在影視作品中，國民黨軍隊機構龐雜，各種名稱搞得人一頭霧水，特别是綏靖公署、行營、剿總這些稱謂交織在一起，讓人眼花缭亂，分不清到底是幹什麼的。
綏靖公署
綏靖的本義是指維護地方治安。綏靖公署是民國政府在國共内戰時期設定之機關，簡稱“綏署”。
第一次國共合作期間，在1926年廣東南路行政委員公署下，行政委員甘乃光，報告當時的廣州民國政府。因陽江地區土匪和流民太多，是以成立綏靖委員會處理相關事宜，并附上了組織法等。
1930年，民國政府為圍剿工農紅軍，開始将全國劃為若幹綏靖區。1932年2月6日國民政府重建軍事委員會起，在綏靖區中心城市設立綏靖公署，負責指揮區内軍事和控制區内政治、經濟及社會生活。一般每省設立一個，情況特殊的地區（與紅軍作戰）則在兩省或者數省邊區設一個。全國共設綏靖公署十餘處。
綏靖公署設主任一人，一般為上将軍官，由民國政府特任，隸屬于國民政府軍事委員會，并受軍政部部長和參謀總長指揮。
根據規定，綏靖區内部隊、地方縣政府及水陸公安警察，保安隊和民團，綏靖主任可随時指揮調動。綏靖主任除軍事外，還控制區内政治、經濟和社會活動，負責訓練兵員、征集軍糧等戰争事宜。到了1937年6月，先後設立了駐贛、駐豫、駐鄂、北平、太原、廣州、南甯、駐閩、貴州、冀察、豫皖、滇黔川康、甘肅、西安、江蘇等“綏靖公署”。其中，駐贛、北平、甘肅、西安“綏靖公署”設立不久便撤銷。
抗日戰争爆發後，綏靖公署或被裁撤、或被改組為“集團軍”編制。
抗戰勝利後，各戰區紛紛改編為綏靖公署，如：胡宗南第一戰區改編為“西安綏靖公署”、閻錫山第二戰區改編為“太原綏靖公署”（名字沒變，級别升格了）、顧祝同第三戰區改編為“徐州綏靖公署”、劉峙第五戰區改編為“鄭州綏靖公署”、餘漢謀第七戰區改編為“衢州綏靖公署”、傅作義第十二戰區改編為“張垣綏靖公署”等。
行營（行轅）
行營一詞源自“行轅”、“轅門”。“轅門”是古代将軍出征時，幕府外的大門，因為常用戰車之轅木交叉而成，故稱“轅門”。某些地方的軍事官署外的兩旁用木栅圍護，也稱轅門。行轅和轅門多設于軍事重地。另外，行轅也雅稱“行台”。行台則源于中國南北朝至隋唐的中央朝廷設在外州的尚書台（後發展成尚書省），與“行省”同理。
行營，全稱“國民政府軍事委員會委員長行營”，是民國政府軍事委員會委員長派駐各地的軍事機關，行營主任代理國民政府軍事委員會委員長行使職權。1933年5月21日，“國民政府軍事委員會委員長南昌行營”宣告成立，成為發動對紅軍第五次“圍剿”的總指揮機構。1933年5月30日，蔣介石發表《咨行南昌行營成立暨啟用關防日期由》：“本委員長在贛督剿匪共，設南昌行營，以為統一軍事機關，業已正式成立。”下設三部四廳和十二處，以及“南昌行營剿匪軍别動總隊”和“南昌行營臨時感化院九江分院”。1935年2月16日撤銷。
1946年8月7日，撤銷國民政府軍事委員會。各地的國民政府軍事委員會委員長行營改稱為“國民政府主席行轅”，直隸于民國政府，職權、組織結構照舊。行轅的負責人為主任，其職責類似清朝的督撫。
曆史上，民國政府先後設定了重慶行營、成都行營、廣州行營、西安行營、保定行營、天水行營、桂林行營、西昌行轅、昆明行營、漢中行營、贛州行轅、武昌行營、北平行營、西北行營、東北行營等。
剿總
剿匪總司令部，簡稱“剿總”，是民國政府在二戰前後，準備進行對解放區實施軍事圍剿的跨地區、跨建制的軍事機關，通常作為第一線指揮機關。主要分為四大系統，東北、華北、徐州以及華中。大體而言，一個剿總下轄若幹兵團、警備司令部、綏靖公署、戰區以及綏靖區等，層級大體與軍政長官公署平行，但在軍事戰鬥中，指揮層級往往比軍政長官公署要高。
綏靖公署、行營（行轅）、剿總三者之間的聯系
1937年之前，第一次國共内戰期間，國民政府在各地設立一連串軍事機關，針對各蘇區紅軍進行圍剿，後因西安事變與抗日戰争爆發，這些軍事機關在抗戰期間很多都轉為對日軍作戰機關。抗戰開始時，國民黨軍隊的指揮機構是按“總部－戰區－集團（兵團，路）－軍－師－旅－團”，共7級戰術機關；1940年後簡化為“總部－戰區－集團軍－軍－師－團”，6級指揮機構。
1945年後，民國政府接收日本占領區，展開與解放區戰鬥準備，在各地成立許多政府機構。作為中央政府代表官署、掌握地方軍、政權的機關稱之為“民國政府主席行轅”，設主任為最高統帥代表，是政治、軍事整合的機構。作為跨省區軍事區域的指揮機關則為軍政長官公署，直接指揮責任區的作戰任務，是跨省區的軍事機關，其中較著名且維持較久的就是東南軍政長官公署。
而行營（行轅）是策劃、部署、指揮的前進基地，它的設定常因軍事行動的需要而變更，例如第二次、第三次圍剿紅軍就是由南昌行營所策劃。抗戰結束後，軍事委員會改組為國防部，多數行營都改為行轅、軍政長官公署、或軍事針對性更強的剿匪總司令部，集團軍編制則改為綏靖區。
綏靖主任公署是省級（戰區級）軍事機構，綏靖主任對于所轄區域黨政要務有便宜處置權。
是以，國民黨的軍事指揮機構設想的是：總部－行轅（軍政長官公署、剿總）－綏靖公署（戰區）－綏靖區－兵團/整編軍－軍（整編師）－師（整編旅）－團”，共8級。