蛋白質是生命活動的展現者，其結構決定着功能。由線性氨基酸組成的蛋白質需要折疊成特定的空間結構才具有相應的生理活性和生物學功能。
解析蛋白質的空間結構對于認識蛋白質的功能、功能的執行、生物大分子間的互相作用，以及醫學和藥學的發展(如藥物靶點的設計等)具有重要意義。為了更快速地了解蛋白質功能，不能隻等待蛋白質的測定結果，尤其是對未知蛋白質開展研究之前，通過對蛋白質結構進行預測具有明顯的優勢。
理論基礎
蛋白質的進階結構由其一級結構序列決定，蛋白質可以自發地折疊成它們的天然結構，特别是結構簡單的蛋白質小分子。
- 序列相似的蛋白質具有相似的三維結構；
- 不同的蛋白質中相同的結構域(domain)具有相似的功能。
蛋白質結構預測流程 蛋白質理化性質和一級結構分析 1. 分析蛋白質的 pI、Mw、氨基酸組成、消光系數、穩定系數等 (1)進入 Expasy 首頁：
http://web.expasy.org/protparam/
(2)點選 Resource A…Z (3)查找「ProtParam」(protein physical and chemical parameters) (4)粘貼序列進行分析。
2. 分析蛋白質的親水性和疏水性 (1)進入 Expasy 首頁： http://web.expasy.org/protscale/ (2)點選 Resource A…Z (3)查找「ProtScale」(protein profile computation and representation) (4)粘貼序列，選擇分析方法，進行分析。 (5)蛋白質的親水和疏水性分析結果，圖形顯示(親水用負值表示，疏水用正值表示)。 3. 分析蛋白質的跨膜區 (1)Tmpred 法分析蛋白質的跨膜區： 基于對 Tmbase 資料庫的統計分析來預測蛋白質跨膜區和跨膜方向。 http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html
(2)TMHMM 法分析蛋白質的跨膜區： 基于 HMM 方法的蛋白質跨膜區預測工具。 http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/
4. 信号肽預測 SignalP 預測的是分泌型的信号肽，而不是參與細胞内信号傳遞的蛋白。 準确性高于 90%。 http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP
蛋白質二級結構預測 1. CFSSP http://cho-fas.sourceforge.net/
2. PSIPRED http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/
蛋白質結構域預測 1. InterPro http://www.ebi.ac.uk/interpro/scan.html
2. Pfam http://pfam.xfam.org/
蛋白質三級結構預測 1. 同源模組化(SWISS-MODEL) 蛋白質結構同源模建(又稱同源模拟、同源模組化)的理論基礎是蛋白質的三級結構比蛋白質的一級結構更為保守。
2. 折疊識别 基本原理： 從蛋白質結構資料庫中識别與待測序列具有相似折疊類型，進而實作對待測序列的空間結構預測。 自然界中蛋白質折疊類型的數目是有限的，許多蛋白質雖然享有很低的序列相似性，但它們仍可能具有相同的折疊類型，這就是折疊識别的理論依據。 軟體 1：pGenThreader http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/
軟體 2：Phyre2 http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2
3. 從頭計算法 原理： 蛋白質的天然構象對應其能量最低的構象 (熱力學理論)，是以通過構造合适的能量函數及優化方法，實作從蛋白質序列直接預測其三維結構的目的。 軟體：I-TASSER http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/
一周左右，結果将發到注冊郵箱，進入郵箱打開連接配接，下載下傳結果。
XX.pdp 檔案用 PyMOL 軟體打開： http://pan.baidu.com/s/1kUXOhIf
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