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UCSF DOCK6.8對接教程之蛋白分子表面和受體空間準備生成受體空間(DOCK6.8)

UCSF DOCK6.8對接教程

       DOCK6 是UCSF  (加利福尼亞大學洛杉矶分校)開發出的一套用于模拟分子對接的軟體。用于學術研究目的DOCK6 官網申請,申請時需要填寫真實詳細的資訊(學校名稱、網站位址、導師名稱等等)。

DOCK6.8安裝

UCSF DOCK6.8對接教程之準備受體和配體檔案:點選打開連結

準備蛋白質分子的表面檔案(Chimera)

打開rec_noH.pdb,Action>Surface>show

Tools>Structure Editing>Write DMS ,儲存為rec.dms

UCSF DOCK6.8對接教程之蛋白分子表面和受體空間準備生成受體空間(DOCK6.8)
UCSF DOCK6.8對接教程之蛋白分子表面和受體空間準備生成受體空間(DOCK6.8)

生成受體空間(DOCK6.8)

将INSPH檔案放入對接檔案夾;

INSPH

rec.dms
R
X
0.0
4.0
1.4
rec.sph      

終端輸入sphgen,生成OUTSPH和rec.sph

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