曹操組建了許多軍隊，派張遼率領其中一支新軍，駐守長社（今河南長葛市東）。
臨出發時，軍中有人造反，乘夜在營中放火，全軍都驚恐不定。
張遼對左右說：“不要亂動。這并不是全營的人都想造反，隻是少數叛亂分子制造混亂，想擾亂軍心。”
于是下令說：“凡沒有參與叛亂的，都坐在那裡，不要亂動。”
他率領數十名親兵，從容地站在大營的中央，鎮靜地等待。
過了一會，全軍都安定下來。
不久，捉到主謀的人，将他們處死，平息了叛亂。
當時，于禁駐軍颍陰，樂進駐軍陽翟。
二人與張遼都功高位顯，意氣用事，誰也不服氣誰，經常為一些瑣事争吵，互不配合，甚至發生摩擦，嚴重影響了軍隊的團結。
曹操任命司空主簿趙俨為參軍，參與張遼、樂進、于禁三軍軍事。
趙俨運用規勸、疏導的方法，消除化解三人的沖突，調解開導三人關系，終于使三位大将消除積怨，團結一心。
因趙俨治軍有方，曹操從此經常任命他為都督護軍，統率協調進階将領出外征伐。
曹操準備征讨荊州，派趙俨兼任章陵太守，為都督護軍，監領于禁、張遼、張郃、朱靈、李典、路招、馮楷七路人馬。
之後，趙俨擔任丞相主簿，調任扶風太守。
征南将軍馬騰在三輔時，北防胡寇，東備白騎，優待士人，推薦賢才，憐憫救援百姓，受到三輔百姓愛戴。
後來，因部曲間互鬧摩擦，馬騰與異姓兄弟征西将軍韓遂成為仇敵。
韓遂殺掉了馬騰的妻子，馬騰一怒之下，兵戈相向，二人連年交戰。
建安十三年（208年），曹操派司隸校尉鐘繇、涼州牧韋端前去勸和，并以馬騰為前将軍，改屯于槐裡，假節，封槐裡侯。
曹操将要南征荊州，對擁兵割據關中的馬騰很不放心，議郎張既此時擔任鐘繇的參軍事，于是被派去勸說馬騰放棄軍隊，入朝為官。
馬騰先是表示同意，但後來又猶豫不決。
張既擔心馬騰改變主意，就下令沿途各縣準備糧草等物資，以供馬騰路上需要，又指令各郡太守都到郊外去迎送。
馬騰趕鴨子上架，情不得已，隻好啟程出發。
到邺城後，曹操上表封馬騰為衛尉，封其子馬超為偏将軍，代替馬騰統領部隊，屯于原地，又封其子馬休為奉車都尉，馬鐵為騎都尉，把馬騰的家屬全都遷到邺城。
孔融是頑固的擁漢派，自然看不得漢朝政權被曹操控制，便倚仗自己的才幹與名望，屢次嘲笑、戲弄曹操，随意發表議論，褒貶人物，多與曹操意見不合。
孔融說話任意而為，無所顧忌，最驚世駭俗的當屬“親子無親論”。
他說：“父親有什麼值得孝順的？自己不過是他一時情欲沖動的産物罷了。母親又有什麼恩情呢？就好比一件器物暫時寄存在瓶子裡，分離後跟瓶子還有什麼關系呢？”
可以試想，如此大逆不道的話，就算在當世，也是讓人無法接受的，何況當時的東漢，宣揚的可是以孝治天下的。
曹操攻占邺城後，兒子曹丕私自娶了袁熙的妻子甄氏。
孔融寫信給曹操，說：“從前武王伐纣，把妲己賞賜給周公。”
曹操不明白是什麼意思，問孔融這出于哪個典故。
孔融回答說：“按現在的狀況看，不就是這樣嗎？”
曹操一聽，才明白孔融純屬胡謅，拐着彎罵自己父子二人呢。
曹操北讨烏桓，孔融又譏笑他說：“大将軍遠征，還真是威風得很呢。從前肅慎族不進貢楛矢石砮，丁零族偷盜蘇武的牛羊，有本事你也一并讨伐啊。”
曹操因為天下戰亂不休，連年災害不斷，百姓糧食不繼，饑民遍地，釀酒很耗費糧食，很早就上表朝廷，頒布了禁酒令。
孔融喜歡喝酒，又不喜歡曹操，就多次寫信給他，抵制禁酒，言詞之間随意調侃，傲慢無禮。
他說：“天上有酒旗星，地上有酒泉郡，人都有好酒之德，是以，堯不飲千鐘就成不了聖人。而且，桀纣因為好色亡國，你怎麼不下令大家都不結婚了呢？”
曹操因為孔融名重天下，表面上不得不容忍他的言行，心裡卻十分厭惡。
後來，曹操發現孔融議論範圍越來越廣，公然幹涉朝政，處處與自己為敵，不禁對孔融更加忌憚，忍無可忍，下決心要除掉他。
孔融上書給漢獻帝，建議說：“應該遵照古代的王畿制度，在京師周圍一千裡的地方，不可建立封國。”
這顯然也是針對曹操，目的是為了限制曹操擴大地盤，自立為王。
劉表當上荊州牧後，不向朝廷進貢，做了不少逾越法度不安本分的事情，還仿效君主的禮儀，郊祀天地。
漢獻帝下诏，要把他的行為宣示天下。
孔融上疏，為劉表辯解，說：“聽說荊州牧劉表兇狠忤逆，行事不守禮制，甚至郊祀天地，舉行的儀式如皇上一般。這确實逾制越分，罪大惡極，死有餘辜。但就國家大體而言，應當暫時不要公開。為什麼呢？國家至上，皇上至尊。偶有一個小臣，就要處理，并使四方都知道，這不是堵塞邪萌的辦法。我認為，雖有重大的罪過，也一定要隐忍。賈誼說：‘擲鼠忌器’就是這個意思。是以齊兵伐楚，隻責備楚國不朝貢，王師敗績，不說為晉所敗。以前揭露袁術的罪過，現在又把劉表的事宣揚開來，這是使瘸腿的母羊窺視高岸，認為天險也可上啊！搞不好大家都會來效仿。是以我認為應當隐瞞郊祀這件事，以維護國體。”
曹操自然看得出孔融為劉表開脫的目的，無非是想保留漢室宗親的力量，用來牽制自己而已。
侍中守光祿勳郗慮是大儒鄭玄的學生。
漢獻帝曾特别召見他和孔融，問孔融：“鴻豫（郗慮字）有什麼優點和特長啊？”
孔融說：“他知道天下大道，但卻不能授予他權力。”
郗慮不甘示弱，舉起笏闆，反駁說：“孔融曾經當北海國的宰相，政事松散，人民流離失所，他倒是很适合掌權啊。”
二人你一句我一句，冷嘲熱哄，互相攻擊對方的短處。
漢獻帝哭笑不得，升遷郗慮為禦史大夫，發文命二人和解。
但二人從此結下梁子，互不對眼。
郗慮秉承曹操的意思，羅織孔融的罪狀，指令丞相軍謀祭酒路粹上奏，說：“孔融從前擔任北海國國相時，看到天下大亂，就召集徒衆，準備圖謀不軌。後來與孫權的使者談話，又譏諷、诽謗朝廷。另外，他從前與平民祢衡在一起時，行為放蕩，互相标榜，祢衡稱贊孔融為‘孔子不死’，孔融稱贊祢衡是‘顔回複生’。這些都是大逆不道的行為，應該處以極刑。”
曹操順勢以“違反天道，敗倫亂禮”的罪名，下令逮捕孔融，于九月二十九日，将他和妻子兒女一起處死。
太醫令脂習與孔融關系親近，經常告誡孔融，說他性情過于剛直，必然會招來大禍，孔融不聽。
孔融被殺後，許都沒有人敢去收葬孔融的屍體。
脂習前去，撫着孔融的屍體，哭着說：“文舉啊，你棄我而去，以後我跟誰說話去？”
曹操大怒，命人逮捕脂習，打算處死。
荀彧勸阻說：“聽說脂習經常勸誡孔融，叫他不要放蕩無忌，免遭災禍。現在孔融死了，他來哭祭，是義士的行為啊。殺不得。”
曹操聽勸，赦免了脂習。