百日咳經過積極治療和護理後，大多數兒童可以迅速愈合，但仍有少數兒童抵抗力低下，如果誤診的時間導緻兒童出現并發症，則延誤疾病，甚至危及兒童的生命，是以，百日咳治療應注重預防并發症， 那麼，百日咳兒童常見的并發症呢？
百日咳可導緻具有以下系統的兒童并發症：
呼吸系統并發症：呼吸系統并發症最常見于氣管炎和支氣管肺炎。病原體多為繼發感染，常為呼吸道中常見細菌，并發症可發生于病程的不同時期，但痙攣性咳嗽期多為。重症肺炎也可同時發生心力衰竭。此外，它通常與肺功能不全、肺氣腫、支氣管擴張和垂直肺氣腫相結合。患有原有結核病的兒童在出現百日咳時可以重新激發再活動或傳播結核病，進而導緻病情惡化。
神經系統并發症：百日咳芽孢杆菌産生大量内毒素，可引起中毒性腦病和一系列中樞神經系統後遺症。如癫痫、智力下降等。百日咳腦病主要發生在痙攣性咳嗽期，臨床表現有：反複抽搐、意識障礙、高燒，甚至腦水腫、腦癱，危及兒童生命。有時由腦血管痙攣、腦缺氧、腦出血和手足抽搐引起的嚴重痙攣。
心血管并發症：嚴重的百日咳可導緻心髒腫大甚至心力衰竭（最常見于虛弱的幼兒或已有心髒病的兒童）。虛弱的新生兒可出現皮下出血、腦内斑疹出血，甚至耳内出血。嚴重病例包括出血、惡心和便血，可導緻急性循環衰竭。
消化系統并發症：主要是由于百日咳引起的兒童嘔吐和厭食，如營養不良、疝氣、切除等。當孩子有嚴重的咳嗽時，它會導緻腹壓增加并同時疝氣和切除。
對于小兒百日咳，臨床治療一般用藥進行，具體如下：
可用鹽酸普魯坎3-5mg/kg/次，加入葡萄糖30-50ml，靜滴1-2次/天，甚至3-5天，具有脫腥作用。維生素K1也可以減少痙攣。
嬰幼兒咳嗽時可低頭，拍拍背部。咳嗽較重的人可以在睡前服用冬宮靈或非凝固汽油彈，這對睡眠有好處，可以減少咳嗽。
兒童應及時進行人工呼吸、痰和吸氧，以防窒息。重的人可以适當添加鎮靜劑，如苯丙巴比妥或鎮靜劑。痰濃的人可以給予痰劑或霧化吸入。對于重症嬰兒，可給予腎上腺皮質類固醇以減少發炎。
抗生素治療。在催化期後4天内使用抗生素可以減少咳嗽時間或阻止痙攣的發生。4天後使用或痙攣可以縮短細菌周期，防止繼發感染，但不會縮短病程。優選紅黴素30-50mg/kg/天，甚至連7-10天，也可使用氯黴素（上述相同劑量），或複方新諾明、氨苄西林等。
中醫治療。膽汁制劑對百日咳芽孢杆菌有顯著的抑制作用。同時，還有一定的鎮靜作用。可以與雞膽汁和白糖一起蒸。半歲兒童每天1/3，半歲兒童每天1/2，1至3歲每天1/2，直到他康複。它也可以被豬膽汁等取代。
兒童百日咳，除了正規治療外，還可以采取食療方法：
（1）糖蘿蔔汁：将白蘿蔔洗淨、切碎，以紗布汁清洗幹淨，每次取白蘿蔔汁30ml，加糖20ml，然後适量加入沸水，攪拌均勻，食用，一日3次。
（2）冰糖鴨蛋湯：50克糖粉，适量加熱水，将冰砂攪拌溶解，冷卻，放入鴨蛋兩個，調好，蒸熟後蒸熟。每天服用一餐或一份，每次1劑。
（3）花生糖：500g糖粉，放入鍋中，加入少許水，小火直至用絲滑的鏟子攪拌，直至手不粘，停止。趁熱加入油炸，取花生米250g，攪拌均勻，倒在塗有食用油的表面，放入大搪瓷盤中。然後把糖壓平，要稍微冷一點，用刀分成小塊，冷卻後，打開即成，本品具有清肺、幹燥的效果。