西晉滅吳後，南方士族被排斥，仕進很困難，南方士族對中原士族的獨霸仕途，當然不能滿意。江南曾一度是個政治上不穩定的地區。晉末動亂，這裡雖未像中原那樣備罹戰禍，但同樣也是個多事之邦。江南士族在這塊舞台上扮演着主要角色。半年前，他們剛剛消滅了企圖割據江東的廣陵相陳敏。江南士族所顯示出來的力量，使司馬睿感到，如果不能充分保障江南士族的利益，他将無法在建邺站住腳根。不過，這時的江南大族也特别需要一個有号召性的、并能尊重他們利益的西晉皇室鎮戍江南，以使南方的政局能夠處于相對穩定的狀态。然而，司馬睿不是他們所理想的人物，因為他屬于皇室的疏屬，素無名望而又無業績。司馬睿到達建邺半年之久，沒有任何當地大族主動地向他靠攏，表示親近。王導意識到問題的嚴重性，要想在吳國舊境内建立以中原士族為骨幹的東晉朝，聯絡南方士族便成為極其重要的事務，于是與時在建邺的族兄青州刺史王敦商議，決定選擇一個合适的機會，共同排演一場專供南方士人欣賞的節目，以提高司馬睿的威望。
永嘉二年（308年）三月三日，建邺士庶照例在水邊舉行一年一度的禊祓（xìfú）活動。這一天，在王導的安排之下，司馬睿乘坐華麗的肩輿，由威風凜凜的儀仗簇擁着，出遊觀禊。王導、王敦以及北來的大族名士都騎馬跟在儀仗的後面作為扈從。這個陣勢大大出乎江南士族的預料，他們受到了極大的震動，意識到司馬睿是南渡的北方士族将來要擁戴的領袖，不能輕視。正在現場的江南士族領袖紀瞻、顧榮等人急忙在道左進行參拜，表示他們對司馬睿的恭敬。
觀禊之後，王導為司馬睿進一步謀劃，企圖以通過拉攏紀瞻、顧榮等人的手法，實作使整個江南士族集團歸附的目的。王導代表司馬睿親自登門拜訪顧榮等人。經過這一番往來，顧榮等人認為司馬睿是可以接受的，于是皆應命而至。司馬睿把一大批江南士族委以重任，并讓顧榮等人參與有關軍府政事的機要活動。自此之後，一個以南北士族為核心的江東政權初步形成了。
太興元年（318）三月丙辰日，42歲的司馬睿名正言順地坐上了皇帝的寶座，東晉王朝正式建立。在登基的典禮中，司馬睿突然給王導出了一道難題，要他與自己一起共坐禦床。這一提議實在出人意外，它使王導一時非常尴尬。皇帝要求臣下同坐禦床共治天下，在中國封建社會的曆史上實屬罕見。司馬睿要王導同坐禦床，表面上示以尊崇，實際上則在暗示他應該有所收斂。
晉元帝隻想做個偏安的皇帝，王導也隻想建立一個王氏當權的小朝廷，他們的目光專注在江東内部的權利配置設定上，從來不作北伐的準備，而且還反對有人主張北伐，而且誰主張北伐，誰就被排斥，至于實行北伐的祖逖，當然要遭到冷酷的對待。祖逖是當時最識大體最有才能的傑出人物。中原大亂，祖逖率親友數百家來投晉元帝，要求率兵北伐。
313年，晉元帝給他豫州刺史名義，又給一千人的食糧和三千匹布，叫他自己去募兵、造兵器。祖逖率部曲百餘家渡江北上，在淮陰鑄造兵器，募兵得二千餘人。祖逖軍紀律嚴明，得廣大群眾的愛護，屢次擊敗石勒軍，收複黃河以南全部土地。晉元帝給祖逖鎮西将軍的稱号。321年，祖逖準備渡黃河擊石勒，收複河北。晉元帝卻派僅有虛名的戴淵做征西将軍，都督司、兖、豫、并、雍、冀六州諸軍事、司州刺史。真正出征的祖逖官職是鎮守；根本不出征的戴淵官職是出征，而且祖逖已收複的和未收複的州，都歸戴淵統轄，這顯然是不信任祖逖的表示，祖逖感到前途無望，憂憤成病，就在這一年死去了。
晉元帝深怕臣下在北伐中立功，建立起崇高的威望，對自己的帝位不利，卻不想想專和臣下在内部計較權利，自己原來就很有限的一些威望将愈益縮小，對帝位的保持更加不利。晉元帝不滿意王氏的驕橫，想削弱王氏勢力。他引用善于奉迎的劉隗、酗酒放肆的刁協作心腹，暗中作軍事布置。王導被疏遠，仍能保持常态，士族一般都同情他，劉隗、刁協反陷于孤立。
王敦是晉武帝司馬炎的女婿，本來是個野心家。永昌元年（322年），素有野心的王敦以誅劉隗為名，在武昌起兵，直撲石頭城（即建康）。王導為保全王氏家族利益，暗助王敦。王敦攻入建康，殺戴淵等，劉隗投奔石勒。司馬睿一敗塗地，無奈之下，司馬睿“脫戎衣，著朝服”對王敦說：“你如果想當皇帝，早和我說啊，我把皇位讓給你，還當我的琅邪王去。何苦讓百姓跟着受苦呢？”司馬睿近似哀求的話，并沒有撫平王敦的野心。不久，王敦便自己為自己加官進爵，自封為丞相、都督中外諸軍、錄尚書事。司馬睿皇帝徒具虛名而已，朝中任何事情都由王敦做主。王敦看到太子司馬紹有勇有謀，便想以不孝而廢之，後因百官皆不進而作罷。四月，王敦還師武昌，遙控朝政。此後，王敦更加猖狂，以至于司馬睿和他的朝廷成了擺設。
司馬睿見無法動搖王導勢力，自己名為天子，号令卻不出宮門，漸漸憂憤成病，卧床不起。他想到大臣中隻有司徒荀組對自己比較忠順，就任命他為太尉兼領太子太保，打算讓他參與朝政，鉗制王導。不料司徒荀組受任不久就病死，司馬睿更加憂傷，病勢加重。永昌元年閏十一月初十日（323年1月3日），晉元帝憂憤病逝。終年47歲，在位6年。谥号元皇帝，廟号中宗，葬于建平陵（江蘇江甯）。遺诏由太子司馬紹繼位。