唐武德元年（618年），李密歸唐前，對諸将說：“我有兵衆百萬，一朝解甲歸唐，堪比東漢光武帝時的窦融，功勳如此卓著，怎麼也能讓我做一名宰相吧！”到長安後，李淵表面上很親熱，但僅以李密為上柱國、光祿卿。
李密的瓦崗軍曾是反隋義軍中最有力量的一支，就連李淵也“卑辭推獎”，願推其為盟主。
大業十二年（616年），李密投奔于翟讓的瓦崗軍中，以謀略獲得翟讓的重用。後來，翟讓推舉李密當了瓦崗軍首領，稱作魏公。
李密屢次打敗隋軍，人馬越來越多，慢慢地已經有了争奪天下的實力。
這時，翟讓的哥哥翟寬和部将王儒信鼓動翟讓奪取李密的大權。李密知道這事後，假意安排酒宴招待翟讓，入席後，李密派一名勇士從背後将他斬首，同時殺掉了他的哥哥翟寬以及部将王儒信。
李密經過這事取得了瓦崗軍的絕對上司權。
大業十四年（618年）正月，宇文化及在江都用練巾勒死隋炀帝，立秦王楊浩為傀儡皇帝，自率十萬大軍北上。
東都的官員知道隋炀帝的死訊後，擁戴隋越王楊侗即皇帝位，年号皇泰。
宇文化及引兵西來，東都城裡内史令元文都獻計，赦免李密讓他去打宇文化及。
其他的官員都很贊同元文都的計策，于是派遣使者任命李密為尚書令、太尉、魏國公。
當時李密與東都對峙，東邊又要抵禦宇文化及，萬一東都從身後偷襲則腹背受敵，這是他經常擔心的問題。
他見到前來勸降的使者，心中大快，于是上表要求向皇泰主投降，而且要求讓他消滅宇文化及以此贖罪。
既然沒有了來自西邊東都方向的戰事憂患，于是李密把所有的兵力全都用來攻打宇文化及。
李密知道宇文化及糧草将盡，便設計假裝同他議和。宇文化及中計，以為能得到李密的糧食支援，就聽憑士兵任意食用。
宇文化及得知真相後大怒，同李密軍隊在童山展開激戰，從早晨一直戰至黃昏。
宇文化及的部将張童兒、陳智略率兩萬多人投降了李密。宇文化及的軍隊就剩下兩萬人，不得已向北行至魏縣。
李密知道他在實力大減的時候是無所作為的，就西還鞏縣，留徐世勣在黎陽，防止宇文化及向南進發，自己準備去東都參見皇泰帝楊侗。
正在這時，東都的王世充發動兵變，獨攬朝政。李密隻好回轉金墉城。
李密自殺翟讓以後，漸漸驕傲起來了，對士卒也不知愛惜了，将士立功者也得不到賞賜，而為了招降納叛，卻給歸附的降人很優厚的待遇，這些都引起瓦崗軍士卒的不滿。
翟讓之死，雖然沒有引發大的兵變，但使李密的形象受到一定程度的損害，李密的做法使手下将佐對他漸漸失去信任，手下将領也出現了一種離心的傾向。
另外，經童山大戰，軍隊人馬損失嚴重。這些對瓦崗軍都是非常不利的。但李密身為主帥，卻忽視了這些因素，以為東都經多次失敗以後，軍隊早已人心渙散，将相之間又互相殘殺，很容易平定他們。
李密挫敗了宇文化及，有些輕視王世充，連防禦敵人的圍牆都不設定。
王世充發起突襲，并且事先将自己軍中一相貌類似李密的人捆綁起來，就在雙方激戰時，王世充将此人牽至陣前，令士兵大聲呼喊：“我們活捉了李密！”隋軍士兵皆高聲呼喊。這時伏兵從北邙山沖下山來，李密的營壘都被焚燒。于是瓦崗軍大敗，李密帶領一萬餘人逃往洛口。
李密因人心渙散，他也無力回天，便決定投靠關中的李淵。
唐高祖李淵聽說李密來降十分高興，接連派出使者迎接。李密見到這種情形很高興，對諸将說：“我有兵衆百萬，一朝解甲歸唐，山東大片地區都曾歸我統轄。得知我已歸唐，遣使招之，肯定都會歸附過來的，同窦融以河西之地歸漢光武帝相比，功勳也很卓著，怎麼也能讓我做一名宰相吧！”
十月初八，李密到達長安。李密在山東的部将劉德威、李育德、高季輔、賈閏甫等人聽說李密到了長安，也率部衆投降唐朝。占據北海（今屬山東）的義軍綦公順曾歸附李密，他聽說李密歸降了唐朝，也随之投降了唐朝。
李密一直以為功勞很大可以做宰相，但是，到長安以後，他并沒有受到熱情接待，部下和士兵竟然幾天都沒有進食，都很氣憤。
表面上，李淵對他很親熱，經常以弟相稱，并将外甥女嫁與李密為妻，但僅以李密為上柱國、光祿卿，賜爵邢國公，這讓李密很失望。李密得不到朝臣應有的尊重，執政的宰相甚至向李密索要賄賂，李密心中怒氣油然而生。
李淵派李密往崤山以東，把他還未收附的餘部收附。當李密行至華州的時候，李淵後悔了，雖然想把他調回，可又怕他反叛，就下一道敕書，命李密所部減速前進，讓李密單獨回朝，有事相商。
收到李淵的敕書後，李密認為回去必死，于是斬殺了李淵來使，并攻下了桃林縣，向東挺進。
李密過陝州後，過分大意，于是緩慢地帶着衆人前進，果然翻過山從南面出山，遭遇到盛彥師伏兵的攻擊，失去聯系的李密部隊首尾不能相顧。李密和王伯當被殺，首級都傳送到長安。
轟轟烈烈的瓦崗軍起義以李密被殺為标志終告結束，它是隋末所有義軍中影響最大、士氣最高的一支，是推翻隋王朝的最主要的力量。
