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對于從事生物醫學及生物資訊學的人員來說，GEO（Gene Expression Omnibus database）資料庫的重要性大家一定不陌生了吧，GEO資料庫收集了大量表達譜、甲基化、LncRNA、miRNA、拷貝數變異（CNV）等各種晶片資料，并且還存儲了一些二代資料和其他高通量測序資料。
今天小果将帶大家學習如何從GEO資料庫下載下傳你所需要的資料，讓GEO資料庫成為你科研路上重要的助力。
GEO資料庫所包含的資訊
1) GEO Platform (GPL) 晶片平台
2) GEO Sample (GSM) 樣本ID号
3) GEO Series (GSE) study的ID号
4) GEO Dataset (GDS) 資料集的ID号
注：文獻中會提到所用資料集
資料下載下傳
1、方法一
打開GEO官網：Home - GEO - NCBI (nih.gov)，輸入GSE編号，點選Search
下拉，選擇Series Matrix File（s）
下載下傳matrix檔案 ，可以下載下傳到本地，也可以通過檔案傳輸的方式在伺服器進行傳輸 wget
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE102nnn/GSE102031/matrix/GSE102031_series_matrix.txt.gz（42M）
如果想要下載下傳原始資料，可以點選Download下面的下載下傳連結進行下載下傳
還可以通過直接查找SRA編号—Send to—File—Runinfo下載下傳csv表格，打開後有一個下載下傳連結可以直接下載下傳
下載下傳完成後您可能有些疑問，我們會得到一個.sra結尾的資料，SRA是壓縮檔案，我們隻要使用fastq-dump進行解壓就能得到原始檔案。
也可以打開網址：Index of / (nih.go11111v)：
選擇geo—seris—要選的系列—GSE編号：
2、方法二
通過加裝GEOquery包，使用GEOquery包可以得到對應GEO的表達矩陣，注釋資訊，樣本資訊等。
options()$repos #翻牆
options("repos" c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))#選擇鏡像
options()$BioC_mirror
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
library(GEOquery)
gset <- getGEO('GSE102031', ##GSE編号
destdir=".",
AnnotGPL = T, ## 注釋檔案
getGPL = T) ## 平台檔案 這樣今天的分享就完成了，歡迎大家有問題找小果交流、讨論哦
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