UCSF DOCK6.8對接教程
DOCK6 是UCSF (加利福尼亞大學洛杉矶分校)開發出的一套用于模拟分子對接的軟體。用于學術研究目的DOCK6 官網申請,申請時需要填寫真實詳細的資訊(學校名稱、網站位址、導師名稱等等)。
DOCK6.8安裝
UCSF DOCK6.8對接教程之準備受體和配體檔案:點選打開連結
準備蛋白質分子的表面檔案(Chimera)
打開rec_noH.pdb,Action>Surface>show
Tools>Structure Editing>Write DMS ,儲存為rec.dms

生成受體空間(DOCK6.8)
将INSPH檔案放入對接檔案夾;
INSPH
rec.dms
R
X
0.0
4.0
1.4
rec.sph
終端輸入sphgen,生成OUTSPH和rec.sph