明朝末年，和多和沁“大汗”去世之時，有十一個兒子，其中的第六子僧格、第七子噶爾丹、第八子布木，同為一母所生。和多和沁臨死，就把汗位傳給了第六子僧格。沒不久，和多和沁的長子車臣忽然暴起，将僧格殺掉，自己當了“大汗”。消息傳出，遠在西藏追随五世達賴喇嘛學習宗教的和多和沁第七子噶爾丹聞訊，報仇心切，馬上率領一批人馬悄悄潛回伊犁，一舉襲殺了車臣汗。
噶爾丹殺掉車臣後，他并沒有把本該繼承汗位的僧格長子、也就是自己侄子的策妄阿喇布坦推舉為“大汗”，而是自己直接當上了厄魯特的第四代“大汗”。
噶爾丹
噶爾丹，由于出生後就被認定為藏傳佛教格魯派高僧第三世溫薩活佛羅蔔藏丹津劄木措的轉世，是以就奠定了他顯赫的宗教地位。順治九年（1652），噶爾丹9歲時，就以“溫薩活佛”名義向清帝派遣使團。從這件事情就可以看出，從童年時代起，他就在衛拉特蒙古政教事務中發揮着舉足輕重的作用。噶爾丹13歲入藏，投在達賴、班禅門下學經，深受二人賞識。根據梁份《秦邊紀略》記載：
“達賴喇嘛之徒遍西域，而特重嘎爾旦（噶爾丹），所語密，雖大寶法王、二寶法王不得與聞”。
當時的格魯派之是以看重噶爾丹，也是有利益在其中。格魯派首腦希望噶爾丹日後能夠在未來蒙古政治中擴大黃教的影響，而噶爾丹則想借助達賴喇嘛在藏地、蒙地的巨大影響，以圖重建立立起統一的蒙古帝國。由此，噶爾丹從西藏傳回準噶爾部之後，他既有貴族的身份，又有活佛的身份。而後，加上他過人的膽識和毅力，逐漸統一了衛拉特各部，南并回疆，西擴哈薩克，攻無不取，戰無不勝，攻取降服1200餘城，逐漸成為與清朝對峙的強大部落政權。
清朝入關之後，主要精力放在中原地區和中國的南方地區，鮮有精力經營西北。而準噶爾所在的西北地區，不僅僅與俄國接壤，還與印度、緬甸、尼泊爾、不丹、錫金等國接壤，又與今天的青海、四川、雲南等省份相連。是以，準噶爾政權所在的地理位置，不容清朝政府小觑。
清朝對明朝原有地區的攻略，隻用了20年就基本大功告成。而對于準噶爾部族地區的統一，竟然整整經曆了三代君主、用了一個世紀的時間才得以完成！
公元1644年，清政府入主北京，從此清朝就成為理所當然的中央政權。當時，青海、西藏地區以顧實汗為首的厄魯特諸部，很快就向清朝奉表，表示服從清朝大皇帝的統治。順治三年（公元1646年），準噶爾首領巴圖爾珲台吉也遣使入貢。此時的清朝，沒用任何實際管理準噶爾遊牧地區的意圖，隻要準噶爾部表示了臣服，自然清廷也回書贈物，由此皆大歡喜。此前，皇太極已經征服了漠南蒙古各部，西藏的五世達賴和四世班禅也随和碩特蒙古都表示臣服。
五世達賴
到康熙時期，漠南蒙古歸順清朝，漠北蒙古、表示臣服，但惟獨漠西蒙古和清朝關系相對比較疏遠，來往不是很多。康熙帝親政之後，智擒鳌拜，繼之平定吳三桂為首的三藩起事，根本無暇估計西北的噶爾丹勢力。後來，得知噶爾丹進攻青海的和碩特部蒙古之時，康熙帝才派人警告對方不要繼續攻打。
由于害怕噶爾丹在青海和甘肅一帶的軍事行動影響剛剛平定的陝甘局勢，清廷也不敢特别激怒噶爾丹，隻是充當一個調停者的身份，希望噶爾丹和喀爾喀蒙古和好，不要再互相攻擊。
四世班禅
由于肅州境内湧入不少躲避噶爾丹戰禍的蒙古各部廬帳萬餘落，康熙帝當時還不知道這些人是被噶爾丹擊敗的和碩特蒙古人，以為這些難民就是準噶爾部落的人，是以下令當地邊将不要妄殺這些窮困來投的蒙古人，指令大将張勇從蘭州移鎮甘州，加強防衛，密切注視這些蒙古人的一舉一動，防止他們輕舉妄動。
不久，有諜報稱，噶爾丹将要率領大軍進攻青海，康熙帝為此非常緊張，嚴令邊将調查噶爾丹的出兵方向，在邊境地區嚴兵守衛。其時，當時的許多蒙古部落往青海方向移動，這些人根本不是噶爾丹所率領的準噶爾部隊，而是被噶爾丹擊敗的和碩特部蒙古人。這些難民倉惶四走，緻使清廷間諜以為這些殘兵敗将是噶爾丹大軍。
後世不少學者，為了誇示康熙帝的仁德，總是贊揚他出于仁政考慮不對準噶爾進行主動攻擊，其實，康熙帝當時不是不攻擊，而是當時不能攻擊——清廷正被吳三桂三藩勢力整得焦頭爛額的，哪裡顧得上西北的準噶爾呢。
康熙十八年（公元1679年）秋，噶爾丹忽然派人到清廷“貢獻”方物，告知說，噶爾丹本人已經得到了五世達賴喇嘛冊封為“博碩克圖汗”，其本意在于向清廷炫耀噶爾丹和達賴喇嘛的親密關系。按理說，西藏是清朝的藩屬，五世達賴喇嘛冊封噶爾丹應該提前向清廷報告。由于當時清廷正忙于三藩戰事，對此也沒用刻意明白追究，隻得默許達賴喇嘛對噶爾丹的冊封，繼續對準噶爾部落施行懷柔政策。
作為遊牧民族的準噶爾汗王噶爾丹，在持續的擴張中日益兵強馬壯。他統一了厄魯特蒙古諸部以後，又出兵南疆，将原本屬于成吉思汗第二子察合台汗國的廣大疆域劃入他的勢力範圍，還将已經改信伊斯蘭教的南疆首領囚禁在王城伊犁。由此，準噶爾人就控制了天山南北。
仰仗着天山南部豐富的資源和稅收，噶爾丹實力迅速增強。
而此時的康熙帝呢，已經基本平定了三藩起事，并在康熙二十一年（公元1682年）派出10個使團向外藩諸部“報捷”，真實意圖，就是要炫耀清廷的戰功，安撫諸部。而在這10個使團中，也有一個使團是專門派往準噶爾部的。
而後，在收複台灣、一統四海之餘，康熙帝開始密切注視東北方向俄國的一舉一動，對于和俄羅斯勾勾搭搭的準噶爾更加警惕，下令限制噶爾丹來京的使團人數，對于準噶爾和清朝之間的貿易也加以一定的限制。但從總的方面看，當時的康熙帝對準噶爾還是以安撫為主。