R語言的循環

R語言的for循環支援任何向量（注意，是向量），無論向量是任何模式,如

x <- c(3,4,5)
for (n in x) print(n^2)
           

但是如果，我現在有兩個matrix，如下

u <- matrix(seq(1,16),ncol=2);u
v <- matrix(seq(17,28),ncol=2);v
           

我希望通過循環的方式，以每個matrix的兩列作為輸入做線性拟合, 如下

> lm(u[,1]~u[,2])

Call:
lm(formula = u[, 1] ~ u[, 2])

Coefficients:
(Intercept)       u[, 2]  
         -8            1 
           

于是我想當然：

for (m in c(u,v)){
  lm(m[,1]~m[,2])
}
Error in m[, 1] : incorrect number of dimensions
           

我忘記了

c()

會把所有matrix降成一維，這就很尴尬了。這是因為R不支援對非向量集合的循環操作。如果想實作非向量集合的循環，隻能曲線救國，如lapply或get，這裡介紹get。

get(): 根據命名在環境中搜尋變量

get(x, pos = -1, envir = as.environment(pos), mode = "any",
    inherits = TRUE)
pos, envir: 在哪裡搜尋，這個太複雜，不好展開
mode:定義搜尋的變量類型，如function, numeric等
           

一定要記住

get

，一個非常實用的函數，是以上面的for循環應該作如下改寫：

for (m in c("u","v")){
  z <- get(m)
  print(z)

}
           

于是，這解決了我昨天晚上遇到的問題。我打算對3個DESeq2的比較table進行過濾，

res1 <- results(dds, contrast = c("condition","Day1","Day0"),pAdjustMethod="fdr",alpha=0.05)
res2 <- results(dds, contrast = c("condition","Day2","Day0"),pAdjustMethod="fdr",alpha=0.05)
res3 <- results(dds, contrast = c("condition","Day3","Day0"),pAdjustMethod="fdr",alpha=0.05)
           

本來代碼長下面這個樣子，各種他提示錯誤：

for (res in c(res1,res2,res3)){
  paste0(res, “SigUp”) <- subset(res, padj < 0.01 & log2FoldChange >0 )
}
           

我需要解決兩個問題：

一： 如何在for循環中增加變量名， 使用assign對非局部變量進行讀寫

二： 還有如何對非向量集合進行循環, 使用get擷取變量内容。

是以最後的代碼長這個樣子：

for (res in c("res1","res2","res3")){
  m = get(res)
  nam <- paste0(res,"SigUpt")
  assign(nam, subset(m, padj < 0.01 & log2FoldChange >0 )) 
}
           

其實可以用list，然後用lapply, 然後分别提取的。

resSigUp <- lapply(list(res1,res2,res3), subset, padj < 0.01 & log2FoldChange >0  )