你知道液體活檢中的CTCs、ctDNA和cfDNA是什麼？又有何差別嗎？
它們都能做生信分析嗎？當然可以！
利用生信分析解決臨床問題，最能展現生信的魅力！
說正題之前，小雲先回答一下開頭的問題：
如果你不想看這些啰裡吧嗦的概念，可以直接跳過哈。
CTC是指循環惡性良性腫瘤細胞；ctDNA（Circulating Tumor DNA）是指循環惡性良性腫瘤DNA；而cfDNA（cell free DNA）是指細胞遊離DNA，通過細胞凋亡、壞死和分泌釋放到血液中。在癌症患者中，總cfDNA的某些成分是由惡性良性腫瘤細胞釋放的ctDNA。
與cfDNA類似，cfRNA就是細胞遊離的RNA。CTCs、ctDNA、cfDNA和細胞外囊泡等都是液體活檢中的生物标志物。
血漿cfDNA的突變、甲基化水準以及血漿、血小闆和細胞外囊泡(EVs)中不同cfRNA種類(miRNA、circRNA、srpRNA、lncRNA、mRNA等)的表達水準可以作為潛在的診斷或預後标志物。
小雲之前給大家分享過一篇循環惡性良性腫瘤細胞CTC+DNA甲基化的分析思路。
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沒有思路、不知道怎麼創新的找小雲，超多個性化、創新性高的分析思路供你選擇！
但是有粉絲跟小雲抱怨說資料庫沒有資料怎麼辦？
沒資料還想做疾病早篩的話，可以從測序入手，用自測資料進行生信分析。小雲今天用一篇8分+的文章給你們看下RNA-seq+生信分析的進行疾病早篩思路！
此外，這篇文章還有兩大亮點：
1、分析了血漿中人和微生物的cfRNA！
為什麼要分析微生物的cfRNA呢？因為一些細菌和病毒與癌症的進展有關，有研究表明細菌來源的核酸可以在人體血漿中可靠地檢測到。
2、基于cfRNA分析具體的惡性良性腫瘤類型！
假設液體活檢能提供惡性良性腫瘤原發位置的線索，指導進一步的臨床決策，那豈不是能夠實作：通過簡單的血液檢測就能初步知道患者的具體惡性良性腫瘤類型了嘛！有研究發現，血漿cfDNA甲基化和血小闆轉錄組具有一定的癌症類型特異性，而且微生物來源的血漿cfDNA的豐度可以準确區分不同的癌症類型。但血漿cfRNAs是否具有這種特性還不明确。
于是乎，這篇文章就誕生了！
發表時間：2022年7月
發表雜志：eLife
影響因子：IF=8.713
文章題目：利用來自人類和微生物的血漿cfRNA進行癌症類型分類
公号回複“Z123”領取原文
研究思路
對包含5種癌症(結直腸癌、胃癌、肝癌、肺癌、食管癌)早期患者和健康對照者的約300份血漿樣品中的cfRNAs進行了RNA-seq，并利用生物資訊學進行分析。分析人和微生物來源的cfRNAs，以及它們對癌症檢測的診斷價值。此外，這些cfRNAs都具有一定的惡性良性腫瘤類型特異性，能夠區分不同原發部位的惡性良性腫瘤。而且，與單獨使用人cfRNAs相比，結合微生物cfRNAs可以提高人cfRNA在癌症檢測和分類中的作用。
主要研究結果
1、cfRNAs測序捕獲血漿中各種RNA的信号
收集外周血全血樣本，使用試劑盒提取血漿細胞遊離RNA (cfRNAs)，建構cfRNA文庫，進行cfRNA-seq。分别識别人和微生物來源的cfRNA。
2、患者cfRNAs譜改變與癌症相關
對血漿cfRNAs進行KEGG富集通路分析，發現cfRNAs可以識别惡性良性腫瘤和惡性良性腫瘤微環境相關信号。還分析了微生物cfRNAs與惡性良性腫瘤的相關性，比如alphatorquevvirus和orthohepadnavirs這兩種病毒與肝癌相關。
3、人和微生物cfRNAs的癌症類型特異性
通過将每種癌症類型與其他癌症類型進行比較，進一步研究了人和微生物cfRNAs的癌症特異性。每種癌症類型分别列出了顯著的人類基因和變化最顯著的微生物屬。說明血漿中人類和微生物cfRNAs的豐度都具有癌症類型特異性。
4、評估人類和微生物cfRNAs的癌症檢測能力
使用機器學習方法評估發現，血漿中人和微生物的cfRNA豐度都具有将癌症患者與健康者區分的能力。
進一步評估了cfRNAs對不同原發惡性良性腫瘤位置進行分類的可行性。當微生物cfRNAs與人cfRNAs相結合時，對惡性良性腫瘤分類的平均準确率達到62.8%，比單獨使用人cfRNAs提高了11.5%。說明微生物cfRNAs顯著增強了多種癌症類型的分類。
總的來說，血漿中人類和微生物cfRNAs都提供了惡性良性腫瘤部位特異性資訊，并可預測惡性良性腫瘤的主要位置。
總結
這項研究展示了血漿中人和微生物來源cfRNAs的臨床相關性，以及它們在癌症檢測和确定惡性良性腫瘤部位方面的潛在用途。
是以，如果你也想做液體活檢的生信分析，既可以利用資料庫現成的資料，也可以從測序入手，用自測資料進行分析。此外，既可以分析疾病的預後，也可以分析疾病的早篩，還可以分析惡性良性腫瘤類型的預測價值。讓你的生信分析更貼近于臨床，更有針對性和臨床意義。
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