藥物設計和虛拟篩選依賴化學資訊學和生物資訊學中大量的靶點、小分子以及靶點-小分子互相作用星系。從大量的有機化合物中有效地遴選出可能有候選化合物，避免了對化合物盲目地活性篩選，進而降低了發現活性先導化合物的人力、時間和财力成本。本文簡單介紹一些藥物設計和虛拟篩選設計的分子庫。
Virtual Screening protocol
非商業資料庫
ZINC 點選打開連結ZINC15
ZINC庫有2個版本：12版和15版，ZINC相比其它資料庫的優點提供了經過商業軟體OpenEye生成的化合物3D結構。12版屬于老版本長時間沒有更新；15版屬于新版裡面bug很多，是以不建議使用。
PubChem
點選打開連結PubChem，即有機小分子生物活性資料，是一種化學模組的資料庫，由美國國家健康研究院（ US National Institutesof Health，NIH）支援，美國國家生物技術資訊中心負責維護。
DrugBank 點選打開連結
DrugBank資料庫是一種獨特的生物資訊學和化學資訊資源，将詳細的藥物資料與綜合藥物靶标資訊相結合。該資料庫包括FDA準許的2037個小分子藥物，241個FDA準許的生物技術（蛋白質/肽）藥物，96個營養藥物和超過6000個實驗藥物。此外，4661非備援蛋白（序列與這些藥物條目相關聯。其中一半資訊用于藥物/化學資料，另一半用于藥物靶标或蛋白質資料。
ChEMBL
ChEMBL資料庫提供很多種具有藥物靶标的生物活性化合物的綜合資訊，相關資料也提供下載下傳。
ChemDB
一種含有500萬種化學物質的資料庫，其中包含化學物質的資訊、包括預測或實驗确定的實體化學性質，如3D結構，熔融溫度和溶解度等。分子庫提供免費下載下傳。
HMDB
HMDB資料庫包含人體内發現的小分子代謝物的詳細資訊的資料庫，提供相關蛋白、基因和代謝物分子結構免費下載下傳。
BindingDB
BindingDB是一種公開的、易于通路的網絡資料庫。主要集中于藥物靶标的蛋白質與小的藥物樣分子的互相作用。BindingDB包含1,386,772個結合資料，7,256個蛋白質靶标和619,208個小分子。
SMPDB
SMPDB（小分子途徑資料庫）是一個互動式的可視化資料庫，包含了人類發現的618多個小分子途徑。
SMPDB專門設計用于支援代謝組學，轉錄組學，蛋白質組學和系統生物學中的途徑闡明和途徑發現。
常用平台資料庫
1）篩選化合物庫分類：多樣性化合物庫、上市藥物分子庫、已知活性庫、靶點化合物庫、天然産物庫、片段庫、PPI庫等不同分類的化合物庫。
2）常用平台化合物庫：Asinex、BIONET、Chembridge 、Chemdiv、eMolecules、Enamine、Infarmatik、Lifechemicals、Maybridge、Selleck、Specs、Targetmol、Vitas等；
3）常用平台化合物庫介紹
A. Asinex：提供各種分類的分子庫，可以下載下傳2D結構SDF格式分子庫處理之後進行篩選。
B. BIONET：提供各種化學中間體産品以及各種篩選庫，網站注冊後提供2D結構SDF分子庫檔案下載下傳。
C. ChemBridge：擁有超過100萬種小分子，提供2D結構SDF分子庫檔案下載下傳，可以自己下載下傳處理後進行篩選。
D. ChemDiv：全球最大的化合物庫供應商，客戶分布在六大洲。超過1500個機關，來自于知名的制藥，生物技術、農業公司和許多著名大學等。針對多重篩選計劃，提供藥篩庫的建立、倉儲、管理及IT支援、标準格式等多層次的服務和咨詢建議。包括計算分析和專業評估潛在的生物活性，ADME /TOX參數，結構的多樣性，新穎性以及先導物/藥物的類似性。注冊之後提供相關庫2D結構SDF分子庫檔案下載下傳。
E. eMolecules：免費提供化合物庫2D結構SDF分子庫檔案下載下傳。
F. Enamine：1000萬以上相關化合物，多樣性也不錯；包括各種靶點庫、片段庫和多樣性庫等。大多數庫能夠免費下載下傳2D結構SDF格式分子庫檔案，部分需要索取。
G. LifeChemicals：分子庫，需要注冊後才能下載下傳。幾十萬種分子，分子品質可以；
H. MayBridge：提供GPCR、離子通道、激酶、片段和PPI庫下載下傳，分子庫品質可以，推薦。
I. Specs：20多萬種分子，價格最便宜，最早進入中國市場，已經被各大研究機關無數次的反複篩選過，手頭有Specs化合物庫的人很多。
J. TargetMol：陶素生化（TagerMol中國）為美國Target Molecule Corp. ( Target Mol) 在上海建立的全資子公司。虛拟篩選到實體化合物分子供應等業務，相關分子庫需要聯系他們獲得2D結構SDF分子庫檔案，處理之後可用于虛拟篩選，篩到的化合物也友善購買。