唐朝開國初期，經曆了轟動一時的大事件，李世民在長安城發起了一場史上較為著名的變革即玄武門大變動，在反抗隋朝的鬥争中，李氏兄弟相處比較和睦，戰鬥時配合也算默契。當唐朝建立後，東宮主人李建成心知肚明其戰功不及其二弟李世民，在軍隊中的威望也差之千裡，心中特别不是個滋味，擔心二弟李世民取代他的地位，便心生歹意，和三弟李元吉一起商議着怎麼把李世民給除掉，多次在朝堂上排擠，私底下還在李淵面前誣陷李世民。沒過多久李淵也禅讓君主之位。
秦王李世民經曆過大小鬥争，練就了不凡的定力。說到他最為驚險的鬥争并非發生在戰場之上，而是玄武門變革。為什麼這麼說呢，在以前李世民領兵出去鬥争，若是發生了不幸意外失敗了還能回到李淵身邊，但是這次的玄武門變革倘若是失敗了，便隻有亡命天涯了。故對待這次變革，李世民親信将領全部出動，介時，秦瓊和尉遲恭兩位大将也是參與其中，尉遲恭在玄武門進行鬥争的時候，秦瓊又在何處呢。
有許多人猜想，秦瓊和李靖等一樣并沒有參與玄武門變革，可是這依據是什麼。僅憑其位列24功臣的最後狀況麼，還是說在李世民最需要他站出來的時候，沒能像尉遲恭一樣首當其沖嗎？其實這些個說法并沒有很大說服力，完全是在捏造事實。秦瓊自然是參與了玄武門變更，事實上其承擔的責任遠遠比尉遲恭要大得多，其做了兩件事，更是承擔了兩分責任，遠遠超過尉遲恭急先鋒的角色。
依據史書中記載，長孫無忌、秦叔寶、尉遲敬德等人都是參與了玄武門除去李元吉、李建成的鬥争之中，從這份名單上看秦瓊是必定參與在内的，那麼大家忍不住會有疑問，此時的秦瓊去了哪，實際上，玄武門變革不僅僅是發生在玄武門一處，還存在着三個地方同時進行，可謂是計劃周全。
李世民和大将尉遲恭率領不多的人馬在臨湖殿附近進行等候，等待目标的出現，同時在這裡伺機射殺經過的二人，最終李建成和李元吉也是命隕此地。玄武門則是戰鬥發生最為激烈的地方，李建成的手下想要對其實施救援必須先将玄武門攻破才可進入。此時，坐鎮玄武門的大将則是張公瑾，他可是李世民的忠誠追随者，在事先謀劃變革的過程中，李世民曾想過先占蔔預測一下是吉還是兇，張公瑾便勸說道，如果結局不好就不發動了嗎，無疑給李世民吃了一顆定心丸。
接下來便是秦王府，原來秦瓊坐鎮在秦王府，作為大學營的存在必定是重中之重，尉遲恭追随李世民打先鋒，秦瓊自然是穩坐大學營，負責保全後方，自然還充當一個角色哪裡需要支援就去哪裡補。事實證明，在進攻玄武門受挫時，李建成的手下的确企圖對秦王府發動襲擊。等到玄武門戰況激烈時，秦瓊便出現在玄武門，一旦李世民和尉遲恭失敗，秦瓊可帶領李世民撤退或者發動二次攻擊，正可謂是進可攻，退可守。
李世民和尉遲恭在伏擊時便下了死手，因這次伏擊成功與否決定這次變革的成功關鍵，在李世民身邊人手也不多。得知玄武門發生變革後，李建成的人馬迅速集結來到玄武門準備破城而入，等到秦瓊的援軍趕來時，李建成和李元吉已經成功被除去。玄武門危機是以解除。
在危機解除後，尉遲恭才敢去恐吓李淵，得到其旨意後，才算是玄武門變革真正的勝利。縱觀事件發展的全過程，秦瓊表現十分突出，不僅在照顧後方上有一定方法，還能在情況緊急時挺身而出，正所謂功不可沒。