12世紀末至13世紀初葉，在阿拉烏丁·摩诃末（Muhammad II of Khwarezm）即位後，花剌子模國勢逐漸開始興盛，雄踞中亞。然而這樣一個強盛的帝國因為君主貪圖财物被葬送。
1217年，孛兒隻斤·鐵木真被蒙古各部封為“成吉思汗”已經11年了。蒙古同時開始了對西夏和金國的戰争，并已對兩國的精銳主力以毀滅性打擊。但西夏、金國和南宋體量都很大，一次兩次戰役滅不了國。于是成吉思汗把目光投向西邊，希望通過對西域的通商和外交，獲得更多的物資、技術、人口以及同盟軍，回過頭來增強對東亞三大國的侵略能力。
早前，成吉思汗把目光投向了花剌子模，他曾經寫信給摩诃末，以平等溫和的用詞之禮問候摩诃末，“摩诃末可汗你統治日落地方，我統治日升地方”，言明且以貿易和文化交流，興盛彼此。1217年，成吉思汗按協定派出使臣與商隊450人，500頭駱駝，攜帶金、銀、絲綢、駝毛織品、海狸皮、貂皮等貴重商品前往通商。
商隊行至花剌子模境内訛答剌時，當地土官海爾汗亦納勒術（Inaldjouc）見财起意，誣指商隊為間諜，侵吞商品與駱駝，上報國王屠殺之。成吉思汗為集全力攻金，避免中斷貿易，争取和平解決，派出使臣，緻書花剌子模國國王摩诃末責其背信棄義，要求交出兇手。摩诃末拒絕要求并殺死正使，剃光兩位副使胡須，押送出境。
噩耗傳回蒙古，戰事遂起。成吉思汗決定征伐花剌子模，并給對方發出的戰書就是——爾要戰，我便戰。成了人類曆史上最短，最著名的戰書。這段曆史也曾被金庸寫入《射雕英雄傳》中。
1219年6月，蒙古将在華北和西北的主力北撤、集結起來，一共有20萬（對外号稱60萬）兵力，從克魯倫河（主流域在蒙古國肯特山東麓）出發，1219年秋，進入中亞今吉爾吉斯斯坦一帶，駐紮錫兒河畔。
摩诃末聞蒙古大軍來攻，認為蒙古人于剽掠殘破平原以後，将必飽載而歸，于是采取堅壁清野的防禦方略，動員40萬大軍分軍自守。于錫爾河以南地區，構成正北向之抵抗地帶，置防禦中心于撒麻耳幹（今烏茲别克斯坦撒馬爾罕）。是以花剌子模軍在總人數上占優勢，但他們在每一單獨點上的人數比成吉思汗大軍的少。而且他沒有接受兒子劄蘭丁（Jalal ad-Din Mingburnu）的建議，在阿姆河布防，因為他害怕康裡人一旦戰敗會降蒙古。
摩诃末認為花剌子模可以逸待勞，然後相機反攻。但是蒙古大軍達花剌子模邊堡訛答剌城後，兵分四路先攻取各處城堡，而自率主力進行大縱深遠距離戰略迂回，直插不花剌（今烏茲别克斯坦布哈拉），然後會師撒麻耳幹。
1220年3月，蒙軍大将術赤等三路軍馬全部占領了錫爾河兩岸的城市，成吉思汗的中路軍也占領了伊斯蘭教的文化中心布哈拉城，完全切斷了花剌子模新都撒馬爾罕和舊都烏爾根奇（今土庫曼尼亞城市）之間的交通。5月，蒙古四路大軍在撒馬爾罕城下會師，合圍撒馬爾罕。撒麻耳幹城中共有11萬守軍，其中6萬是突厥康裡部人，他們以為自己和蒙古人同種必會得到善待，於是有3萬人出城投降，但結果卻在睡覺時被蒙古人全部燒死射死，無一幸免。經過6天激戰，蒙古攻克撒馬爾罕城。城破之前，摩诃末已從城内逃跑，在契丹人耶律楚材的阻止下，成吉思汗從平民中挑選了3萬工匠分賜給諸子、親屬，3萬壯丁随軍作戰，其餘則在交納一定贖金後放回。
成吉思汗習慣用屠殺、全面驅逐或在白旗之下整編入冊的方法處置對手。在這次對花剌子模國的戰争中，成吉思汗率領他的蒙古軍隊夷平了一座座美麗的城市，殺害了難以計數的無辜百姓。同時，有技術專長的工匠和知識分子都被挑選出來分賜諸皇子和後妃為奴，或随軍服役，或押送回蒙古。
此次西征後，蒙古兵因“血腥殺戮”開始惡名昭彰。而經過蒙古人的洗劫、虐待、威逼、蹂躏，東伊朗從此長時期的衰弱了。即使是15世紀的帖木兒文藝複興運動，也未能使它們完全恢複。這場不到兩年的戰争實際上純粹是對中亞地區的徹底毀滅。