預設的應用程式目錄,而是另外一個分區的一個目錄。我要做的是把R應用kernel添加到jupyter lab,這樣,我就可以愉快地使用它來學習R語言了。
過程
過程基本上就按這篇csdn部落格進行的https://blog.csdn.net/ICERON/article/details/82743930, 前面基本上是比較順利的,進行到最後一步的時候,出現了報錯,識别不到我安裝的jupyter,我于是使用rstudio的系統terminal激活conda環境,還是不行,估計原因是因為我沒有把conda放入環境變量的原因。
我的解決方法是,在我的vps上也執行了一遍這個步驟,把需要的檔案拷貝了下來,稍微修改了一下R的安裝路徑,重新開機jupyter lab就可以直接使用了。
ir
├── kernel.js
├── kernel.json
└── logo-64x64.png
#是有三個檔案,觀察minconda的python3 kernel隻有兩個,估計兩個就OK了。
複制
其實要改的就隻有一個kernel.json。如果是linux作業系統估計是不需要改的,mac和win就需要改一下R的安裝路徑:
{
"argv": ["/usr/lib/R/bin/R", "--slave", "-e", "IRkernel::main()", "--args", "{connection_file}"],
"display_name": "R",
"language": "R"
}
#mac裡是/usr/local/bin/R
複制
至此,就可以愉快地使用R-jupyter lab了。