在幹貨預警：3分鐘搞定GO/KEGG功能富集分析（2），給大家詳細講解了DAVID網站的使用，通過分步操作，帶領大家學習了使用DAVID工具來進行GO和KEGG分析。今天，我們重點講解如何将DAVID中的功能富集的結果轉換成正式的Figure，有請小獵豹。
多圖&多視訊預警，輕點可看詳細内容
在幹貨預警：3分鐘搞定GO/KEGG功能富集分析（2）文章的結尾，我們得到了一個基因清單的功能富集結果（如下圖所示）。但如果想把結果最展示在文章中（箭頭所指），還需要一些繪圖的操作。今天，我們就重點來講解 如何将DAVID中的功能富集的結果轉換成正式的Figure。
閱讀文獻時，大家遇到最多的就是柱狀圖（一般是水準柱狀圖），柱子的高低與p-value相關，柱子越高則越顯著。我也問過很多人，喜歡哪種圖檔來展示功能富集的結果，曾經有人跟我說，特别喜歡那種大大小小的彩點圖……
我想了一下，覺得這位耿直的同學說的應該是進階氣泡圖，想必有不少人見過氣泡圖，卻不知道應該怎麼做，連現成的工具也找不到。那麼，今天的繪圖操作，我們就分為兩部分：柱狀圖 and 氣泡圖，來給大家詳細講講如何通過這兩種圖來展現GO/KEGG功能富集的結果。（由于微信公衆平台對視訊數目的限制，無奈把柱狀圖和氣泡圖分為兩篇講解，需要氣泡圖的同學請關注“科研貓”公衆号檢視）
柱狀圖
本文所用的資料即上次示範DAVID操作時所用的資料（大家可以通過識别文末的二維碼，向“折耳貓小姐姐”索取）。話說柱狀圖的制作相當簡單，方法也衆多，比如Excel，Graphpad prism，SPSS，SAS，Matlab，R等衆多軟體，這裡我們就說最簡單實用的—Excel。下面是實戰示範，依舊是分步講解：
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Step1：儲存資料。将DAVID的結果儲存到我們的本地電腦當中，儲存檔案我推薦用文本檔案，即txt檔案。原因是用各種程式設計語言和軟體處理起來比較友善。怎麼儲存呢？非常簡單。在你的電腦檔案夾中建立一個空白的文本檔案，在結果頁面中點選“Download File”，進入到結果詳情頁面，然後一次運作幾個快捷鍵即可，Ctrl+A（全選）- Ctrl+C（複制）-打開空白的文本檔案- Ctrl+V（粘貼）- Ctrl+S （儲存）- 關閉文本檔案即可。
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Step2：導入資料。打開Excel，導入資料，将文本檔案導入Excel當中。這個步驟相信大家都能操作吧，如果是Windows系統，直接把檔案拖過去就好了。為了避免有些時候打開不成功，我們通過“資料”-“自文本”的方法導入資料。
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Step3：資料轉換。在作圖之前的我們需要對資料進行一定的處理。假定我們就按照最常見的水準柱狀圖來做，那麼圖檔的x軸就是-log10(P value)，我們需要使用函數把P value轉換一下，需要用到一個Excel當中的函數叫做-LOG10()，同時圖檔的y軸是GO term或者KEGG pathway，這些語義詞彙的字首都帶有GO:xxxxxxx~或者hsa:xxxxxx~，為了讓我們的figure更簡潔明了，我們需要把這些沒用的字首删除，怎麼删掉呢？我們需要用到MID()函數。具體操作如下。
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Step4：繪制圖形。得到轉換好的資料之後，我們就開始作圖啦！一般情況下，GO/KEGG富集出來的結果正常顯示top10或top15的資料，是以我們這裡選擇前10行展現出來。怎麼做呢？這個相信大家都會的，直接Excel中“插入”-“圖表”即可。
詳情：科研貓