1941年，陳明仁再三要求率部抗日，蔣介石便指令他率部開往雲南。
陳明仁治軍甚嚴，行軍途中，秋毫無犯。與其它入滇部隊相比，他的部隊簡直是鶴立雞群。進入昆明附近後，受到國民黨中央參謀團和雲南行轅的稱贊。蔣介石也親自打電報嘉獎陳明仁部：“紀律嚴明，為入滇部隊之冠。”但是，當蔣介石在昆明召開軍事會議時，見所有将領都着裝整齊，軍衣筆挺，皮鞋锃亮，唯獨陳明仁卻穿着士兵的破棉衣。于是，蔣介石對此極為不滿，斥責陳明仁此舉有傷軍容國體。
無獨有偶，蔣介石開完軍事會議不久，帶着夫人驅車前往西山遊覽，剛好陳明仁的部隊在這裡修國防工事。陳明仁曾規定，部隊施工時，要将好一點的衣服收起來，全部穿舊衣服。如此一來，施工的士兵就給人一種軍容不整、衣着破爛的印象，遠遠望去，形同一隊乞丐，與西山的明媚風光形成鮮明對比。蔣介石見後大為掃興，一回到昆明，就指令宋希濂把陳明仁找來見他。
由于此時陳明仁在離昆明三十裡的安甯，宋希濂就沒通知他。蔣介石以為陳明仁故意不來，一氣之下，撤了陳明仁預2師師長職務，改任71軍副軍長，并限令陳明仁兩天内交接清楚。在國軍内，副職是有職無權的，何況陳明仁的預2師實際上有一個軍的實力，無故調他為副軍長，無異于撤他的職。這使陳明仁丈二和尚摸不着頭腦，不知犯了哪條王法，心中憤憤不平。
幾天後，蔣介石從緬甸回到昆明，一下飛機，就派車到安甯接陳明仁，讓他來見。正在氣頭的陳明仁到達昆明，來到蔣介石的住處“金碧别墅”。按照慣例，必須先行禀報，通過侍從室到會議廳，才能谒見蔣介石。但盛怒之下的陳明仁拿出在戰場上沖鋒的勁頭，下車後徑直往會議室闖去。
蔣介石從樓上走下來，見這位學生滿面怒容，心裡自然明白。于是以校長兼領袖的身份，态度和藹地安慰了陳明仁一番。這樣一來，陳明仁心中的火氣也不好發作，隻好悶在心裡。蔣介石見陳明仁一直默默地聽，又說道：“你這個師長沒有當好嗎，希望今後多努力。”
這一下，正戳到陳明仁痛處。陳明仁刷地站起來，大聲質問蔣介石：“我哪裡沒做好？是作戰不力，還是訓練不好？論作戰，我每次得獎賞，都是你給的；論訓練，每次校閱都是第一；論紀律，前不久你還打電報嘉獎我部：紀律嚴明，為入滇部隊之冠。何以今日就不好了呢？”
這一連串問話，駁得蔣介石十分尴尬，無言以對，剛才和諧的氣氛一下子緊張起來。一陣沉默之後，蔣介石說：“你的部隊衣服沒穿好，在外面像叫化子，有傷軍容國體。”
陳明仁聽後毫不客氣地頂回去：“我的部隊穿着破爛，不能怪我，隻能怪你，衣服是你發給我們的，質料不好，穿不了幾個月就破了。去年發的衣服，隻有四成是新的，六成是舊的……”
蔣介石打斷他的話，連連揮手：“不可能，沒有這樣的事，我看了這麼多部隊，沒有一個像你這個部隊穿得這樣破爛的。”
陳明仁放緩口氣說：“校長，我是你的學生，你應該了解我，我不願學别人打腫了臉充胖子。你來昆明之前，宋希濂就打電話，叫我别讓穿破衣服的士兵外出，外出執勤的士兵更要穿好衣服。我當時就反駁他不對。我是站在一個學生的立場上，要讓你知道部隊的真實情況，不想弄虛作假。”
蔣介石在下屬面前是從來不會承認自己過失的，陳明仁一番充滿師生情誼的話并未使蔣介石改變看法，他繼續問：“那麼，71軍為什麼沒有穿破爛衣服的？”
陳明仁回答：“71軍原駐重慶，預備參加秋季大演習給外國人看，一切裝備皆新，因雲南戰事吃緊才調來昆明，是以沒有穿破爛衣服的。”
又是一陣沉默。蔣介石想了想說：“還是你不行，你為什麼不想辦法？”
陳明仁毫不退讓：“巧婦難為無米之炊，我手中沒錢，你發了現成衣服，我還要去偷去搶不成？
這句話激怒了蔣介石，他連聲說：“總是你不行，總是你不行……”
陳明仁也生了氣，針鋒相對：“我不承認我不行，我認為我什麼都行。”
談話變成了争吵，聲音傳到戶外，侍從副官跑進來。蔣介石感到臉上很無光，認為陳明仁這種态度就是侮辱領袖，假意吩咐侍從馬上叫憲兵來，要把陳明仁押到重慶法辦。但很快又緩和口氣說：“你先回去，下次再這樣，我就法辦你。”
誰知，陳明仁卻不領情，大聲說：“如果真是犯了國法，應該法辦，那就這一次辦，不必等下次。”蔣介石大怒，把憲兵營長叫了進來。
沒想到，陳明仁仿佛吃了豹子膽，突然将中将肩章撕下來往蔣介石面前一扔說：“這是什麼國家的中将師長啊？你想怎樣便怎樣，我現在不要這個官了，你愛怎樣就怎樣吧。”說罷，拉起憲兵營長，要求馬上把他押送到重慶去。
這下，把蔣介石氣得渾身哆嗦，連連說道：“成何體統！成何體統！”
憲兵營長知道陳明仁是蔣介石的學生和愛将，是以隻是把陳明仁從會客室拉出來，婉言相勸，并說要走也要吃了飯再走。陳明仁大吵一場後，也覺腹中饑餓，經人一勸，理智了許多，于是由他們安排吃飯休息去了。
不一會，雲南省主席龍雲來見蔣介石。蔣介石餘怒未消，告之剛才發生的事，說陳明仁侮辱領袖，一定要懲處。龍雲聽罷，向蔣介石進言說：“陳明仁頂撞領袖固然不好，但是這個人比較實在。他初來見我，也是穿一套破爛棉衣。開始我還以為他是勤務兵呢，後來才知道他就是預2師師長。就問他：‘部隊幾時到達？’他說：‘部隊已過昆明三天，是夜間通過的。’問他：‘為什麼要夜間通過呢？’他回答：‘一是部隊曆年在前線作戰，不願士兵看到繁華的城市，怕影響士氣；二是穿得破爛，怕人譏笑，以傷軍威國體；三是晚上通過不會妨礙交通。’以此看來，陳明仁還是不錯的。”
龍雲一番話，使蔣介石的氣消了大半。接着，關麟征去見蔣介石。蔣介石又跟他說起陳明仁的事。關麟征說，陳明仁除了脾氣大之外，一切都在其他将領之上。
蔣介石見這兩人都贊揚陳明仁，又覺得在非常時期，千軍易得，一将難求。于是恢複了常态，告訴侍從：“叫陳明仁自己回去好了。”此時，陳明仁也冷靜下來，借着這個台階也就回到了營地。
陳明仁頂撞蔣介石的事在國民黨中引起了很大轟動。蔣介石雖然沒有再追究，陳明仁卻心存不安。
正是因為蔣介石的為人，陳明仁在解放戰争中率部起義也就成了水到渠成的事情。