段木種植香菇因排放野外，沒有密封塑膠層保護，生産中受到自然界環境中害菌侵染機會很多，因堆疊于山野生産害蟲也格外多些，現在分述一些常見害菌及防治方法。
1，孢博韋氏炭團菌，菇民俗稱黑疔。發菌菇木保護的樹皮有裂口，截口未塗石灰水等情況下，菇木在當年5一7月高溫高濕下被該菌侵入出現黃綠色分生孢子堆，8一9月分生孢子堆内形成黑色炭質的子座，互相連接配接重合。使枯木吸不進水，形成"鐵心"一塊，此後此處不長菇了。
黑疔發生對環境條件要求不嚴，高溫，高濕下最易發生，該菌子囊孢子發芽最适的溫度21-25度，菌絲生長最适溫度25-30度，多為每年5一7月黴雨季侵入酸性枯木。
2，朱紅栓菌，菌蓋扁平，子實體扇形，無柄，先初期生長橙色或紅色，成熟後褪色，生長有明顯環紋。
5一9月間，發生在被太陽直射的段木上，該菌能分泌一些抗菌力很強物質。
3，楮黃精齒耳，子實體革質，若貝殼，無柄着生段木上，生長往往相連數多，面紅褐色，背白色。接種的菇木第一年侵入段木，該菌絲發育适溫32-34度，夏季高燥地，太陽直射到段木上溫度适宜，菌絲蔓延速度是香菇3倍，被危害到菇木幾乎毀壞。發現立即剔除燒毀，以免蔓延。
4，在受陽光直射的菇木上還會發現:裂褶菌，雲芝，彩絨革蓋菌等。這些孢子，菌絲都是萌發，生長都是高溫型的，菌絲生長适宜于30度以上，菌絲速度都比香菇菌絲生長快，危害也大。
5，喜歡生長在發菌時期菇木堆疊通風不良，長期潮濕郁悶的地方，桦褶孔菌，變孔卧孔菌，纖孔菌，薄黃褐孔菌和綠色木黴菌，這些對香菇菌絲危害也極大，不至于在段木上給香菇生産帶來毀滅性，隻要重新改變菇木環境，菇木還能利用，但嚴重影響香菇産量。
6，其他如木耳類也會侵入菇木，這個影響不大。
1，凹赤蕈甲，成蟲體長3一4mm，長橢圓形，頭圓形，頭赤褐色，前胸後背和翅部赤褐色，尾部黑色。以幼蟲危害幹燥天氣下的香菇，從菇蓋蛀入，可将菌肉吃盡，空于表皮。
2，跳蟲，該蟲在生活在潮濕的地方，能彈跳到菇木上，取食菌類，菌絲。一般夜間活動。
3，天牛，吉丁蟲，小蛀蟲這些都是危害菇木常見害蟲。天牛，吉丁都是以幼蟲逐漸蛀入菇木，在菇木中蛀成遂道，可将有菇香菇木蛀食一孔。小蛀蟲數量多，叢集布滿整個菇木，夏季蛀入菇木。
4，蛞蝓，白蟻，取食香菇菌蓋，蛀空菇木。
老鼠，松鼠特别喜歡吃食幼菇，野雞，白鹇是主要喜吃食幼菇原基，幼菇。麂子，及鹿科動物。
段木香菇種植因段木量多，放置于自然界中散種植，各種害菌，害蟲，野生動物都有可能危害到，特别是害菌，一旦發生後，要消除就困難了，充分了解害菌發生規律和香菇發菌兩生态上差異，盡可能給香菇菌絲迅速占地盤，就可減少危害。以預防為主，綜合防治才是減少危害有效方法。
1，場地選擇和清理，菇木堆放場和出菇場，應選擇通風向陽，排水良好的地方。地面上的枯枝，雜草及周圍腐木清理燒毀，場地撒上石灰消毒。
2，段木準備，砍伐期以深秋的幹燥晴天為适宜，砍伐後不要立即剔枝，以利樹木幹燥和減少傷口愈合害菌侵入，注意保護樹皮完整，剔枝後立即用石灰澄清液塗斷面，接種前的段木用火燙燒過一次，注意不斷翻動段木，以免燒傷樹皮，這樣可燒滅樹皮中蟲卵和害菌孢子。
3，菌種與接種，菌種選用正當齡優質菌種，接種人員和用具要消毒處理，接種期盡量提前，不與害菌宜生長的20度以上氣溫時操作，接種穴要封口，在晴天接種，不能在風雨天接種。
4，接種後，經常檢查菇木，發現雜菌可用火高溫對着燒死雜菌，然後挖去表面，塗上石灰水或滅菌劑溶液，對感染面積大的剔除燒毀，防止害菌蔓延。
5，化學藥劑防治，菇木上菌害可選用多菌靈或波爾多液噴霧防治(按産品說明書使用)。害蟲(跳蟲，凹赤蕈甲)可用敵敵畏。蛞蝓可用氯化鈉，白蟻可用滅蟻甯，天牛或吉丁蟲可用敵敵畏灌蟲道，然後封孔口消滅。
現在來說，大部分多應用木屑栽種香菇，在木屑栽種香菇生産過程中也有許多病蟲害及雜菌危害。
1，螨蟲，又稱菌虱，有粉螨和蒲螨兩種，粉螨個體大，視力好的人可見，白色發亮，蒲螨個體小，除叢集才易見，呈咖啡色。兩種螨蟲繁殖極快，能危害多種食用菌子實體和菌絲，吞食菌絲。
2，線蟲，一種體型極小蠕蟲，繁殖極快，咬食菌絲，常使菌塊空糟無法生菇。
污染木屑栽種香菇的雜菌，與段木上發生基本相同，主要是青黴，木黴，鍊孢黴，根黴和毛黴，曲黴等，還發現細菌和病毒。
蟲害上，木屑栽種香菇因有一包裝和滅菌過程，發生害蟲早期螨類是要經接種中侵入，多為發菌一段時間後侵入吃食菌絲，因還有一外層塑膠薄膜包裝着，發展污染上僅在袋内，影響不大。脫袋後和栽種後期螨蟲和線蟲危害較大。
雜菌上，栽培袋這一生産環節上最易污染，或生産後期時污染嚴重。
我們培養香菇菌絲所需生活條件，與雜菌各種黴菌生長相同，黴菌從各種滅菌不徹底和破袋中生長，又不适宜使用藥劑殺菌，黴菌一經發生便不易根除。
凡黴菌污染較嚴重的，己伸入栽種袋内部的這種污染已經無法改變，均隻能作燃毀處理。
雜菌污染不嚴重的，可以拆包再次裝包重新滅菌，重新接種發菌使用。另外搞好環境衛生，滅菌一定要徹底，接種要做好各項消毒工作，在蒸櫃中取出滅菌棒時一定要檢查塑膠袋是否有破損，破損的要在櫃内立即趁熱套上一個袋子。才取出接種。堆疊發菌時室内溫度不可過高，濕度要控制在65%以下，不然雜菌易随接種口侵入菌袋内。