《矩陣重新開機》雖然是一部狗尾續貂之作，但是其中的彩蛋還是不少。比如這一次，已經逐漸的把以前的一些謎團緩緩揭露。機器世界和矩陣世界真正的大BOSS，在矩陣裡既能呼風喚雨，又能享受這個世界精彩的統治者，逐漸開始顯露真容了。
在《黑客帝國》第三部中，觀衆們才有緣和機器世界的最高統治者機器大帝有了一次謀面。這位大帝的真容隻是一張無數個章魚機器人組成的一副巨大的臉龐，而且還若隐若現，這是沃卓斯基兄弟為今後的黑客重生設計的一個疑團，遲早要在一個合适的時機揭開。
看《黑客帝國》的情節結構，似乎大多數時候矩陣和機器人世界是分開的。機器大帝統治着機器人世界，而設計師，那位矩陣裡的白胡子老頭全面掌握着美輪美奂的虛拟世界。
這種誤解，顯然是經不起推敲的。因為矩陣裡的史密斯居然擁有感染整個機器世界的能力。矩陣世界裡的程式擁有如此巨大的破壞力，機器大帝怎能不親自去監管？
由此推論，機器大帝在矩陣裡應該作為一個程式展現。當然他可能是個路邊的老頭，也可能是個工廠裡的勞工，或者是個寫字樓裡的白領，亦或是度假勝地裡一個悠閑的遊客。但是這些看起來的可能其實都不可能，因為機器大帝即使有這個閑心，也不可能在一個殺機四伏的矩陣裡悠然自得的逍遙。實際上，他必須是一個對于矩陣的創制，演進，穩定以及最後的崩潰，重新開機有着決定作用的程式或者說人物。說形象一點，他應該随時站在血腥鬥争的最前沿，随時要親自動手捍衛矩陣，消滅可能威脅矩陣的敵人。
雖然很多人說他就是那個設計師。但是在我看來未必是，因為盡管機器大帝是一個強大的智能程式，理論上對于矩陣有着生殺予奪的能力，猶如矩陣裡的上帝。但是處處危險的矩陣，也未必不能夠對他的智能産生侵襲。史密斯巨大的感染力就足以證明，他既然能感染能夠幾乎所有程式，那麼一定有可能感染機器大帝。而且作為一個極其聰明的智能程式，史密斯一定知道抓到矩陣裡的機器大帝，就是反向侵襲控制機器世界，進而一勞永逸的控制現實和矩陣兩個世界的最好辦法。機器大帝既然知曉自己在矩陣裡并不會占有壓倒優勢，而且經常會有風險，那麼就必然要以一個隐蔽的，看起來絕無可能被人看破真身的角色出現。
這個角色也不是先知，因為先知最後也被史密斯感染，即便是她的防禦十分強大，也許先知還有犧牲自己消滅史密斯的意圖。但是這個犧牲自然不是機器大帝可以做的。因為這樣的做法太過風險，萬一被史密斯反向控制，那麼其實就是整個機器世界和矩陣匍匐于史密斯拳腳之下。
其餘的，比如法國佬，比如墨菲斯，比如開鎖人，不管是哪一方的，不是影響極為有限，就是比較超然，根本沒有影響整個程序的能力。那麼，這個人究竟是誰呢。
《矩陣重新開機》裡面，有一個細節開始逐漸把這個人的面紗揭開。
尼奧，這個機器大帝的第一對立面，一個屢次拯救人類的人，居然在矩陣世界裡成了一個電腦遊戲設計師，而且設計的就是一個矩陣帝國。這難道是個巧合嗎？
毫無疑問，尼奧能夠成為一個設計遊戲的安德森，一定要有矩陣設計師本人的親自設定。否則尼奧絕無可能變成這樣。但是設計師本人既然不是尼奧，那麼誰又能有這樣的特權可以設計一個亞矩陣？
設計亞矩陣這個情節隐喻性極強，實際上是在告訴觀衆，這個“設計師”安德森就是個非同尋常的人物。即便大家都知道他是尼奧。但是尼奧能夠在設計師的管理下，在矩陣裡自己揭示矩陣的真相？或者說，控制一個與設計師控制的矩陣幾乎一樣的虛拟帝國？
這無疑是對設計師的挑戰，以至于設計師要派遣心理醫生來親自看着尼奧玩火，随時控制他，怕他蘇醒過來去毀掉矩陣。
但是更加邪性的是，比起尼奧，對于矩陣更加危險的史密斯，居然變成了尼奧的老闆，居然要依靠尼奧這個設計師在矩陣裡過着了不起的人生。
難道設計師不會去控制史密斯？而隻是控制破壞力第二，或者說其實對矩陣有着建設性作用的尼奧，反而要對史密斯不管不顧？
當然是不可能。
是以結論是，盡管這個設計極為複雜，但是所有這些做法，諸多主要人物集中在一起的行為，就是在同時的控制史密斯和尼奧。而尼奧毫無疑問是控制史密斯的一個重要的制動閥。
那麼關鍵問題來了。
既然史密斯是矩陣裡，甚至機器帝國裡一個無限強大的存在，那麼克制他的人理應也是一個無限強大，甚至超過史密斯的人物或者程式。既然如此強大，那麼也必然是極其危險。這個危險角色，機器大帝會放心交給其他任何一個程式嗎？
設計師？先知？法國佬？這些程式哪個不是野心勃勃，哪個不是極難對付。如果把最強大的虛拟能力賦予他們，那麼機器大帝豈不是把腦袋放到了斷頭台上。
是以結論由此産生，一切的一切，都是一場戲。盡管尼奧給人的感覺是似乎經常茫然無知，機器大帝也隻有一次露面。但是尼奧很可能就是機器大帝，機器大帝也就是尼奧。
即便是“兩人”曾經有過一次所謂的談判，但是那場談判其實更像是演給崔妮娣和那些錫安人看的。寥寥幾句就結束的所謂談判，就是一場無需多演的小戲碼。
由此反向推論，也可以解開一些原來無法解讀的謎底，就是尼奧為什麼可以身為一個凡人，以一個肉身就可以一伸手幹掉大群的機器章魚。道理很簡單，那些機器人就在按照他的指令行事，而在崔妮娣和其他人類眼裡，卻成了救世主尼奧在用神力消滅機器章魚。否則即使再怎麼解釋，你能說得清一個肉眼凡胎怎麼能夠一揮手就滅了一大片機器人呢？
尼奧和崔妮娣的合體，可以産生強大的能源，這恐怕也是機器大帝的特質。衆所周知機器世界裡最重要的就是能源，否則機器世界就要崩潰。是以，這個能源簡直就是西遊記裡蟠桃園的仙桃，是幫助所有仙人不死的最重要資源，也是玉皇大帝的終極權威之所在。這個能源，也就是機器大帝的權杖和終極武器，怎麼可能委諸于他人。是以，機器大帝其實就是個人型機器人，就是這個尼奧。就是他在制造自己的人類形體過程中，在體内隐藏了這個世界上最強大的能量體。崔妮娣是否也是一個機器能量體，現在還很難确定。隻能确定如果是，那麼機器大帝就是憑借着尼奧這個形體或者所謂的愛情在控制她。機器大帝成了尼奧，也就有可能進入到錫安和曆代人類世界。既然這個世界絕對不能徹底消滅，又要對它進行嚴格的控制。那麼最好的辦法，就是幹脆成為一個他們眼裡的救世主，一個上帝般的圖騰，進入到其中去管束他們，引導他們為自己所用。由此一來又有一個好處，就是機器大帝既然無法控制整個矩陣被史密斯侵襲，也就是說，矩陣裡的任何一個由設計師設計的程式都可能是一個史密斯。那麼就正好可以利用錫安這個外來力量來配合自己克制史密斯。因為從錫安進入矩陣的人，基本都應該是可以信任的史密斯的敵人。可笑一個得意洋洋，以為在矩陣裡能夠橫行霸道的史密斯，其實始終被機器大帝抓的牢牢的小卒子。這也就能夠解釋，為什麼史密斯明明在上一部中就被消滅了，這次卻又帶着原來所有記憶複活了。不是别的原因，就是因為他其實在尼奧，或者機器大帝眼裡是可控的。已經摸透了他，就不如留着他。讓他可控的破壞，在過頭時就“消滅”一次。由此可以看出來，矩陣，機器人帝國，錫安，矩陣裡的史密斯，法國佬，開鎖人等等等等，都是機器大帝為了維護他控制世界平衡的一些棋子。他就在這幾個世界裡不停的穿梭，以尼奧這個救世主的形象，來揮灑自如的維持自己的巨大帝國。