核心加載完initrd檔案後，為挂載磁盤檔案系統做好了必要的準備工作，包括挂載了sysfs、proc檔案系統，加載了磁盤驅動程式驅動程式等。接下來，核心跳轉到使用者空間的init程式，由init完成建立磁盤裝置檔案、加載磁盤檔案系統、從rootfs切換到磁盤根檔案系統等工作。
由于在不同的linux發行版中，init的實作方式差異很大，不能将所有的發行版都分析一遍，是以本文選取ubuntu12.04發行版來描述如何從rootfs切換到磁盤根檔案系統。
init程式使用udev工具動态的建立磁盤裝置檔案。udev的工作原理是根據sysfs中的裝置資訊，在/dev目錄下建立相應的裝置檔案，是以需要提前準備好sysfs檔案系統。
首先，建立必要的挂載點目錄/dev、/root、/sys、/proc等；然後，将VFS中的sysfs挂載到rootfs的/sys目錄下，将tmpfs挂載到/dev目錄下（/dev的檔案系統類型為tmpfs）；最後，為了輸出列印資訊，建立了/dev/console、/dev/null兩個特殊的裝置檔案。
這些必要資訊準備好後，就可以啟動udev背景程序，由udev根據sysfs動态的建立磁盤裝置檔案。Udev啟動代碼在scripts/init-top/udev中。
磁盤檔案系統的挂載一般有兩種方式：本地方式和網絡方式。根據BOOT變量的值，init選擇執行本地加載或者網絡加載，如果是本地加載則執行/scripts/local腳本；如果是網絡加載則執行/scripts/nfs腳本。個人pc一般都是本地加載，資料中心的伺服器一般是nfs加載。
最後，由init程式調用/scripts/local腳本挂載磁盤檔案系統。
成功挂載磁盤檔案系統後，需要将rootfs下的/sys、/proc、/dev等重要的目錄都遷移到磁盤檔案系統下。
最後，通過調用/sbin/run-init程式将核心的根檔案系統從rootfs切換到磁盤檔案系統的根目錄。
到此為止，核心檔案系統初始化過程就全部完成了，下面給出最終的VFS視圖（由于檔案系統過大，是以隻給出其中關鍵的拓撲結構）：
init程式的主要工作就是加載磁盤檔案系統，将rootfs下重要的目錄遷移到磁盤檔案系統下，最後将核心根目錄從rootfs切換到磁盤檔案系統的根目錄。