2005-06賽季，穆裡尼奧幫助切爾西成功衛冕英超冠軍，并奪得了社群盾杯冠軍。雖然在歐冠賽場上沒能取得突破，但阿布對穆裡尼奧的信任依舊，可以說這時候的穆裡尼奧和阿布正處于蜜月期。不過在2005年，阿布将切爾西的青訓管理權移交給阿内森，這被視為削減穆裡尼奧在俱樂部權力的一種做法，成為雙方關系間的第一道陰影。2006年夏天，阿布又忍不住插手球隊的轉會事務，他高價為切爾西引進了舍甫琴科和巴拉克這兩大巨星，但卻遭到了穆裡尼奧的強烈反對，甚至不惜違抗阿布的指令将兩人放在替補席上，而這也使得阿布和穆帥之間的關系産生裂痕。穆裡尼奧當時曾明确表示：“如果阿布拉莫維奇強迫我使用某位球員，我就會離開切爾西”，而阿布隻能做出表态，“我從不插手球隊事務，更不會幹預主教練如何使用球員。雖然我不能說完全不參與球員的買賣，但可以肯定的是，相比穆裡尼奧，我在其中的作用是微不足道的。如果教練員不想引進某位球員，我絕對不會強迫他，我不能這麼做。”不過在2006年12月的一次采訪中阿布還是透露：“穆裡尼奧并不是我的朋友，雖然我們之間的關系不錯。一般而言，我對他很尊重，這并不僅僅是因為他在執教方面的取得的成就。”
之後阿布試圖幹涉穆帥的權力，公開施壓要求讓舍甫琴科打主力，但狂人不為所動，反而批評阿布已經很長時間沒有在賽後出現在球隊更衣室，這導緻雙方沖突激化。随後穆裡尼奧可能下課的傳言被媒體不斷報道，皇馬、英格蘭國家隊都被視為穆裡尼奧告别藍軍後可能執教的球隊。此後阿布和穆裡尼奧又在2007年1月因轉會問題發生争執，穆裡尼奧當時希望俱樂部通過引援補充後衛球員，但阿布卻拒絕了狂人的要求，媒體曝光兩人之間發生了争吵。
但在1月28日切爾西3-0戰勝諾丁漢森林後，穆裡尼奧發出了和解的信号，他公開表示：“我會履行合同到2010年的，這是非常重要的事情。我今天是主教練，而到賽季末我相信我依然是，一直到2010年也是。我看到了一些有關我和羅曼發生分歧的報道，但那是絕對不是真的。羅曼已經很長一段時間不在倫敦了，但他是俱樂部的主席，他也不會告訴我們過多關于他私人生活的事情。當他回倫敦的時候，我們總是歡迎他來到我們之間，來到球隊的更衣室。”
直到2007年4月切爾西對布萊克本的足總杯半決賽，阿布終于親臨現場為切爾西助威。而在切爾西通過加時賽艱難晉級決賽後，賽後阿布主動在媒體面前擁抱了穆裡尼奧。穆裡尼奧則表示：“和羅曼就在新聞釋出廳外說了幾句話，我給了他一個擁抱，他也給了我一個擁抱。我對他說‘祝賀你’，他也對我說‘祝賀你’。這很正常。”兩人的關系終于有所緩和，而穆裡尼奧本賽季也率領切爾西拿到了足總杯冠軍，稍稍彌補了歐冠和英超無緣冠軍的遺憾。