明萬曆四十八年（1620年）七月至九月一日，萬曆、泰昌兩帝相繼而亡。年僅 16 歲的朱由校還沒有繼位就陷入了前朝後宮的争鬥中，這場争鬥史稱“移宮案”，其中包括兩次移宮 ：一次是“儲皇移宮”，另一次是“西李移宮”。
新帝即位之事關系着國家的命運，成為朝野關注的焦點。天啟皇帝朱由校由于其父泰昌帝朱常洛不得萬曆皇帝的寵愛，他自幼也備受冷落，直到萬曆帝臨死前才留下遺囑，冊立其為皇太孫。朱由校的生母王才人雖位尊于李選侍之上，但因李選侍受寵，她備受李選侍淩辱而慘死，臨終前遺言：“我與西李（即李選侍）有仇，負恨難伸”，但泰昌帝朱常洛非但不深究她的死因，竟還将朱由校交給李選侍照顧看管。與其母一樣，朱由校從小飽受李選侍的“侮慢淩虐”，也是以形成了軟弱的性格。
泰昌帝即位後，朱由校與李選侍一起遷住乾清宮。一月後，泰昌帝駕崩，李選侍意識到自己獲封皇後的計劃落空，便想控制朱由校來鞏固自己的地位。于是，李選侍聯合太監李進忠（後改名“魏忠賢”），密謀在乾清宮挾持朱由校，欲争當皇太後以把持朝政。受控期間，朱由校無法自由出入乾清宮，甚至不能去為剛剛駕崩的泰昌帝守靈。随後，李選侍控制了乾清宮，在太監魏忠賢等支援下，鄭貴妃和李選侍結成了聯盟，企圖逼封皇太後。此舉引起朝臣懷疑，認為他要垂簾聽政。
泰昌帝駕崩當日，楊漣、劉一燝等朝臣即直奔乾清宮，要求哭臨泰昌帝，請見皇長子朱由校，商談即位之事，但受到李選侍的阻攔。在大臣們的力争下，李選侍方準朱由校與大臣們見面。楊漣、劉一燝等見到朱由校即叩首呼萬歲，并保護朱由校離開乾清宮，到文華殿接受群臣的禮拜，決定于本月六日舉行登基大典。為了朱由校的安全，諸大臣暫時将他安排在太子宮—慈慶宮居住，由太監王安負責保護。這便是“皇儲移宮”。
衆大臣将朱由校保護在慈慶宮
李選侍挾持朱由校的目的落空，又提出凡大臣章奏，先交由她過目，然後再交朱由校，還要立自己為皇太後，遭朝臣們強烈反對。朝臣們要求李選侍移出乾清宮，遷居哕鸾宮，遭李選侍拒絕。李選侍又要求先封自己為皇太後，然後令朱由校即位，亦遭大臣們的拒絕，沖突日漸激化。
朝臣們要求李選侍移出乾清宮
朱由校禦乾清宮登基大典日期迫近。至初五日，李選侍尚未有移宮之意，若西李不移宮，便無法如期舉行登基大典。并傳聞還要繼續延期移出乾清宮。内閣諸大臣站在乾清宮門外，迫促李選侍移出。最終，楊漣等大臣以其幹預朝事為由，不顧一切逼迫李選侍，朱由校的東宮伴讀太監王安在乾清宮内力驅，李選侍萬般無奈，倉促離開乾清宮，移居仁壽宮内的哕鸾宮。
李選侍被迫離開乾清宮
九月六日，朱由校禦奉天門，即皇帝位，改明年為天啟元年。至此，李選侍争當皇太後、把持朝政的企圖終成化影。不久，群臣又以熹宗名義宣布削去李選侍封号，對鄭貴妃也不予理睬。這就是所謂“移宮”案。
李選侍雖已“移宮”，但鬥争并未結束。“移宮”數日，哕鸾宮失火，經奮力搶救，才将李選侍母女救出。緊接着，不少反對移宮的官員開始散播謠言，指責朱由校違背孝悌之道，朱由校則在楊漣等人的支援下批駁謠傳。後來，朱由校又晉封李選侍為康妃，加以安置。至此，“移宮”風波才算結束。它與萬曆朝的梃擊案、泰昌朝的紅丸案一直是天啟朝黨争的題目，史稱晚明“三大疑案”。
明末皇室關系圖
萬曆皇帝寵愛的鄭貴妃比他多活了10年，她被認定是禍國殃民的妖孽，得不到朝中群臣的同情。這10年，她住在紫禁城一座寂寞的宮殿裡，和她的愛子福王天各一方，飽嘗母子分離之苦和世态炎涼。1630年，鄭貴妃死去，葬于銀泉山下一座孤零零的墳墓。
明晚期的皇帝，疏于政事，荒淫無度，肚子裡也沒有真才實學，已經完全失去了明初幾位帝王的雄才偉略。後宮也是霍亂不斷，緻使整個朝政沒有主心骨能主持。這樣的結局不免有些讓人唏噓。遙想當年明太祖朱元璋打下江山，永樂大帝不僅開疆擴土，還給後人留下了一筆巨大的文化财富，不免還是有些惋惜。一代王朝就這樣退出了曆史舞台。