得意門生、至交好友全部都是朝廷重臣，不得不說曾國藩在滿清政權中有着相當重的話語權，甚至可以說是清朝官場中的移動的“半壁江山”，大事皇帝說了算，小事不用告知皇帝。尤其是湘軍攻破太平天國都城後，曾國藩在滿清可以用權傾朝野來形容。
那又是為何？已經權傾朝野的曾國藩要違背聖旨，冒着抗旨事發的風險也要“忠王”李秀成進不了京城？難道說曾國藩這個影響極大的漢臣已經有了反清的決心？其實不然，曾國藩抗旨完全就是被自己的弟弟逼的。
“城破了！叛賊的南京城被打下來了！”“報！李秀成已經被生擒！”随着幾個信使得上報，太平天國的“都城”南京被湘軍攻破，此時的曾國藩也收到了這一消息。不久後，曾國藩也收到了京城傳回來的聖旨，當時的曾國藩還沒有意識到這個聖旨将會逼他抗旨。
收到聖旨後的曾國藩親自抵達關押李秀成的監獄進行審問，想要在李秀成進京之前獲得更多的情報。但是随着審問的進行，曾國藩被吓出了一身冷汗。在當時的招供書中李秀成稱，南京的太平天國士兵已經不足一萬，最終隻能舍棄滿城的财寶帶着天國“儲君”逃入其他城池。
但是在胞弟曾國荃的“戰報”中，曾國藩知道弟弟說的是，十萬叛軍守城，湘軍付出了極大的代價才拿下叛軍都城；叛國“儲君”已經被自焚身亡。至于李秀成說的太平天國國庫财寶，曾國荃隻字未提。
最要命的不是“戰報”如何寫，而是這份“戰報”已經被當作湘軍大捷的案例呈給了滿清皇帝。如果滿清皇帝發現這份“戰報”寫得名不副實，那麼欺君之罪一定會坐實，等待曾氏家族的将是“滿門抄斬”。
其實曾國藩早就明白一個道理--狡兔死走狗烹，飛鳥盡良弓藏。曾國藩一手打造的湘軍正是崛起于一次又一次的戰役中，而在太平天國被消滅，滿清再無心腹大患的時候，手持湘軍的曾國藩就成了眼中釘。
曆史上無數案例證明了功高震主将領的命運，曾國藩不可能不知道。雖然曾國藩并沒有反清、稱帝的野心，但是作為統治者的滿清皇帝不會允許這樣一個定時炸彈存在。再加上民間的關于曾國藩“造龍椅”、“穿黃袍”的謠言，曾國藩其實已經登上了統治者的清除名單。
就是因為明白這些道理，曾國藩知道一旦清帝知道曾國荃欺君，那麼曾氏家族将全部被“剃頭”。為了避免被滿門抄斬，曾國藩無視了聖旨中将李秀成押到京城審訊的指令，指令自己的心腹在牢中處死了李秀成，同時也修改了李秀成招供書上的供詞，確定曾國荃的“戰報”無人可查，無人可證。
但是紙包不住火，雖然李秀成已經死了，但是這還是成為了政治對手發難的理由，他們指控曾國藩處死了李秀成，隐瞞了南京戰役的結果。但是沒有證據、沒有證人的清帝也沒有辦法就此處置曾國藩。
不過這次的抗旨，最終還是導緻了曾國藩自斷一臂，為了給清朝調查一個回複，他裁掉了大量的湘軍士兵。