1944年末，在固爾紮和阿山都出現了叛亂活動，這些活動都得到了蘇聯的有力支援，至少在空中打擊方面是這樣的，在轟炸國軍機場的過程中多次報告稱發現轟炸機的機翼上有蘇軍辨別。還有不少蘇軍穿上羊皮袍子和帽子，像當年支援盛世才的歸化軍一樣混進其中，當時有兩支所謂的歸化軍，一支稱“塔爾巴哈台軍”，另一支稱“阿爾泰軍”，都是當年盛晉庸打敗馬仲英和其他對手的中堅力量，當時流亡在西域的白俄就得到了莫斯科的赦免，以至于出現了白紅兩支俄人共同為一個政權服務的現象。在伊犁河流域，阿裡汗-拖雷-沙希爾罕霍賈耶夫帶頭作亂；而在北部，奧斯潘帶領的哈薩克馬匪席卷整個承化寺，迅速占領了此地。
兩個地區的情況各不相同。阿山地區的匪幫在早年就長期受到外蒙古因素的影響，當地的蒙古學校裡使用的教材都是外蒙方面印刷的，可想而知，這被滲透成了篩子眼，教材都能被鄰國印發使用而當地有關機構卻無動于衷，聽之任之，腐朽程度之深刻可見一斑。固爾紮方面試圖聯合奧斯潘.巴特爾共同對抗迪化，但是奧斯潘僅僅是為了應付蘇聯顧問而在表面上附和。他希望自立為汗王，獨自支配阿山。他特别注意和外蒙的聯系，希望借道外蒙把蘇聯的援助運進來，幫助自己割據。而對于伊犁方面的回應則非常勉強。蘇聯還隻派自己的一些軍人和外蒙軍中的哈薩克人進入境内“志願”作戰。早在1943年10月5日，喬巴山就在蒙古邊界與奧斯潘.巴特爾會晤，在提供衣食彈藥之外還承諾向巴特爾提供40-50名軍事顧問。1944年1月份的時候，喬巴山赴莫斯科與朱加什維利會談，向其闡明了支援哈薩克叛匪活動的決心，雖然喬巴山清楚這些人采取了“徹頭徹尾的土匪行徑”，但是隻要反h，他仍然願意支援奧斯潘。他們的會晤明确表示對當地存在一個哈薩克人國家不反感。是以可以看出1944年末的事變是有前提和“傳統”的。喬巴山表示，自從1939年開始叛亂的哈薩克馬匪就開始“抗争”，但是到現在（1944年初）所有頭目都被殺或者被捕，隻剩下奧斯潘（是以他們要大力援助奧斯潘）。
1944年夏天，在距伏龍芝（比什凱克）78公裡處的益西可阿塔村，蘇聯訓練了兩支特種部隊，分别名為“布依屈”和“巴特爾”，并将他們送入西域開展“遊擊戰”，和國軍對抗。10月份，國民黨省政府決定從當地征收1萬隻牛以用于軍事需要，由此在牧區造成了嚴重不滿，除此之外，在征收的馬匹不能傳遞的情況下，被征收戶需要繳納700元的抵扣，最初抗議活動發生在尼爾卡，後來在11月7日蔓延到整個伊犁河谷，轉化為徹底的混亂，局勢失控。叛亂的中心在霍爾果斯和阿爾馬阿塔，而協調排程（指揮）中心在固爾紮的蘇聯領事館。當地的白俄接受邀請前往領事館開會，之後就欣然接受任命，成為帶領叛軍戰鬥的軍事頭目。也正是這一天，叛亂者就建立僞政權達成一緻，這一天是諷刺的一天，原因不言而喻，二十七年前的這一天正是蘇俄的誕生的日子，當時他們呼籲退出帝國主義戰争，要求整個歐洲恢複和平，而今卻成為當年自己批判的對象。11月塔城和阿山也爆發了類似的事變，毫無疑問，這些都是莫斯科支援的。一周之後，伊犁方面宣布了他們成立的所謂臨時共和國僞政權。蘇聯向該政權提供了不少的技術人員和其他設施。11月16日，阿裡汗.拖雷.沙希爾罕霍賈耶夫被所謂的葛明軍事指揮部宣布為政府首腦。
阿裡汗.拖雷.沙希爾罕霍賈耶夫，1887年生于八剌沙衮（亦即後來的托克馬克），雖然此地屬吉爾吉斯，但是他們家族是烏茲别克人大弟煮，其父沙希爾罕.拖雷是一名阿訇，重視教育，将兩個兒子都送到阿拉伯接受神學教育，回國後繼續在布哈拉神學院學習，同時借助習得的阿拉伯語、土耳其語、波斯語翻譯教典，成為當地有名望者。1916年，他在參加了興起于七河省和吉爾吉斯的反戰叛亂 （revolt），之後為了躲避沙皇政府的鎮壓到喀什噶爾避難。阿裡汗.拖雷在 1918年傳回突厥斯坦。1920年由于内戰席卷全俄，他想借道新疆去麥加（Mecca ）朝聖（pilgrimage），是以去了固爾紮（伊犁）。然而由于中東陷入混亂，他 最終未能成行。1945年的4月25日，拉夫倫蒂.貝利亞和安德烈.維經斯基向斯大林送出了一份他們撰寫的關于阿裡汗.拖雷的報告，内稱：“1931年，（此人）因反蘇活動被逮捕，判處10年有期徒刑，但他逃走，越境進入新疆。在新疆 ，阿裡汗.拖雷作為一名優秀的古蘭經（Quran）譯者，很快在虔誠的穆斯林中間 書裡威信，成為固爾紮城的首席毛拉”。1937年，拖雷無法逃脫盛世才發起的反托運動：被捕并沒收其全部财産。1941年被釋放後，拖雷從烏魯木 齊傳回固爾紮，他開始推廣自己具有政治色彩的宗教活動。在他清真寺布道和經 學院的演說之中，他批評了國民黨的統治，并且号召人們起來反抗sino統治。 拖雷是固爾紮自由協會的創始人之一，也是1944年蘇聯當局在新疆關注的焦點。
此人得到同為分裂分子的以撒.優素福.阿爾普特勤的大加贊賞，不吝溢美之詞，即便流亡多年後仍然在其邪典中高度評價，可見當年此人的影響力确實不低。以上内容中透露出亮點關鍵資訊，第一是蘇聯派出的滲透性軍事破壞組織，混迹于當地的遊牧民之中，甚至在有社會不滿情緒時盡力鼓動，以緻形成不可逆的破壞和騷亂；第二，專門派遣或者利用當地的神職人員，進行政治色彩濃厚的布道活動，為“戰時”培養和積蓄力量，這兩者是相輔相成的。另外，在盛世才時期，軍閥就邀請蘇軍進入塔爾巴哈台和阿爾泰參與平叛，對于當地的情況和具體的地形資訊等都有所收集，是以在直接或間接支援叛軍的過程中發揮了重要作用。而且需要注意的是，當時盛世才不僅僅開放西北邊境，而且在獨山子油田開發和額爾齊斯河流域綠松石等稀有礦産開發過程中也極力向蘇方讓利粜權，甚至要求蘇軍在哈密駐紮，以阻遏中央軍進入星星峽以西。這些都為蘇方熟悉當地情況，提前布置眼線、間諜等提供了良好條件，畢竟是大搖大擺進去的，搜集情報自然也不會含糊。其實不用看這些，在外蒙教材一事上阿山官員的不作為，就能看出當地情治已經被穿成了篩子眼，作為烏蘭巴托太上皇的蘇聯人更不會在此了無痕迹。
為了彰顯皿煮，阿裡汗拖雷還組織了一個三方參與的委員會，畏兀兒、哈薩克和白俄三方擔任要職，還邀請了卡爾梅克人（蒙古人）的一個代表參與組閣，可能這就是他們所認知中的“共和”。
除此之外，在僞臨時共和國政府存在時期，蘇聯還專門召開多次政治局會議商讨此事，擔任名義元首莫洛托夫和部長會議主席（總理）的斯大林都對此直接下達指令，因為此事系關當時雙邊談判，蔣經國不日飛赴莫斯科，可以預判其在得知遠東慕尼黑的情況下必然能做出一定妥協，而如果沒有限制的任由叛軍擴大戰果，那麼必然會壞事，偷雞不成倒蝕把米，因而必須節制其進度，才能得到最有利的談判結果。斯潘傑諾維奇.埃格納羅夫和郎芳中将在幕後坐鎮，負責收集和分析資訊，指揮協助叛軍的蘇軍，并定期向斯大林和莫洛托夫傳遞情報。貝利亞也對此事件跟進負責，向聯共布中央回報“成果”，例如上文提到的1945年他和維經斯基一起給斯大林彙報的關于阿裡汗.拖雷的履歷（4月25日）、4月29号兩人再次給斯大林彙報消息，告知其排h運動已經擴散到南疆的阿克蘇和喀什。
貝利亞的敵意很早就釋放了出來，在1943年的5月末，他在西域召開了一場秘密會議，主要成員是内務部和安全部，還有中亞諸共和國的上司人以及阿爾泰地區的情報負責人，另外邀請了一些在西域主要城市的蘇聯僑民過來，在會議上貝利亞說，盛世才依靠蘇聯的幫助統治了當地十年，沒有我們（蘇聯）的援助，他的上位是不可想象的。然而他采取了迎合南京反對莫斯科的态度，這種敵意一直被忍受，但是現在我們不會再忍受了，而在當地的被壓迫群體也不會同意了，他們中的很多人一直要求我們提供援助，而我們過去對此置若罔聞，并未産生一丁點的同情和幫助。這次會議其實為後來拉夫倫蒂.貝利亞主持1944年事變的工作埋下了伏筆。人民委員會的阿列克謝.柯西金、聯共布中央的米哈伊爾.蘇斯洛夫、貿易聯盟的尼古拉.什唯爾尼克和他共同負責盛世才在和蘇聯反目後的爛攤子，“以維護蘇聯在東土爾克斯坦的政治和經濟利益”。
随着局勢的惡化，重慶方面不得不派出蔣經國和莫斯科方面談判，因為北三區的事變已經有朝着西南部蔓延的趨勢，而在阿爾蒂什，無論是和田、墨玉和葉爾羌，抑或是喀什、阿克蘇和烏什，人口相較于北方更加稠密，曆史上也多次發生浩罕入侵和當地士兵嘩變的事件，一旦固爾紮的混亂因素擴散到此地，後果将不堪設想。蘇聯的安全訴求其實非常簡單，第一點要求保證其邊界都是親蘇态勢的政權或者地方政府，第二點還有借此機會在當地擷取一定的實際好處，如貿易、駐軍和其他條款，當然他們有時也會想入非非，試圖建立控制性權力，比如在伊朗北部的“南阿塞拜疆共和國”和20年代初的所謂“吉蘭共和國”，都是服務于第一個目的的，當然也有他們繼承自沙俄時期的不良傳統。不得不說，在這一目标上，美俄有着驚人的相似，如出一轍的套路和手法層出不窮，“夏威夷共和國”、“孤星共和國”都按照同樣套路實行，屢試不爽。在某些方面凱南電報的說法并沒有錯誤，蘇聯确實是這樣做的，機會主義的擴張路徑給其周邊鄰國帶來了災難。