通過夏娃的犧牲，世界迎來了短暫了和平。在這段時間内，通過領悟蒼穹之機界騎士的力量，劍士奧拉姆逐漸成長為了天穹之聖像騎士。已經不再是少年模樣的奧拉姆，在經曆了生離死别之後的臉上多了一些生人勿近的冷漠。
守護小龍的伊姆杜克也在這段時間内獲得了成長，或許是受到了奧拉姆的力量影響的緣故，守護小龍成長成為了名為星辰之聖像騎士的存在。戰力并沒有得到太大的提升，身體倒是變得十分地抗揍，隻能說不愧是守護之龍。
在妹妹夏娃逝去之後，哥哥甯吉爾蘇離開了星辰之森。奧拉姆與守護小龍雖然不放心甯吉爾蘇獨自一人，但是機界蟲不知道為何又突然再次蘇醒過來，雖然沒有暴走的迹象，但是對森之住民們依然是一個威脅。代替逝去的夏娃，奧拉姆和守護小龍選擇留在星辰之森守護森林。
在與機怪蟲的接觸中，繼承了機界騎士力量的奧拉姆，開始逐漸發現自己也擁有了能夠控制機怪蟲的能力。畢竟在很早以前，機怪蟲就是由7位機界騎士所掌控的傀儡。通過善用這能力，奧拉姆引導了一些機怪蟲遷離了人類的活動區域，并且将一些機怪蟲改造成為了自己麾下的聖像騎士。
在将機怪蟲完全地改造成聖像騎士之後，奧拉姆開始獲得了進入機怪蟲核心的權限。通過閱覽機怪蟲内部的資料，奧拉姆知曉了發生在上古時期有關于聖遺物引發的災難的資訊，也明白了機怪蟲其實是防止星遺物被再次啟動的安保措施。這讓奧拉姆想起如果當初不是妖精莉絲激活了星杯，或許之後的事情就不會發生。不過比起這些，更讓奧拉姆驚訝的事情是，在機怪蟲的資訊中出現了一個熟悉的身影。
這個熟悉的身影便是夏娃的哥哥甯吉爾蘇。原來在甯吉爾蘇離開星辰之森後，一直在尋找能夠複活妹妹夏娃的方法。而可怕的事情是在旅行的途中，他還真的找到了能夠讓死者蘇生的辦法，那便是借助星遺物的力量。然而在閱覽了機怪蟲的内部資料之後，奧拉姆知道激活星遺物的後果隻會帶來毀滅，并且是整個世界的毀滅。
甯吉爾蘇根據傳說的指引找到了超古代時期的研究所，借助新的星遺物“星冠”的力量，甯吉爾蘇重新激活了古代的研究裝置。通過這些裝置，甯吉爾蘇從夏娃的遺體上分離出來了夏娃的靈魂，并且意圖将夏娃的靈魂固定在人偶身上。這也便是甯吉爾蘇在旅行的途中找到的尋找複活夏娃的辦法。
然而死者蘇生的實驗并不是一蹴而就的，甯吉爾蘇不斷地在摸索，而在這摸索的過程中，作為實驗的附屬品而誕生了一批名為“自奏聖樂”的自動人偶。同時以星遺物的力量，名為“通天塔”的奇特建築被建造出來，這裡即是自奏聖樂們的據點，也是甯吉爾蘇的實驗室所在。而想要阻止甯吉爾蘇的奧拉姆，也正是要趕往此處。他必須要阻止甯吉爾蘇的行動，即便這也意味着要把曾經的戰友視為敵人。