R語言pophelper包對 Admixture遺傳結構分析可視化

爾雲間 一個專門做科研的團隊

生信果

對于Admixture軟體生成的遺傳結構分析結果進行可視化如果隻使用boxplot函數，會比較單調如下圖

如果想要繪圖更賞心悅目一些可以使用R語言pophelper包，效果如下

如果上圖成功引起了你的注意，那接下來就和小果一起敲代碼吧

代碼如下

rm(list=ls());gc();
BiocManager::install('pophelper')
#安裝依賴包
install.packages(c("devtools","ggplot2","gridExtra","gtable","label.switching","tidyr"),dependencies=T)


# install pophelper package from GitHub
devtools::install_github('royfrancis/pophelper')


library(pophelper)
library(data.table)
options(stringsAsFactors = F)
alist <- readQ(filetype="auto",list.files(path="D:/test/", full.names=T))




alist<-alignK(alist)
plotQ(alist,exportpath=getwd(),sortind="all" , height = 5,
      width = 5,showyaxis = TRUE,imgtype="pdf",showlegend = TRUE,showdiv = FALSE,outputfilename="plotq7")


plotQMultiline(alist,sortind="all",exportpath=getwd())           

完工[得意]~

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