Molpro 安裝使用說明

簡介

MOLPRO是國際上廣泛使用的專業級電子結構量化計算軟體，由H.-J. Werner和P. J. Knowles負責設計和維護。不同于其它的量子化學軟體包，MOLPRO的重點是高精度計算，通過多參考CI，耦合簇和有關的方法，廣泛處理電子相關問題。使用最近開發的直接積分局域電子相關方法，可以極大地減少随分子尺寸增加的計算量，能夠對更大的分子體系進行準确的從頭計算。程式的核心是MCSCF，MR-CI，和耦合簇程式，以及一系列附加功能。 首頁可以申請試用版。

下載下傳

官方下載下傳位址

安裝

将下載下傳到預先編譯的腳本檔案molpro-mpp-2015.1.20.ompi.sh上傳到系統上，添加可執行權限，直接執行即可安裝。

建立目錄（如果不存在則建立，否則安裝過程報錯找不到）

mkdir -p $HOME/software/molpro//bin
           

添加腳本可執行權限

執行腳本

./molpro-mpp-..ompi.sh

Enter bin directory to link Molpro (optional) []
$HOME/software/molpro//bin
Enter installation directory for Molpro files 
[/usr/local/molpro/molprop_2015_1_linux_x86_64_i8]
$HOME/software/molpro//molprop_2015_1_linux_x86_64_i8
Installation of Molpro files complete
Please give your username for accessing molpro
    # 直接回車
Please give your password for accessing molpro
    # 直接回車
Token download unsuccessful - please install manually
           

配置Token

配置Token可以在對應的lib檔案夾添加.token檔案，例如：

cd $HOME/software/molpro//molprop_2015_1_linux_x86_64_i8/lib
vim .token
    id=***,date=://,version=:,mpp=,modules=mpp,password=******
           

然後寫入你的賬戶密碼資訊，儲存即可。

也可以聲明環境變量，如：

export MOLPRO_KEY="id=***,date=:2025/02/05,version=:2015,\
    mpp=32767,modules=mpp,password=******"
           

額外配置*

在實際測試過程中，發現有時候會缺少lscpu指令，是以我們從登陸節點拷貝一份到bin目錄：

cp /usr/bin/lscpu $HOME/software/molpro//molprop_2015_1_linux_x86_64_i8/bin
           

預設送出

# 預設輸出檔案明.out
molpro h2o.inp 
# 不儲存已有.out檔案，而是重寫
molpro -s h2o.inp
# 指定輸出檔案名
molpro -o water.output h2o.inp 
# 設定使用記憶體
molpro -m M h2o.inp
# 8核并行
molpro -n  h2o.inp
# 設定臨時目錄，預設為/tmp/$USER;設定TMPDIR變量，或-d 參數指定
molpro -d /scratch/$USER h2o.inp 
           

使用slurm作業管理系統送出

因為使用作業管理系統送出任務的時候，它會自動将-n給定的值為環境變量允許的最大值的上限，并且跨節點并行有些問題，這并不是我們想要的，是以我就寫了一個腳本，如果想要，歡迎給我留言。