每年因为纤毛虫问题养殖户都会比较发愁，从纤毛虫生长环境上来说，池底淤泥过多，放养密度过高，水质污浊高温季节水体偏浓的水体，以绿藻等为主的小型藻类水体，导致水体交换不良的水体。都会引起纤毛虫大量繁殖，危害养殖动物。
预防措施:
1、保持水质清洁是最有效预防措施，定期使用EM原菌种泼水，调节水体防止水体污染。
2、保持池底清洁是最根本的预防措施，适量投料尽可能避免过多残饵沉积在水底。养殖中后期5-7天使用超能底改王＋粒粒氧改底，减少污物的沉积。
3、营养丰富的饵料是关键，数量要适宜不投喂变质饵料，保证虾蟹体质。
4、早发现早处理 发现有纤毛虫可以使用硫酸锌粉等化学类进行处理，然后进行2-3次改善池底环境，在使用解毒碧水安解毒后两小时在使用水博士泼水调节水体减少池水污染。
