神奇宝贝当中，有一些神奇宝贝是唯一的，这些唯一的神奇宝贝基本上都是神兽，例如创世神阿尔宙斯，冥王龙骑拉帝纳，生活在臭氧层的烈空座等等。不过，也有一些传说中的神奇宝贝数量不是唯一的，我们来看看都有谁吧。
1、代欧奇希斯
代欧奇希斯是来自宇宙的神奇宝贝，在剧场版《裂空访问者》中，就出现了两只代欧奇希斯，它们俩还和领域感极强的烈空座打了一架。
2、拉帝亚斯、拉帝欧斯
在奥多马雷的传说中，拉帝亚斯与拉帝欧斯是将这座城市从毁灭中拯救出来的守护神。它们曾经呼唤大量的同伴过来一起抵御入侵奥多马雷的邪恶怪物，并将心之水滴送给了这座城市。
3、闪电鸟、火焰鸟、急冻鸟
根据神奇宝贝收藏家吉尔露太的讲述，被称为火之神、雷之神、冰之神的火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟只是同类中的特殊一种，所以说火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟还是有其它只的。
4、雪拉比
作为森林之神的雪拉比，它们的数量也是有很多的。在《雪拉比时空穿梭的遭遇》中，因为力量耗尽而枯萎的雪拉比就要死去了，这时它的同伴纷纷从不同时空赶过来，齐心协力救活了它。
5、洛奇亚
洛奇亚就不用多说了，在无印篇中出现了一堆洛奇亚母子，即小银和它的妈妈。
6、未知图腾
未知图腾一直都是一起行动的群体传说神奇宝贝，它们的形态多样，一出场就是黑压压的一片。
7、霏欧纳
据说霏欧纳是玛纳霏生蛋孵化而来的，它是一种会给人们带来幸福的神奇宝贝。在神奥地区的木通镇，据说每天都可以在某个时期看见迁徙的霏欧纳群从当地的海域游过去。
8、洁咪
神奥地区的传说神奇宝贝，能够利用葛拉西蒂亚花的花粉来改变形态。在《骑拉帝纳与冰空的花束》中，就有一大群洁咪从陆地形态变为天空形态，然后平地起飞向远方迁徙。
9、盖诺塞克特
它们是电浆团复活并改造了的远古神奇宝贝，在《神速的盖诺塞克特超梦觉醒》中，出现了五只盖诺塞克特。
10、虚吾伊德
在太阳与月亮篇中，为了拯救被究极异兽抓走的露莎米奈，小智他们一行人前往异次元空间。在究极深海中，他们看到了大量的虚吾伊德。