2021年7月，孔子博物館《論語》主題展入選國家文物局2021年度“弘揚中華優秀傳統文化、培育社會主義核心價值觀”主題展覽重點推介項目。
2021年10月30日，孔子博物館藏清乾隆禦賜青銅禮器“商周十供”亮相央視綜藝頻道文博探索類節目《國家寶藏·展演季》。
2021年9月6日，由孔子博物館策劃的《泗淛同源——孔子文化展》在浙江衢州舉辦。
2021年12月26日，孔子博物館“文化潤疆”交流巡展項目《孔子文化展》在新疆喀什地區博物館舉辦。
2021年10月14日，《聖迹之圖——民間藏書特展》暨“聖迹之圖——民間藏書與文化傳承”學術研讨會舉辦。
2021年10月15日，由國家文物局重點支援的孔子博物館珍貴文物數字化保護項目啟動。
2021年10月20日，孔子博物館“山東曲阜孔府文物檔案館藏明代服裝保護修複”項目獲評“2021全國優秀文物藏品修複項目”。
2021年5月1日，《絲路遺珍——古絲綢之路上的貨币》展開幕。本次展覽由孔子博物館與阿克蘇地區文博院（博物館）聯合舉辦，展品全面涵蓋古絲綢之路沿途各王朝和城邦國發行的貨币。
2021年11月17日，第二屆絲綢之路國際博物館聯盟大會召開，孔子博物館加入第二屆絲綢之路國際博物館聯盟。
2021年11月19日，由孔子博物館工會建立的“職工書屋”被中華全國總工會授予“全國職工書屋示範點”榮譽稱号。（孔子博物館）