在做項目的實際操作過程中，由于種種限制和考量，我們并不經常使用root權限去安裝我們想用的軟體（除非特殊的依賴庫）。
++++++++++++++++廢話+++++++++++
計算機從原理上來說，遵從萬物皆文本原則。
生物資訊軟體從操作來說，遵從萬物皆conda。
上面的話不用翻譯，就是一個解題思路，無論遇到什麼問題，都是文本問題。
下面的話的意思是：生物資訊軟體一般都有conda版本，沒有的，可以稍微等等，就會有了。。。
++++++++++++++ 分 割 線 +++++++++++++
======== 一點規矩，個人習慣 =========
1. 公共叢集不要在home下放太多東西，因為你的home很小。
2. 公共叢集盡量不要将軟體安裝在home，因為其它節點或使用者可能會調用出錯。
3. 對于非正常軟體（g++，perl，python等），盡量不要使用root權限安裝。
============= 分 割 線 =============
一般軟體安裝思路：
1. 試試是否有conda版本（一個成熟一點的生信軟體，都會有，沒有的話看看pip）。
2. 正常軟體無腦安裝套路如下：
0）個人目錄安排如下：
$abyss=/abyss # 因為我給自己建立的是根目錄下的abyss檔案夾，是以是這樣的，使用者則可以定位在自己賬号的總目錄下（将/abyss替換為你的總目錄），或者在總目錄先建立一個軟體檔案夾。
cd $abyss # 所有操作都在自己的目錄下操作，不要随便去home玩。網上定位在home的，要麼用的自己的虛拟機（home是别人的資料盤），要麼将home分得特别大（home不是資料盤的話，分大了也是浪費）。
mkdir app git soft # 建立三個檔案夾，app 放編譯後的軟體，git放github下載下傳的軟體源檔案，soft放從各軟體網站下載下傳的軟體壓縮源檔案。
1）下載下傳軟體
cd $abyss/soft # 進入源檔案目錄
wget https://www.mpich.org/static/downloads/3.2/mpich-3.2.tar.gz # 下載下傳源檔案
2）解壓
tar zxvf mpich-3.2.tar.gz # 解壓軟體到目前檔案夾（github的一般是檔案夾，不用解壓）
3）編譯
cd mpich-3.2 # 進入軟體目錄
./configure --prefix=$abyss/app/mpich-3.2 # 自定義軟體安裝目錄到app目錄下，并進行預編譯
make && make install # 編譯，編譯完成之後，可以在$abyss/app/mpich-3.2找到需要使用的軟體
export PATH=$abyss/app/mpich-3.2/bin:$PATH # 需要的時候，将新軟體環境寫進環境變量
3. 其他軟體安裝
依照說明進行安裝即可，注意修改編譯路徑。
4. 庫安裝
如上，需要自行添加環境
5. 理論上，沒有一款軟體是需要root權限編譯，或者一定要在home目錄下編譯的。如果有，這個軟體理論上還沒有優化好，或者比較小衆，或者有差不多的替代品。
剛好，這個軟體出了報錯，一并調試一下：
第一個報錯：
mb: error while loading shared libraries: libmpi.so.12: cannot open shared object file: No such file or directory
export LD_LIBRARY_PATH=/abyss/app/mpich-3.2/lib:$LD_LIBRARY_PATH # 這個庫剛安裝了，加上
又有新的報錯：
mb: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
這個庫可以用yum解決：
yum install *gfortran*
但是這裡想用非root賬号解決：
找到一個網站：
其實這裡給出了軟體路徑，安裝指令什麼的：
mkdir /abyss/soft/libgfortran # 建立庫路徑
wget http://mirror.centos.org/altarch/7/os/aarch64/Packages/libgfortran-4.8.5-44.el7.aarch64.rpm # 下載下傳
rpm2cpio libgfortran-4.8.5-44.el7.aarch64.rpm |cpio -ivd # 解壓
解壓并加入環境後還是無法識别：
當然，conda也可以安裝
然而還是識别不了，不知道是不是我的伺服器的問題。
那就隻能用root先裝了，沒時間搗鼓了。
yum install libgfortran
Installing : libquadmath-4.8.5-44.el7.x86_64 1/2
Installing : libgfortran-4.8.5-44.el7.x86_64 2/2
實際上，需要安裝兩個庫。
以上，
abysw
有任何疑問請關注公衆号留言。